seq1 = pF1KE1850.tfa, 1107 bp
seq2 = pF1KE1850/gi568815592r_99269603.tfa (gi568815592r:99269603_99494179), 224577 bp

>pF1KE1850 1107
>gi568815592r:99269603_99494179 (Chr6)

(complement)

1-106  (100001-100106)   100% ->
107-233  (110356-110482)   100% ->
234-386  (113839-113991)   100% ->
387-486  (116695-116794)   100% ->
487-729  (117998-118240)   100% ->
730-889  (122593-122752)   99% ->
890-1107  (124360-124577)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGGAGTGGCCGTAAGCTGGGCTCCTCCGGGGGTTGGTTTTTAAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTGGAGTGGCCGTAAGCTGGGCTCCTCCGGGGGTTGGTTTTTAAGAGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGGGGCCTGGAGGCTGTAATACAAAAGCTGCGCGTCCCTTAATTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTGGGGCCTGGAGGCTGTAATACAAAAGCTGCGCGTCCCTTAATTTCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGGCGG         TTTATGTGAAGAACCAGCTCAGTGGGACTCTACAG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGGCGGGTG...CAGTTTATGTGAAGAACCAGCTCAGTGGGACTCTACAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATTAAACCAGGGGTTTTCAATGAATACAGAACCATATGGTTCAAATCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110391 ATTAAACCAGGGGTTTTCAATGAATACAGAACCATATGGTTCAAATCCTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAGGACGATCTTTTCCTGTTTGAACAGAATAAAGAGTTTCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 110441 CAGGACGATCTTTTCCTGTTTGAACAGAATAAAGAGTTTCAGGTG...TA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    234  GTACCCTTGGGCGAGACTGTACAGTACTTCCCAAACCACTGTCGACAGC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113838 GGTACCCTTGGGCGAGACTGTACAGTACTTCCCAAACCACTGTCGACAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGTGAGGTAAAAACCTTCTTGGCCCTGGCTCACAAATGGTGGGATGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113888 GGTGAGGTAAAAACCTTCTTGGCCCTGGCTCACAAATGGTGGGATGAACA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGGAGTATATGCACCTCTTCATTCCATGAATGACCTGAGGGTGCCATTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113938 AGGAGTATATGCACCTCTTCATTCCATGAATGACCTGAGGGTGCCATTTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTAG         GGACAATCTTCTGAAAACAATTCCTAATCACCAGCCA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113988 TTAGGTA...AAGGGACAATCTTCTGAAAACAATTCCTAATCACCAGCCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGAAAACCTTTGTTGGGGATGAAGATTCTTGACGTTGGCTGTGGTGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116732 GGAAAACCTTTGTTGGGGATGAAGATTCTTGACGTTGGCTGTGGTGGTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCTGTTAACTGAA         CCTCTAGGGCGGCTTGGGGCTTCAGTTA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 116782 GCTGTTAACTGAAGTA...TAGCCTCTAGGGCGGCTTGGGGCTTCAGTTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TTGGAATCGACCCTGTGGATGAGAACATTAAAACAGCACAATGCCATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118026 TTGGAATCGACCCTGTGGATGAGAACATTAAAACAGCACAATGCCATAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TCATTTGATCCAGTCCTGGATAAGAGAATAGAGTACAGAGTGTGTTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118076 TCATTTGATCCAGTCCTGGATAAGAGAATAGAGTACAGAGTGTGTTCCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GGAAGAGATTGTGGAAGAGACTGCAGAAACATTTGATGCTGTTGTAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118126 GGAAGAGATTGTGGAAGAGACTGCAGAAACATTTGATGCTGTTGTAGCTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CTGAAGTTGTAGAACATGTGATTGATCTAGAAACATTTTTACAGTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118176 CTGAAGTTGTAGAACATGTGATTGATCTAGAAACATTTTTACAGTGCTGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TGTCAAGTGTTAAAA         CCCGGTGGTTCTTTATTCATTACTAC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 118226 TGTCAAGTGTTAAAAGTA...TAGCCCGGTGGTTCTTTATTCATTACTAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AATCAACAAAACACAACTTTCCTATGCCTTGGGAATTGTTTTTTCAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122619 AATCAACAAAACACAACTTTCCTATGCCTTGGGAATTGTTTTTTCAGAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AAATTGCAGGTATTGTACCAAAAGGTACTCATACATGGGAGAAGTTTGTT
        |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122669 AAATTGCAAGTATTGTACCAAAAGGTACTCATACATGGGAGAAGTTTGTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 TCACCTGAAACACTAGAGAGCATTCTGGAATCAA         ATGGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 122719 TCACCTGAAACACTAGAGAGCATTCTGGAATCAAGTA...CAGATGGTCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GTCAGTTCAAACAGTGGTAGGAATGCTCTATAACCCCTTCTCAGGTTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124367 GTCAGTTCAAACAGTGGTAGGAATGCTCTATAACCCCTTCTCAGGTTACT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 GGCATTGGAGTGAAAATACCAGCCTTAACTATGCAGCTCATGCTGTGAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
 124417 GGCATTGGAGTGAAAATACCAGCCTTAACTATGCAGCTTATGCTGTGAAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 TCCAGGGTCCAGGAACACCCAGCCTCTGCTGAGTTTGTTTTAAAGGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124467 TCCAGGGTCCAGGAACACCCAGCCTCTGCTGAGTTTGTTTTAAAGGGAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 AACAGAAGAGCTCCAAGCTAATGCCTGCACCAATCCAGCTGTGCATGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124517 AACAGAAGAGCTCCAAGCTAATGCCTGCACCAATCCAGCTGTGCATGAAA

   1150     .    :
   1097 AGCTGAAGAAA
        |||||||||||
 124567 AGCTGAAGAAA