seq1 = pF1KE1834.tfa, 1056 bp
seq2 = pF1KE1834/gi568815586f_57334887.tfa (gi568815586f:57334887_57550019), 215133 bp

>pF1KE1834 1056
>gi568815586f:57334887_57550019 (Chr12)

1-313  (100001-100313)   100% ->
314-1056  (114391-115133)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACCTCCTCATTGCTTCTGGCCTTTCTCCTCCTGGCTCCAACCACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACCTCCTCATTGCTTCTGGCCTTTCTCCTCCTGGCTCCAACCACAGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCCACTCCCAGAGCTGGCGGTCAGTGTCCAGCATGTGGGGGGCCCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCCACTCCCAGAGCTGGCGGTCAGTGTCCAGCATGTGGGGGGCCCACCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGAACTGGAGAGCCAGCGGGAGCTGCTTCTTGATCTGGCCAAGAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGAACTGGAGAGCCAGCGGGAGCTGCTTCTTGATCTGGCCAAGAGAAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATCTTGGACAAGCTGCACCTCACCCAGCGCCCAACACTGAACCGCCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATCTTGGACAAGCTGCACCTCACCCAGCGCCCAACACTGAACCGCCCTGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GTCCAGAGCTGCTTTGAGGACTGCACTGCAGCACCTCCACGGGGTCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GTCCAGAGCTGCTTTGAGGACTGCACTGCAGCACCTCCACGGGGTCCCAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGGGGGCACTTCTAGAGGACAACAGGGAACAGGAATGTGAAATCATCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGGGGGCACTTCTAGAGGACAACAGGGAACAGGAATGTGAAATCATCAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTTGCTGAGACAG         GCCTCTCCACCATCAACCAGACTCGTCT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTTGCTGAGACAGGTG...CAGGCCTCTCCACCATCAACCAGACTCGTCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGATTTTCACTTCTCCTCTGATAGAACTGCTGGTGACAGGGAGGTCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114419 TGATTTTCACTTCTCCTCTGATAGAACTGCTGGTGACAGGGAGGTCCAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AGGCCAGTCTCATGTTCTTTGTGCAGCTCCCTTCCAATACCACTTGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114469 AGGCCAGTCTCATGTTCTTTGTGCAGCTCCCTTCCAATACCACTTGGACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TTGAAAGTGAGAGTCCTTGTGCTGGGTCCACATAATACCAACCTCACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114519 TTGAAAGTGAGAGTCCTTGTGCTGGGTCCACATAATACCAACCTCACCTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GGCTACTCAGTACCTGCTGGAGGTGGATGCCAGTGGCTGGCATCAACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114569 GGCTACTCAGTACCTGCTGGAGGTGGATGCCAGTGGCTGGCATCAACTCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CCCTAGGGCCTGAAGCTCAAGCTGCCTGCAGCCAGGGGCACCTGACCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114619 CCCTAGGGCCTGAAGCTCAAGCTGCCTGCAGCCAGGGGCACCTGACCCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GAGCTGGTACTTGAAGGCCAGGTAGCCCAGAGCTCAGTCATCCTGGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114669 GAGCTGGTACTTGAAGGCCAGGTAGCCCAGAGCTCAGTCATCCTGGGTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 AGCTGCCCATAGGCCTTTTGTGGCAGCCCGGGTGAGAGTTGGGGGCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114719 AGCTGCCCATAGGCCTTTTGTGGCAGCCCGGGTGAGAGTTGGGGGCAAAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 ACCAGATTCACCGACGAGGCATCGACTGCCAAGGAGGGTCCAGGATGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114769 ACCAGATTCACCGACGAGGCATCGACTGCCAAGGAGGGTCCAGGATGTGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 TGTCGACAAGAGTTTTTTGTGGACTTCCGTGAGATTGGCTGGCACGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114819 TGTCGACAAGAGTTTTTTGTGGACTTCCGTGAGATTGGCTGGCACGACTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GATCATCCAGCCTGAGGGCTACGCCATGAACTTCTGCATAGGGCAGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114869 GATCATCCAGCCTGAGGGCTACGCCATGAACTTCTGCATAGGGCAGTGCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 CACTACACATAGCAGGCATGCCTGGTATTGCTGCCTCCTTTCACACTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114919 CACTACACATAGCAGGCATGCCTGGTATTGCTGCCTCCTTTCACACTGCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 GTGCTCAATCTTCTCAAGGCCAACACAGCTGCAGGCACCACTGGAGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114969 GTGCTCAATCTTCTCAAGGCCAACACAGCTGCAGGCACCACTGGAGGGGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CTCATGCTGTGTACCCACGGCCCGGCGCCCCCTGTCTCTGCTCTATTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115019 CTCATGCTGTGTACCCACGGCCCGGCGCCCCCTGTCTCTGCTCTATTATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 ACAGGGACAGCAACATTGTCAAGACTGACATACCTGACATGGTAGTAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115069 ACAGGGACAGCAACATTGTCAAGACTGACATACCTGACATGGTAGTAGAG

   1050     .    :    .
   1042 GCCTGTGGGTGCAGT
        |||||||||||||||
 115119 GCCTGTGGGTGCAGT