seq1 = pF1KE1857.tfa, 1134 bp
seq2 = pF1KE1857/gi568815581f_62323903.tfa (gi568815581f:62323903_62548726), 224824 bp

>pF1KE1857 1134
>gi568815581f:62323903_62548726 (Chr17)

1-110  (100001-100110)   100% ->
111-202  (100317-100408)   100% ->
203-558  (102397-102752)   99% ->
559-608  (103886-103935)   100% ->
609-669  (111330-111390)   100% ->
670-809  (116715-116854)   100% ->
810-916  (120935-121041)   100% ->
917-982  (123799-123864)   100% ->
983-1134  (124673-124824)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGGCTCCTACCCTGAAGGTGCACCTGCAGTCCTCGCCGATAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCGGCTCCTACCCTGAAGGTGCACCTGCAGTCCTCGCCGATAAGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCAGCAGTTCGGAAGCCGGTTCCTGAGAGATCCGGCGCGCGTCTTCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCAGCAGTTCGGAAGCCGGTTCCTGAGAGATCCGGCGCGCGTCTTCCACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACAATGCCTG         GGACAATGTGGAGTGGTCGGAAGAGCAAGCC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACAATGCCTGGTA...CAGGGACAATGTGGAGTGGTCGGAAGAGCAAGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCGGCGGCGGAGAGAAAAGTCCAGGAGAACAGTATCCAGCGGGTGTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100348 GCGGCGGCGGAGAGAAAAGTCCAGGAGAACAGTATCCAGCGGGTGTGCCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGAGAAACAAG         TTGATTATGAGATCAATGCCCACAAATACT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100398 GGAGAAACAAGGTG...CAGTTGATTATGAGATCAATGCCCACAAATACT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GGAATGACTTCTACAAAATCCACGAAAATGGGTTTTTCAAGGATAGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102427 GGAATGACTTCTACAAAATCCACGAAAATGGGTTTTTCAAGGATAGACAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TGGCTTTTTACCGAATTCCCTGAGCTGGCACCTAGCCAAAATCAAAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102477 TGGCTTTTTACCGAATTCCCTGAGCTGGCACCTAGCCAAAATCAAAATCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TTTGAAGGACTGGTTCTTGGAGAACAAGAGTGAAGTACCTGAATGTAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102527 TTTGAAGGACTGGTTCTTGGAGAACAAGAGTGAAGTACCTGAATGTAGAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACAATGAGGATGGACCTGGTTTAATAATGGAAGAACAGCACAAGTGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102577 ACAATGAGGATGGACCTGGTTTAATAATGGAAGAACAGCACAAGTGTTCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TCGAAGAGCCTTGAACATAAAACACAGACACCTCCTGTGGAGGAGAATGT
        || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
 102627 TCAAAGAGCCTTGAACATAAAACACAGACACTTCCTGTGGAGGAGAATGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AACTCAGAAAATTAGTGACCTGGAAATTTGTGCTGATGAGTTTCCTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102677 AACTCAGAAAATTAGTGACCTGGAAATTTGTGCTGATGAGTTTCCTGGAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CCTCAGCCACCTACCGAATACTGGAG         GTTGGCTGTGGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 102727 CCTCAGCCACCTACCGAATACTGGAGGTA...CAGGTTGGCTGTGGTGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GGAAACACAGTCTTTCCAATTTTACAAACGAACAA         TGACCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 103901 GGAAACACAGTCTTTCCAATTTTACAAACGAACAAGTA...CAGTGACCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AGGACTCTTTGTTTATTGCTGTGATTTTTCTTCCACAGCTATAGAACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111336 AGGACTCTTTGTTTATTGCTGTGATTTTTCTTCCACAGCTATAGAACTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TCCAG         ACAAATTCAGAATATGATCCTTCTCGGTGTTTTGCC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111386 TCCAGGTG...CAGACAAATTCAGAATATGATCCTTCTCGGTGTTTTGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TTTGTTCACGACCTGTGTGATGAAGAGAAGAGTTACCCAGTGCCCAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116751 TTTGTTCACGACCTGTGTGATGAAGAGAAGAGTTACCCAGTGCCCAAGGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CAGTCTTGATATTATCATTCTCATATTTGTTCTTTCAGCAATTGTTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116801 CAGTCTTGATATTATCATTCTCATATTTGTTCTTTCAGCAATTGTTCCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 ACAA         GATGCAGAAGGCTATCAACAGGCTGAGCAGGCTTCTG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116851 ACAAGTA...CAGGATGCAGAAGGCTATCAACAGGCTGAGCAGGCTTCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AAACCTGGCGGGATGATGCTTCTGCGAGATTACGGCCGCTATGACATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120972 AAACCTGGCGGGATGATGCTTCTGCGAGATTACGGCCGCTATGACATGGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TCAGCTTCGGTTTAAAAAAG         GTCAGTGTCTATCTGGAAATT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 121022 TCAGCTTCGGTTTAAAAAAGGTA...CAGGTCAGTGTCTATCTGGAAATT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TCTACGTGAGAGGTGATGGAACCAGAGTTTACTTCTTCACACAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 123820 TCTACGTGAGAGGTGATGGAACCAGAGTTTACTTCTTCACACAAGGTA..

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983     AGGAACTGGACACGCTTTTCACCACTGCTGGACTGGAAAAAGTTCA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123870 .TAGAGGAACTGGACACGCTTTTCACCACTGCTGGACTGGAAAAAGTTCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GAACCTGGTGGATCGCCGACTGCAGGTGAACCGAGGAAAGCAACTGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124719 GAACCTGGTGGATCGCCGACTGCAGGTGAACCGAGGAAAGCAACTGACAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TGTACCGGGTTTGGATTCAGTGCAAATACTGCAAGCCCCTTCTGTCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124769 TGTACCGGGTTTGGATTCAGTGCAAATACTGCAAGCCCCTTCTGTCCAGC

   1200     .
   1129 ACCAGC
        ||||||
 124819 ACCAGC