seq1 = pF1KE1840.tfa, 1071 bp
seq2 = pF1KE1840/gi568815581f_46772516.tfa (gi568815581f:46772516_46976715), 204200 bp

>pF1KE1840 1071
>gi568815581f:46772516_46976715 (Chr17)

1-77  (79124-79200)   100% ->
78-334  (100002-100258)   99% ->
335-600  (102586-102851)   100% ->
601-1071  (103730-104200)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGCCCCCCGCCCGCGCTGGCCCTGGCCGGGCTCTGCCTGCTGGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  79124 ATGCGCCCCCCGCCCGCGCTGGCCCTGGCCGGGCTCTGCCTGCTGGCGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCCGCCGCCGCCGCCTCCTACTTCGG         CCTGACCGGGCGGG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
  79174 GCCCGCCGCCGCCGCCTCCTACTTCGGGTC...TAGCCTGACCGGGCGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAGTCCTGACGCCCTTCCCAGGATTGGGCACTGCGGCAGCCCCGGCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100016 AAGTCCTGACGCCCTTCCCAGGATTGGGCACTGCGGCAGCCCCGGCACAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGCGGGGCCCACCTGAAGCAGTGTGACCTGCTGAAGCTGTCCCGGCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100066 GGCGGGGCCCACCTGAAGCAGTGTGACCTGCTGAAGCTGTCCCGGCGGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAAGCAGCTCTGCCGGAGGGAGCCCGGCCTGGCTGAGACCCTGAGGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100116 GAAGCAGCTCTGCCGGAGGGAGCCCGGCCTGGCTGAGACCCTGAGGGATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTGCGCACCTCGGCCTGCTTGAGTGCCAGTTTCAGTTCCGGCATGAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100166 CTGCGCACCTCGGCCTGCTTGAGTGCCAGTTTCAGTTCCGGCATGAGCGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TGGAACTGTAGCCTGGAGGGCAGGACGGGCCTGCTCAAGAGAG       
        ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||>>>...>
 100216 TGGAACTGTAGCCTGGAGGGCAGGATGGGCCTGCTCAAGAGAGGTG...C

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    335   GCTTCAAAGAGACAGCTTTCCTGTACGCGGTGTCCTCTGCCGCCCTCA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102584 AGGCTTCAAAGAGACAGCTTTCCTGTACGCGGTGTCCTCTGCCGCCCTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCCACACCCTGGCCCGGGCCTGCAGCGCTGGGCGCATGGAGCGCTGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102634 CCCACACCCTGGCCCGGGCCTGCAGCGCTGGGCGCATGGAGCGCTGCACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TGTGATGACTCTCCGGGGCTGGAGAGCCGGCAGGCCTGGCAGTGGGGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102684 TGTGATGACTCTCCGGGGCTGGAGAGCCGGCAGGCCTGGCAGTGGGGCGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GTGCGGTGACAACCTCAAGTACAGCACCAAGTTTCTGAGCAACTTCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102734 GTGCGGTGACAACCTCAAGTACAGCACCAAGTTTCTGAGCAACTTCCTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GGTCCAAGAGAGGAAACAAGGACCTGCGGGCACGGGCAGACGCCCACAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102784 GGTCCAAGAGAGGAAACAAGGACCTGCGGGCACGGGCAGACGCCCACAAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 ACCCACGTGGGCATCAAG         GCTGTGAAGAGTGGCCTCAGGAC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 102834 ACCCACGTGGGCATCAAGGTG...CAGGCTGTGAAGAGTGGCCTCAGGAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CACGTGTAAGTGCCATGGCGTATCAGGCTCCTGTGCCGTGCGCACCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103753 CACGTGTAAGTGCCATGGCGTATCAGGCTCCTGTGCCGTGCGCACCTGCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GGAAGCAGCTCTCCCCGTTCCGTGAGACGGGCCAGGTGCTGAAACTGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103803 GGAAGCAGCTCTCCCCGTTCCGTGAGACGGGCCAGGTGCTGAAACTGCGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TATGACTCGGCTGTCAAGGTGTCCAGTGCCACCAATGAGGCCTTGGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103853 TATGACTCGGCTGTCAAGGTGTCCAGTGCCACCAATGAGGCCTTGGGCCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CCTAGAGCTGTGGGCCCCTGCCAGGCAGGGCAGCCTCACCAAAGGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103903 CCTAGAGCTGTGGGCCCCTGCCAGGCAGGGCAGCCTCACCAAAGGCCTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 CCCCAAGGTCTGGGGACCTGGTGTACATGGAGGACTCACCCAGCTTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103953 CCCCAAGGTCTGGGGACCTGGTGTACATGGAGGACTCACCCAGCTTCTGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 CGGCCCAGCAAGTACTCACCTGGCACAGCAGGTAGGGTGTGCTCCCGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104003 CGGCCCAGCAAGTACTCACCTGGCACAGCAGGTAGGGTGTGCTCCCGGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 GGCCAGCTGCAGCAGCCTGTGCTGCGGGCGGGGCTATGACACCCAGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104053 GGCCAGCTGCAGCAGCCTGTGCTGCGGGCGGGGCTATGACACCCAGAGCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 GCCTGGTGGCCTTCTCCTGCCACTGCCAGGTGCAGTGGTGCTGCTACGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104103 GCCTGGTGGCCTTCTCCTGCCACTGCCAGGTGCAGTGGTGCTGCTACGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1024 GAGTGCCAGCAATGTGTGCAGGAGGAGCTTGTGTACACCTGCAAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104153 GAGTGCCAGCAATGTGTGCAGGAGGAGCTTGTGTACACCTGCAAGCAC