seq1 = pF1KE1849.tfa, 1095 bp
seq2 = pF1KE1849/gi568815594f_8363983.tfa (gi568815594f:8363983_8575998), 212016 bp

>pF1KE1849 1095
>gi568815594f:8363983_8575998 (Chr4)

1-27  (90805-90831)   100% ->
28-134  (100003-100109)   100% ->
135-318  (101396-101579)   100% ->
319-751  (103932-104364)   100% ->
752-868  (107102-107218)   100% ->
869-1095  (111790-112016)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTATGGACCACAAACTCAGTTAGAG         GAAGATGCAATCAC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
  90805 ATGTATGGACCACAAACTCAGTTAGAGGTA...TAGGAAGATGCAATCAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 ACCCAATGATAAGACCCTTTTCCCTGATGTTGATTGGTTAATCGGTAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100017 ACCCAATGATAAGACCCTTTTCCCTGATGTTGATTGGTTAATCGGTAACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATTCTGATGAACTCACACCATGGATACCTGTCATTGCAGCCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100067 ATTCTGATGAACTCACACCATGGATACCTGTCATTGCAGCCAGGTG...A

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    135   GTCTTCCTACAATTGCCGCTTCTTTGTCCTCCCCTGCTGCTTCTTTGA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101394 AGGTCTTCCTACAATTGCCGCTTCTTTGTCCTCCCCTGCTGCTTCTTTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CTTCATTGGAAGATACTCCCGGAGGCAGAGTAAGAAGACTCAGTACCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101444 CTTCATTGGAAGATACTCCCGGAGGCAGAGTAAGAAGACTCAGTACCGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AATACCTTGACTTCATTAAAGAAGTGGGCTTCACCTGTGGGTTTCACGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101494 AATACCTTGACTTCATTAAAGAAGTGGGCTTCACCTGTGGGTTTCACGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GACGAAGACTGCCTCAGGATTCCTTCAACCAAAAGA         GTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 101544 GACGAAGACTGCCTCAGGATTCCTTCAACCAAAAGAGTA...CAGGTCTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TCTCGTTGGAAAATCCAGAACATACCCTTCCTCCAGAGAAGCTTCCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103937 TCTCGTTGGAAAATCCAGAACATACCCTTCCTCCAGAGAAGCTTCCGTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATGAAAAGAGGACTCAGTACATTAAGAGCAGGCGGGGCTGCCCTGTAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103987 ATGAAAAGAGGACTCAGTACATTAAGAGCAGGCGGGGCTGCCCTGTAAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CCACCTGGCTGGGAGCTTTCCCCTTCTCCACGCTGGGTTGCTGCTGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104037 CCACCTGGCTGGGAGCTTTCCCCTTCTCCACGCTGGGTTGCTGCTGGCAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGCTGGTCACTGTGACGGTCAGCAAGCTCTGGACGCCAGGGTCGGGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104087 TGCTGGTCACTGTGACGGTCAGCAAGCTCTGGACGCCAGGGTCGGGTGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TAACCAGGGCCTGGGCCGCTGAGCATGGAGCAGGGCCCCAGGCTGAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104137 TAACCAGGGCCTGGGCCGCTGAGCATGGAGCAGGGCCCCAGGCTGAAGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CCCTGGCTACCTGGATTTCATCCCAGAGAAAAGGCTGAGCGTGTGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104187 CCCTGGCTACCTGGATTTCATCCCAGAGAAAAGGCTGAGCGTGTGAGGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CTGTGCCGCCCTGCCACGAGATTTTATTGACCAAGTGGTTTTGCAAGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104237 CTGTGCCGCCCTGCCACGAGATTTTATTGACCAAGTGGTTTTGCAAGTAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CGAATTTACTGTTAGGTGGAAAGCAATTAAACACAAGAAGTTCTCGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104287 CGAATTTACTGTTAGGTGGAAAGCAATTAAACACAAGAAGTTCTCGAAAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GGGAGTTTGAAGACCTGGAATGGGGGAG         AGAGCCTATCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 104337 GGGAGTTTGAAGACCTGGAATGGGGGAGGTA...CAGAGAGCCTATCTCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GGCAGAAGTAGCCAACGAGCTGGACACGGAGACCCTGCGGAGGCTGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107115 GGCAGAAGTAGCCAACGAGCTGGACACGGAGACCCTGCGGAGGCTGAAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GGGAGTGTGGGGGCCTGCAGACGCTGCTCCGGAACAGCCACCAGGTGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107165 GGGAGTGTGGGGGCCTGCAGACGCTGCTCCGGAACAGCCACCAGGTGTTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CAAG         TTGTGAATGGGAGAGTTCACATCCGCGACTGGCGAGA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107215 CAAGGTA...CAGTTGTGAATGGGAGAGTTCACATCCGCGACTGGCGAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GGAGACACTGTGGAAGACAAAGCAACCGGAAGCGAAACAGAGACTGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111827 GGAGACACTGTGGAAGACAAAGCAACCGGAAGCGAAACAGAGACTGCTCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 CTGAAGCCTGCAAAACCCGCCTCTGCTGGTTCTTCATGCATCACCCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111877 CTGAAGCCTGCAAAACCCGCCTCTGCTGGTTCTTCATGCATCACCCTGAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GGCTGCGCTCTGTCCACGGACTGCTGCCCGTTTGCCCATGGGCCTGCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111927 GGCTGCGCTCTGTCCACGGACTGCTGCCCGTTTGCCCATGGGCCTGCGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 GCTGCGGCCACCCCGGACCACCCCGAGGAAGAAGATTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111977 GCTGCGGCCACCCCGGACCACCCCGAGGAAGAAGATTTCA