seq1 = pF1KE1855.tfa, 1119 bp
seq2 = pF1KE1855/gi568815597r_153230770.tfa (gi568815597r:153230770_153447932), 217163 bp

>pF1KE1855 1119
>gi568815597r:153230770_153447932 (Chr1)

(complement)

1-49  (100001-100049)   97% ->
50-139  (101742-101831)   100% ->
140-353  (102551-102764)   100% ->
354-472  (104725-104843)   99% ->
473-625  (106154-106306)   99% ->
626-824  (107354-107552)   100% ->
825-943  (110634-110752)   100% ->
944-1119  (116988-117163)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGCCGTGGCTTCTTGTCTTCTCTGCTCTGGGTCTCCAGGCCTGGG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||>
 100001 ATGCTGCCGTGGCTTCTTGTCTTCTCTGCTCTGGGTATCCAGGCCTGGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     50         GTGATTCCTCCTGGAACAAAACACAAGCTAAACAGGTATCAG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TA...CAGGTGATTCCTCCTGGAACAAAACACAAGCTAAACAGGTATCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGGGGCTCCAGTACCTATTTGAGAACATCTCCCAGCTCACTGAAAAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 101784 AGGGGCTCCAGTACCTATTTGAGAACATCTCCCAGCTCACTGAAAAAGGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    140        GCCTTCCCACAGATGTCTCCACCACGGTCTCTCGCAAGGCATG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101834 A...AAGGCCTTCCCACAGATGTCTCCACCACGGTCTCTCGCAAGGCATG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GGGGGCAGAAGCTGTTGGCTGCAGTATTCAGCTGACCACGCCAGTGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102594 GGGGGCAGAAGCTGTTGGCTGCAGTATTCAGCTGACCACGCCAGTGAATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCCTTGTTATACACCATGTCCCTGGACTGGAGTGTCACGACCAGACAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102644 TCCTTGTTATACACCATGTCCCTGGACTGGAGTGTCACGACCAGACAGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TGCAGCCAGAGACTGCGGGAACTGCAGGCCCATCATGTCCACAACAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102694 TGCAGCCAGAGACTGCGGGAACTGCAGGCCCATCATGTCCACAACAACAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGGGTGTGATGTGGCCTACAA         CTTCCTGGTTGGGGATGATG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 102744 TGGGTGTGATGTGGCCTACAAGTA...TAGCTTCCTGGTTGGGGATGATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GCAGGGTGTATGAAGGTGTTGGCTGGAATATCCAAGGAGTGCACACCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104745 GCAGGGTGTATGAAGGTGTTGGCTGGAATATCCAAGGAGTGCACACCCAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGCTACAACAACATCTCCCTGGGCTTTGCCTTCTTCGGCACTAAGAAAG 
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||>
 104795 GGCTACAACAACATCTCCCTGGGCTTTGCCTTCTTTGGCACTAAGAAAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    473         GCCACAGTCCCAGCCCTGCTGCCCTGTCGGCCATGGAAAACC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104845 TA...TAGGCCACAGTCCCAGCCCTGCTGCCCTGTCGGCCATGGAAAACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TAATCACCTATGCTGTCCAGAAGGGCCACCTGTCATCCAGTTATGTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106196 TAATCACCTATGCTGTCCAGAAGGGCCACCTGTCATCCAGTTATGTTCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CCACTTCTTGTGAAAGGCGAGAACTGCCTGGCCCCTCGGCAGAAGACAAG
        |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106246 CCACTTCTTGGGAAAGGCGAGAACTGCCTGGCCCCTCGGCAGAAGACAAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CCTGAAGAAGG         CTTGCCCCGGCGTTGTCCCACGGTCTGTGT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 106296 CCTGAAGAAGGGTA...CAGCTTGCCCCGGCGTTGTCCCACGGTCTGTGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GGGGAGCCAGGGAGACCCACTGTCCCAGGATGACTCTCCCAGCGAAGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107384 GGGGAGCCAGGGAGACCCACTGTCCCAGGATGACTCTCCCAGCGAAGTAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GGCATCATTATCCACACTGCCGGGAGGACCTGCAACATTTCTGATGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107434 GGCATCATTATCCACACTGCCGGGAGGACCTGCAACATTTCTGATGAGTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CCGCCTGCTGGTCCGGGACATCCAGTCTTTCTACATAGACAGGCTCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107484 CCGCCTGCTGGTCCGGGACATCCAGTCTTTCTACATAGACAGGCTCAAGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CATGCGACATTGGTTATAA         CTTCCTGGTGGGCCAGGATGGC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 107534 CATGCGACATTGGTTATAAGTG...TAGCTTCCTGGTGGGCCAGGATGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GCCATTTATGAAGGGGTGGGCTGGAATGTCCAAGGCTCCTCCACCCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110656 GCCATTTATGAAGGGGTGGGCTGGAATGTCCAAGGCTCCTCCACCCCTGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CTACGATGACATTGCCCTGGGCATTACCTTCATGGGCACCTTCACAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 110706 CTACGATGACATTGCCCTGGGCATTACCTTCATGGGCACCTTCACAGGTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    944       GTATACCACCCAATGCTGCAGCACTAGAGGCAGCCCAAGACCTG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110756 ...CAGGTATACCACCCAATGCTGCAGCACTAGAGGCAGCCCAAGACCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 ATCCAGTGTGCCATGGTCAAAGGGTACCTGACTCCCAACTACCTGCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117032 ATCCAGTGTGCCATGGTCAAAGGGTACCTGACTCCCAACTACCTGCTGGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GGGCCACAGTGATGTGGCCCGAACCTTGTCTCCTGGGCAGGCTTTGTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117082 GGGCCACAGTGATGTGGCCCGAACCTTGTCTCCTGGGCAGGCTTTGTACA

   1150     .    :    .    :    .    :
   1088 ACATCATCAGCACCTGGCCTCATTTCAAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 117132 ACATCATCAGCACCTGGCCTCATTTCAAACAC