seq1 = pF1KE1854.tfa, 1059 bp
seq2 = pF1KE1854/gi568815579f_49577281.tfa (gi568815579f:49577281_49788242), 210962 bp

>pF1KE1854 1059
>gi568815579f:49577281_49788242 (Chr19)

1-36  (100001-100036)   100% ->
37-138  (103207-103308)   100% ->
139-294  (104630-104785)   100% ->
295-358  (104916-104979)   100% ->
359-501  (106647-106789)   100% ->
502-589  (107474-107561)   100% ->
590-705  (107642-107757)   100% ->
706-856  (108813-108963)   100% ->
857-978  (109325-109446)   100% ->
979-1059  (110882-110962)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCAGCCGAGGCCGCGAACTGCATCATGGAG         GTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100001 ATGGCGGCAGCCGAGGCCGCGAACTGCATCATGGAGGTG...CAGGTGTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CTGTGGCCAGGCGGAAAGCAGTGAGAAGCCCAACGCTGAGGACATGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103212 CTGTGGCCAGGCGGAAAGCAGTGAGAAGCCCAACGCTGAGGACATGACAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCAAAGATTACTACTTTGACTCCTACGCACACTTTGGCATCCACGAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 103262 CCAAAGATTACTACTTTGACTCCTACGCACACTTTGGCATCCACGAGGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    139       GAGATGCTGAAGGACGAGGTGCGCACCCTCACTTACCGCAACTC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103312 ...TAGGAGATGCTGAAGGACGAGGTGCGCACCCTCACTTACCGCAACTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CATGTTTCATAACCGGCACCTCTTCAAGGACAAGGTGGTGCTGGACGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104674 CATGTTTCATAACCGGCACCTCTTCAAGGACAAGGTGGTGCTGGACGTCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCTCGGGCACCGGCATCCTCTGCATGTTTGCTGCCAAGGCCGGGGCCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104724 GCTCGGGCACCGGCATCCTCTGCATGTTTGCTGCCAAGGCCGGGGCCCGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAGGTCATCGGG         ATCGAGTGTTCCAGTATCTCTGATTATGC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 104774 AAGGTCATCGGGGTG...CAGATCGAGTGTTCCAGTATCTCTGATTATGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGTGAAGATCGTCAAAGCCAACAAGTTAGACCACG         TGGTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 104945 GGTGAAGATCGTCAAAGCCAACAAGTTAGACCACGGTG...CAGTGGTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CCATCATCAAGGGGAAGGTGGAGGAGGTGGAGCTCCCAGTGGAGAAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106653 CCATCATCAAGGGGAAGGTGGAGGAGGTGGAGCTCCCAGTGGAGAAGGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GACATCATCATCAGCGAGTGGATGGGCTACTGCCTCTTCTACGAGTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106703 GACATCATCATCAGCGAGTGGATGGGCTACTGCCTCTTCTACGAGTCCAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GCTCAACACCGTGCTCTATGCCCGGGACAAGTGGCTG         GCGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 106753 GCTCAACACCGTGCTCTATGCCCGGGACAAGTGGCTGGTG...TAGGCGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CCGATGGCCTCATCTTCCCAGACCGGGCCACGCTGTATGTGACGGCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107478 CCGATGGCCTCATCTTCCCAGACCGGGCCACGCTGTATGTGACGGCCATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GAGGACCGGCAGTACAAAGACTACAAGATCCACT         GGTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 107528 GAGGACCGGCAGTACAAAGACTACAAGATCCACTGTG...CAGGGTGGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GAACGTGTATGGCTTCGACATGTCTTGCATCAAAGATGTGGCCATTAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107649 GAACGTGTATGGCTTCGACATGTCTTGCATCAAAGATGTGGCCATTAAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AGCCCCTAGTGGATGTCGTGGACCCCAAACAGCTGGTCACCAACGCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107699 AGCCCCTAGTGGATGTCGTGGACCCCAAACAGCTGGTCACCAACGCCTGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CTCATAAAG         GAGGTGGACATCTATACCGTCAAGGTGGAAGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 107749 CTCATAAAGGTG...CAGGAGGTGGACATCTATACCGTCAAGGTGGAAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CCTGACCTTCACCTCCCCGTTCTGCCTGCAAGTGAAGCGGAATGACTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108845 CCTGACCTTCACCTCCCCGTTCTGCCTGCAAGTGAAGCGGAATGACTACG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TGCACGCCCTGGTGGCCTACTTCAACATCGAGTTCACACGCTGCCACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108895 TGCACGCCCTGGTGGCCTACTTCAACATCGAGTTCACACGCTGCCACAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AGGACCGGCTTCTCCACCA         GCCCCGAGTCCCCGTACACGCA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 108945 AGGACCGGCTTCTCCACCAGTG...CAGGCCCCGAGTCCCCGTACACGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CTGGAAGCAGACGGTGTTCTACATGGAGGACTACCTGACCGTGAAGACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109347 CTGGAAGCAGACGGTGTTCTACATGGAGGACTACCTGACCGTGAAGACGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 GCGAGGAGATCTTCGGCACCATCGGCATGCGGCCCAACGCCAAGAACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109397 GCGAGGAGATCTTCGGCACCATCGGCATGCGGCCCAACGCCAAGAACAAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979          CGGGACCTGGACTTCACCATCGACCTGGACTTCAAGGGCCA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109447 GTG...CAGCGGGACCTGGACTTCACCATCGACCTGGACTTCAAGGGCCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GCTGTGCGAGCTGTCCTGCTCCACCGACTACCGGATGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110923 GCTGTGCGAGCTGTCCTGCTCCACCGACTACCGGATGCGC