seq1 = pF1KE1831.tfa, 1047 bp
seq2 = pF1KE1831/gi568815576r_45822859.tfa (gi568815576r:45822859_46076754), 253896 bp

>pF1KE1831 1047
>gi568815576r:45822859_46076754 (Chr22)

(complement)

1-71  (100001-100071)   100% ->
72-298  (126609-126835)   100% ->
299-570  (145386-145657)   100% ->
571-1047  (153420-153896)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCACAGAAACTTTCGCAAGTGGATTTTCTACGTGTTTCTCTGCTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCACAGAAACTTTCGCAAGTGGATTTTCTACGTGTTTCTCTGCTTTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGTCCTGTACGTGAAGCTCGG         AGCACTGTCATCCGTGGTGG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100051 CGTCCTGTACGTGAAGCTCGGGTG...CAGAGCACTGTCATCCGTGGTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCCTGGGAGCCAACATCATCTGCAACAAGATTCCTGGCCTAGCCCCGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126629 CCCTGGGAGCCAACATCATCTGCAACAAGATTCCTGGCCTAGCCCCGCGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAGCGTGCCATCTGCCAGAGTCGGCCCGATGCCATCATTGTGATTGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126679 CAGCGTGCCATCTGCCAGAGTCGGCCCGATGCCATCATTGTGATTGGGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGGGGCGCAGATGGGCATCAACGAGTGCCAGTACCAGTTCCGCTTCGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126729 GGGGGCGCAGATGGGCATCAACGAGTGCCAGTACCAGTTCCGCTTCGGAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCTGGAACTGCTCTGCCCTCGGCGAGAAGACCGTCTTCGGGCAAGAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126779 GCTGGAACTGCTCTGCCCTCGGCGAGAAGACCGTCTTCGGGCAAGAGCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CGAGTAG         GGAGCCGTGAGGCTGCCTTCACGTACGCCATCAC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126829 CGAGTAGGTA...CAGGGAGCCGTGAGGCTGCCTTCACGTACGCCATCAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CGCGGCTGGCGTGGCGCACGCCGTCACCGCTGCCTGCAGCCAAGGGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145420 CGCGGCTGGCGTGGCGCACGCCGTCACCGCTGCCTGCAGCCAAGGGAACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGAGCAACTGCGGCTGCGACCGCGAGAAGCAGGGCTACTACAACCAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145470 TGAGCAACTGCGGCTGCGACCGCGAGAAGCAGGGCTACTACAACCAAGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GAGGGCTGGAAGTGGGGCGGCTGCTCGGCCGACGTGCGTTACGGCATCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145520 GAGGGCTGGAAGTGGGGCGGCTGCTCGGCCGACGTGCGTTACGGCATCGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CTTCTCCCGGCGCTTCGTGGACGCTCGGGAGATCAAGAAGAACGCGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145570 CTTCTCCCGGCGCTTCGTGGACGCTCGGGAGATCAAGAAGAACGCGCGGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GCCTCATGAACCTGCATAACAATGAGGCCGGCAGGAAG         GTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 145620 GCCTCATGAACCTGCATAACAATGAGGCCGGCAGGAAGGTA...CAGGTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CTAGAGGACCGGATGCAGCTGGAGTGCAAGTGCCACGGCGTGTCTGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153423 CTAGAGGACCGGATGCAGCTGGAGTGCAAGTGCCACGGCGTGTCTGGCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CTGCACCACCAAAACCTGCTGGACCACGCTGCCCAAGTTCCGAGAGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153473 CTGCACCACCAAAACCTGCTGGACCACGCTGCCCAAGTTCCGAGAGGTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GCCACCTGCTGAAGGAGAAGTACAACGCGGCCGTGCAGGTGGAGGTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153523 GCCACCTGCTGAAGGAGAAGTACAACGCGGCCGTGCAGGTGGAGGTGGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CGGGCCAGCCGTCTGCGGCAGCCCACCTTCCTGCGCATCAAACAGCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153573 CGGGCCAGCCGTCTGCGGCAGCCCACCTTCCTGCGCATCAAACAGCTGCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CAGCTATCAGAAGCCCATGGAGACAGACCTGGTGTACATTGAGAAGTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153623 CAGCTATCAGAAGCCCATGGAGACAGACCTGGTGTACATTGAGAAGTCGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 CCAACTACTGCGAGGAGGACGCGGCCACGGGCAGCGTGGGCACGCAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153673 CCAACTACTGCGAGGAGGACGCGGCCACGGGCAGCGTGGGCACGCAGGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 CGTCTCTGCAACCGCACGTCGCCCGGCGCGGACGGCTGTGACACCATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153723 CGTCTCTGCAACCGCACGTCGCCCGGCGCGGACGGCTGTGACACCATGTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 CTGCGGCCGAGGCTACAACACCCACCAGTACACCAAGGTGTGGCAGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153773 CTGCGGCCGAGGCTACAACACCCACCAGTACACCAAGGTGTGGCAGTGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 ACTGCAAATTCCACTGGTGCTGCTTCGTCAAGTGCAACACCTGCAGCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153823 ACTGCAAATTCCACTGGTGCTGCTTCGTCAAGTGCAACACCTGCAGCGAG

   1050     .    :    .    :
   1024 CGCACCGAGGTCTTCACCTGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||
 153873 CGCACCGAGGTCTTCACCTGCAAG