seq1 = pF1KE1848.tfa, 1095 bp
seq2 = pF1KE1848/gi568815597r_227821521.tfa (gi568815597r:227821521_228025520), 204000 bp

>pF1KE1848 1095
>gi568815597r:227821521_228025520 (Chr1)

(complement)

1-95  (77634-77728)   100% ->
96-352  (100002-100258)   99% ->
353-615  (101121-101383)   100% ->
616-1095  (103521-104000)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGGATGGGTCCCCGCTGGCGCGCTGGCTGGCCGCGGCCTTCGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  77634 ATGCTGGATGGGTCCCCGCTGGCGCGCTGGCTGGCCGCGGCCTTCGGGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GACGCTGCTGCTCGCCGCGCTGCGCCCTTCGGCCGCCTACTTCGG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
  77684 GACGCTGCTGCTCGCCGCGCTGCGCCCTTCGGCCGCCTACTTCGGGTA..

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     96     GCTGACGGGCAGCGAGCCCCTGACCATCCTCCCGCTGACCCTGGAG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  77734 .CAGGCTGACGGGCAGCGAGCCCCTGACCATCCTCCCGCTGACCCTGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCAGAGGCGGCCGCCCAGGCGCACTACAAGGCCTGCGACCGGCTGAAGCT
        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100048 CCAGAGGCGGCTGCCCAGGCGCACTACAAGGCCTGCGACCGGCTGAAGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGAGCGGAAGCAGCGGCGCATGTGCCGCCGGGACCCGGGCGTGGCAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100098 GGAGCGGAAGCAGCGGCGCATGTGCCGCCGGGACCCGGGCGTGGCAGAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CGCTGGTGGAGGCCGTGAGCATGAGTGCACTCGAGTGCCAGTTCCAGTTC
        |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
 100148 CGCTGGTGGAGGCCGTGAGCATGAGTGCGCTCGAGTGCCAGTTCCAGTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CGCTTTGAGCGCTGGAACTGCACGCTGGAGGGCCGCTACCGGGCCAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100198 CGCTTTGAGCGCTGGAACTGCACGCTGGAGGGCCGCTACCGGGCCAGCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GCTCAAGCGAG         GCTTCAAGGAGACTGCCTTCCTCTATGCCA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100248 GCTCAAGCGAGGTG...CAGGCTTCAAGGAGACTGCCTTCCTCTATGCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCTCCTCGGCTGGCCTGACGCACGCACTGGCCAAGGCGTGCAGCGCGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 TCTCCTCGGCTGGCCTGACGCACGCACTGGCCAAGGCGTGCAGCGCGGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CGCATGGAGCGCTGTACCTGCGATGAGGCACCCGACCTGGAGAACCGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 CGCATGGAGCGCTGTACCTGCGATGAGGCACCCGACCTGGAGAACCGTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GGCCTGGCAGTGGGGGGGCTGCGGAGACAACCTTAAGTACAGCAGCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 GGCCTGGCAGTGGGGGGGCTGCGGAGACAACCTTAAGTACAGCAGCAAGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TCGTCAAGGAATTCCTGGGCAGACGGTCAAGCAAGGATCTGCGAGCCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 TCGTCAAGGAATTCCTGGGCAGACGGTCAAGCAAGGATCTGCGAGCCCGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GTGGACTTCCACAACAACCTCGTGGGTGTGAAG         GTGATCAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 101351 GTGGACTTCCACAACAACCTCGTGGGTGTGAAGGCA...CAGGTGATCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GGCTGGGGTGGAGACCACCTGCAAGTGCCATGGCGTGTCAGGCTCATGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
 103529 GGCTGGGGTGGAGACCACCTGCAAGTGCCACGGCGTGTCAGGCTCATGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CGGTGCGGACCTGCTGGCGGCAGTTGGCGCCTTTCCATGAGGTGGGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103579 CGGTGCGGACCTGCTGGCGGCAGTTGGCGCCTTTCCATGAGGTGGGCAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CATCTGAAGCACAAGTATGAGACGGCACTCAAGGTGGGCAGCACCACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103629 CATCTGAAGCACAAGTATGAGACGGCACTCAAGGTGGGCAGCACCACCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 TGAAGCTGCCGGCGAGGCAGGTGCCATCTCCCCACCACGGGGCCGTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103679 TGAAGCTGCCGGCGAGGCAGGTGCCATCTCCCCACCACGGGGCCGTGCCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 CGGGGGCAGGTGGCAGCGACCCGCTGCCCCGCACTCCAGAGCTGGTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103729 CGGGGGCAGGTGGCAGCGACCCGCTGCCCCGCACTCCAGAGCTGGTGCAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 CTGGATGACTCGCCTAGCTTCTGCCTGGCTGGCCGCTTCTCCCCGGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103779 CTGGATGACTCGCCTAGCTTCTGCCTGGCTGGCCGCTTCTCCCCGGGCAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 CGCTGGCCGTAGGTGCCACCGTGAGAAGAACTGCGAGAGCATCTGCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103829 CGCTGGCCGTAGGTGCCACCGTGAGAAGAACTGCGAGAGCATCTGCTGTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 GCCGCGGCCATAACACACAGAGCCGGGTGGTGACAAGGCCCTGCCAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103879 GCCGCGGCCATAACACACAGAGCCGGGTGGTGACAAGGCCCTGCCAGTGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 CAGGTGCGTTGGTGCTGCTATGTGGAGTGCAGGCAGTGCACGCAGCGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103929 CAGGTGCGTTGGTGCTGCTATGTGGAGTGCAGGCAGTGCACGCAGCGTGA

   1100     .    :    .    :
   1074 GGAGGTCTACACCTGCAAGGGC
        ||||||||||||||||||||||
 103979 GGAGGTCTACACCTGCAAGGGC