seq1 = pF1KE1847.tfa, 1095 bp
seq2 = pF1KE1847/gi568815591f_121229293.tfa (gi568815591f:121229293_121439342), 210050 bp

>pF1KE1847 1095
>gi568815591f:121229293_121439342 (Chr7)

1-95  (100001-100095)   100% ->
96-346  (100275-100525)   100% ->
347-633  (102386-102672)   100% ->
634-1095  (109589-110050)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACAGGGCGGCGCTCCTGGGACTGGCCCGCTTGTGCGCGCTGTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACAGGGCGGCGCTCCTGGGACTGGCCCGCTTGTGCGCGCTGTGGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGCCCTGCTCGTGCTGTTCCCCTACGGAGCCCAAGGAAACTGGAT     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100051 AGCCCTGCTCGTGCTGTTCCCCTACGGAGCCCAAGGAAACTGGATGTG..

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     96     GTGGTTGGGCATTGCCTCCTTCGGGGTTCCAGAGAAGCTGGGCTGC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 .CAGGTGGTTGGGCATTGCCTCCTTCGGGGTTCCAGAGAAGCTGGGCTGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCCAATTTGCCGCTGAACAGCCGCCAGAAGGAGCTGTGCAAGAGGAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100321 GCCAATTTGCCGCTGAACAGCCGCCAGAAGGAGCTGTGCAAGAGGAAACC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GTACCTGCTGCCGAGCATCCGAGAGGGCGCCCGGCTGGGCATTCAGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100371 GTACCTGCTGCCGAGCATCCGAGAGGGCGCCCGGCTGGGCATTCAGGAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCGGGAGCCAGTTCAGACACGAGAGATGGAACTGCATGATCACCGCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100421 GCGGGAGCCAGTTCAGACACGAGAGATGGAACTGCATGATCACCGCCGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCCACTACCGCCCCGATGGGCGCCAGCCCCCTCTTTGGCTACGAGCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100471 GCCACTACCGCCCCGATGGGCGCCAGCCCCCTCTTTGGCTACGAGCTGAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CAGCG         GCACCAAAGAGACAGCATTTATTTATGCTGTGATGG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100521 CAGCGGTG...TAGGCACCAAAGAGACAGCATTTATTTATGCTGTGATGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CTGCAGGCCTGGTGCATTCTGTGACCAGGTCATGCAGTGCAGGCAACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102422 CTGCAGGCCTGGTGCATTCTGTGACCAGGTCATGCAGTGCAGGCAACATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ACAGAGTGTTCCTGTGACACCACCTTGCAGAACGGCGGCTCAGCAAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102472 ACAGAGTGTTCCTGTGACACCACCTTGCAGAACGGCGGCTCAGCAAGTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AGGCTGGCACTGGGGGGGCTGCTCCGATGATGTCCAGTATGGCATGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102522 AGGCTGGCACTGGGGGGGCTGCTCCGATGATGTCCAGTATGGCATGTGGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TCAGCAGAAAGTTCCTAGATTTCCCCATCGGAAACACCACGGGCAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102572 TCAGCAGAAAGTTCCTAGATTTCCCCATCGGAAACACCACGGGCAAAGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AACAAAGTACTATTAGCAATGAACCTACATAACAATGAAGCTGGAAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102622 AACAAAGTACTATTAGCAATGAACCTACATAACAATGAAGCTGGAAGGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 G         GCTGTCGCCAAGTTGATGTCAGTAGACTGCCGCTGCCACG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102672 GGTA...CAGGCTGTCGCCAAGTTGATGTCAGTAGACTGCCGCTGCCACG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GAGTTTCCGGCTCCTGTGCTGTGAAAACATGCTGGAAAACCATGTCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109629 GAGTTTCCGGCTCCTGTGCTGTGAAAACATGCTGGAAAACCATGTCTTCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TTTGAAAAGATTGGCCATTTGTTGAAGGATAAATATGAAAACAGTATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109679 TTTGAAAAGATTGGCCATTTGTTGAAGGATAAATATGAAAACAGTATCCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GATATCAGACAAAACAAAGAGGAAAATGCGCAGGAGAGAAAAAGATCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109729 GATATCAGACAAAACAAAGAGGAAAATGCGCAGGAGAGAAAAAGATCAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 GGAAAATACCAATCCATAAGGATGATCTGCTCTATGTTAATAAGTCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109779 GGAAAATACCAATCCATAAGGATGATCTGCTCTATGTTAATAAGTCTCCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 AACTACTGTGTAGAAGATAAGAAACTGGGAATCCCAGGGACACAAGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109829 AACTACTGTGTAGAAGATAAGAAACTGGGAATCCCAGGGACACAAGGCAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 AGAATGCAACCGTACATCAGAGGGTGCAGATGGCTGCAACCTCCTCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109879 AGAATGCAACCGTACATCAGAGGGTGCAGATGGCTGCAACCTCCTCTGCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 GTGGCCGAGGTTACAACACCCATGTGGTCAGGCACGTGGAGAGGTGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109929 GTGGCCGAGGTTACAACACCCATGTGGTCAGGCACGTGGAGAGGTGTGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 TGTAAGTTCATCTGGTGCTGCTATGTCCGTTGCAGGAGGTGTGAAAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109979 TGTAAGTTCATCTGGTGCTGCTATGTCCGTTGCAGGAGGTGTGAAAGCAT

   1100     .    :    .    :
   1074 GACTGATGTCCACACTTGCAAG
        ||||||||||||||||||||||
 110029 GACTGATGTCCACACTTGCAAG