seq1 = pF1KE1833.tfa, 1053 bp
seq2 = pF1KE1833/gi568815593f_137984090.tfa (gi568815593f:137984090_138191070), 206981 bp

>pF1KE1833 1053
>gi568815593f:137984090_138191070 (Chr5)

1-68  (100001-100068)   100% ->
69-102  (100161-100194)   100% ->
103-241  (100409-100547)   100% ->
242-367  (103717-103842)   100% ->
368-510  (104838-104980)   100% ->
511-1053  (106439-106981)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGAACCTGTTTATGCTCTGGGCAGCTCTGGGCATATGCTGTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGAACCTGTTTATGCTCTGGGCAGCTCTGGGCATATGCTGTGCTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATTCAGTGCCTCTGCCTG         GTCAGTGAACAATTTCCTGATAA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100051 ATTCAGTGCCTCTGCCTGGTA...TAGGTCAGTGAACAATTTCCTGATAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAGGTCCCAAG         GCCTATCTGACCTACACGACTAGTGTGGCC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100184 CAGGTCCCAAGGTA...CAGGCCTATCTGACCTACACGACTAGTGTGGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 TTGGGTGCCCAGAGTGGCATCGAGGAGTGCAAGTTCCAGTTTGCTTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100439 TTGGGTGCCCAGAGTGGCATCGAGGAGTGCAAGTTCCAGTTTGCTTGGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 ACGCTGGAACTGCCCTGAAAATGCTCTTCAGCTCTCCACCCACAACAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100489 ACGCTGGAACTGCCCTGAAAATGCTCTTCAGCTCTCCACCCACAACAGGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGAGAAGTG         CTACCAGAGAGACTTCCTTCATACATGCTATC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100539 TGAGAAGTGGTA...AAGCTACCAGAGAGACTTCCTTCATACATGCTATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AGCTCTGCTGGAGTCATGTACATCATCACCAAGAACTGTAGCATGGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103749 AGCTCTGCTGGAGTCATGTACATCATCACCAAGAACTGTAGCATGGGTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CTTCGAAAACTGTGGCTGTGATGGGTCAAACAATGGAAAAACAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 103799 CTTCGAAAACTGTGGCTGTGATGGGTCAAACAATGGAAAAACAGGTA...

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    368    GAGGCCATGGCTGGATCTGGGGAGGCTGCAGCGACAATGTGGAATTT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104835 TAGGAGGCCATGGCTGGATCTGGGGAGGCTGCAGCGACAATGTGGAATTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GGGGAAAGGATCTCCAAACTCTTTGTGGACAGTTTGGAGAAGGGGAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104885 GGGGAAAGGATCTCCAAACTCTTTGTGGACAGTTTGGAGAAGGGGAAGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGCCAGAGCCCTGATGAATCTTCACAACAACAGGGCCGGCAGACTG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 104935 TGCCAGAGCCCTGATGAATCTTCACAACAACAGGGCCGGCAGACTGGTG.

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    511      GCAGTGAGAGCCACCATGAAAAGGACATGCAAATGTCATGGCATC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104985 ..AAGGCAGTGAGAGCCACCATGAAAAGGACATGCAAATGTCATGGCATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TCTGGGAGCTGCAGCATACAGACATGCTGGCTGCAGCTGGCTGAATTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106484 TCTGGGAGCTGCAGCATACAGACATGCTGGCTGCAGCTGGCTGAATTCCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GGAGATGGGAGACTACCTAAAGGCCAAGTATGACCAGGCGCTGAAAATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106534 GGAGATGGGAGACTACCTAAAGGCCAAGTATGACCAGGCGCTGAAAATTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AAATGGATAAGCGGCAGCTGAGAGCTGGGAACAGCGCCGAGGGCCACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106584 AAATGGATAAGCGGCAGCTGAGAGCTGGGAACAGCGCCGAGGGCCACTGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GTGCCCGCTGAGGCCTTCCTTCCTAGCGCAGAGGCGGAACTGATCTTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106634 GTGCCCGCTGAGGCCTTCCTTCCTAGCGCAGAGGCGGAACTGATCTTTTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AGAGGAATCACCAGATTACTGTACCTGCAATTCCAGCCTGGGCATCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106684 AGAGGAATCACCAGATTACTGTACCTGCAATTCCAGCCTGGGCATCTATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GCACAGAGGGTCGTGAGTGCCTACAGAACAGCCACAACACATCCAGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106734 GCACAGAGGGTCGTGAGTGCCTACAGAACAGCCACAACACATCCAGGTGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GAGCGACGTAGCTGTGGGCGCCTGTGCACTGAGTGTGGGCTGCAGGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106784 GAGCGACGTAGCTGTGGGCGCCTGTGCACTGAGTGTGGGCTGCAGGTGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 AGAGAGGAAAACTGAGGTCATAAGCAGCTGTAACTGCAAATTCCAGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106834 AGAGAGGAAAACTGAGGTCATAAGCAGCTGTAACTGCAAATTCCAGTGGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 GCTGTACGGTCAAGTGTGACCAGTGTAGGCATGTGGTGAGCAAGTATTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106884 GCTGTACGGTCAAGTGTGACCAGTGTAGGCATGTGGTGAGCAAGTATTAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1006 TGCGCACGCTCCCCAGGCAGTGCCCAGTCCCTGGGTAAGGGCAGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106934 TGCGCACGCTCCCCAGGCAGTGCCCAGTCCCTGGGTAAGGGCAGTGCC