seq1 = pF1KE1843.tfa, 1074 bp
seq2 = pF1KE1843/gi568815581r_48037239.tfa (gi568815581r:48037239_48530120), 492882 bp

>pF1KE1843 1074
>gi568815581r:48037239_48530120 (Chr17)

(complement)

40-152  (133329-133441)   97% ->
153-178  (166307-166332)   100% ->
179-280  (184115-184216)   100% ->
281-358  (340621-340698)   100% ->
359-442  (342195-342278)   100% ->
443-567  (345274-345398)   100% ->
568-631  (347664-347727)   100% ->
632-826  (349873-350067)   100% ->
827-877  (359462-359512)   100% ->
878-975  (367555-367652)   100% ->
976-1074  (392784-392882)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     40 CTGGAAGATGCTGAAGAGTTTCTGGCAGAAGGTTTGCGGAATGAGAACCT
        ||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133329 CTTTTAGATGCTGAAGAGTTTCTGGCAGAAGGTTTGCGGAATGAGAACCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     90 CAGCGCTGTTGCAAGGGATCACAGAGACCATATTCTACGGGGCTTTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133379 CAGCGCTGTTGCAAGGGATCACAGAGACCATATTCTACGGGGCTTTCAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    140 AAATCAAAGCCAG         GTACTATTGGGATTTTCAGCCCCAAG  
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||>>
 133429 AAATCAAAGCCAGGTT...CAGGTACTATTGGGATTTTCAGCCCCAAGGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    179        GGGGAGACATTGGACAGGACAGCTCTGATGATAATCACAGCGG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166335 G...CAGGGGGAGACATTGGACAGGACAGCTCTGATGATAATCACAGCGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    222 GACTCTTGGCCTGTCCCTCACATCCGATGCACCCTTTTTGTCAGATTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184158 GACTCTTGGCCTGTCCCTCACATCCGATGCACCCTTTTTGTCAGATTATC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    272 AGGATGAGG         GAATGGAAGACATCGTAAAAGGAGCTCAAGAA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 184208 AGGATGAGGGTG...TAGGAATGGAAGACATCGTAAAAGGAGCTCAAGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    313 CTTGATAACGTAATCAAGCAAGGATACTTGGAGAAGAAAAGCAAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 340653 CTTGATAACGTAATCAAGCAAGGATACTTGGAGAAGAAAAGCAAAGGTA.

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    359      ATCATAGTTTCTTTGGATCGGAGTGGCAGAAGCGATGGTGTGTTG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 340703 ..TAGATCATAGTTTCTTTGGATCGGAGTGGCAGAAGCGATGGTGTGTTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    404 TCAGCAGAGGTCTCTTCTACTACTATGCTAATGAGAAGA         GC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 342240 TCAGCAGAGGTCTCTTCTACTACTATGCTAATGAGAAGAGTA...CAGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    445 AAGCAGCCCAAAGGGACCTTCCTCATTAAGGGCTACGGTGTACGGATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 345276 AAGCAGCCCAAAGGGACCTTCCTCATTAAGGGCTACGGTGTACGGATGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    495 CCCCCACCTGCGAAGAGATTCCAAGAAAGAATCCTGCTTTGAACTGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 345326 CCCCCACCTGCGAAGAGATTCCAAGAAAGAATCCTGCTTTGAACTGACCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    545 CCCAGGATAGGCGCAGCTATGAG         TTTACAGCTACTAGTCCA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 345376 CCCAGGATAGGCGCAGCTATGAGGTA...TAGTTTACAGCTACTAGTCCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    586 GCAGAAGCCAGAGACTGGGTGGATCAAATAAGTTTCTTGTTAAAGG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 347682 GCAGAAGCCAGAGACTGGGTGGATCAAATAAGTTTCTTGTTAAAGGGTA.

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    632      ATCTGAGCTCCTTAACCATTCCATATGAAGAGGATGAGGAGGAAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 347732 ..TAGATCTGAGCTCCTTAACCATTCCATATGAAGAGGATGAGGAGGAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    677 AAGAAAAAGAAGAGACATATGATGATATTGATGGTTTTGACTCCCCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 349918 AAGAAAAAGAAGAGACATATGATGATATTGATGGTTTTGACTCCCCAAGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    727 TGTGGTTCCCAGTGCAGACCCACTATCTTGCCTGGGAGTGTGGGGATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 349968 TGTGGTTCCCAGTGCAGACCCACTATCTTGCCTGGGAGTGTGGGGATAAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    777 AGAGCCTACAGAGGAGAAAGAAGAAGAAGATATTTATGAAGTCTTGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 350018 AGAGCCTACAGAGGAGAAAGAAGAAGAAGATATTTATGAAGTCTTGCCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    827          ATGAAGAGCATGATCTAGAAGAGGATGAGAGTGGCACTCGA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 350068 GTG...CAGATGAAGAGCATGATCTAGAAGAGGATGAGAGTGGCACTCGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    868 CGAAAAGGAG         ACTATGCCAGTTACTACCAGGGCCTATGGGA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 359503 CGAAAAGGAGGTA...TAGACTATGCCAGTTACTACCAGGGCCTATGGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    909 TTGCCATGGTGACCAGCCAGATGAACTGTCCTTCCAACGGGGTGACCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 367586 TTGCCATGGTGACCAGCCAGATGAACTGTCCTTCCAACGGGGTGACCTCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    959 TCCGTATTCTGAGCAAG         GAGTATAACATGTATGGCTGGTGG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 367636 TCCGTATTCTGAGCAAGGTA...CAGGAGTATAACATGTATGGCTGGTGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1000 GTGGGAGAACTGAACAGCCTCGTTGGGATTGTTCCAAAGGAGTATCTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 392808 GTGGGAGAACTGAACAGCCTCGTTGGGATTGTTCCAAAGGAGTATCTCAC

   1100     .    :    .    :    .
   1050 CACTGCCTTTGAAGTGGAAGAAAGA
        |||||||||||||||||||||||||
 392858 CACTGCCTTTGAAGTGGAAGAAAGA