seq1 = pF1KE1825.tfa, 1023 bp
seq2 = pF1KE1825/gi568815596f_230660002.tfa (gi568815596f:230660002_230918701), 258700 bp

>pF1KE1825 1023
>gi568815596f:230660002_230918701 (Chr2)

1-114  (100001-100114)   100% ->
115-279  (130871-131035)   100% ->
280-398  (133212-133330)   100% ->
399-567  (138728-138896)   100% ->
568-627  (150262-150321)   100% ->
628-693  (154048-154113)   100% ->
694-837  (157753-157896)   100% ->
838-1023  (158515-158700)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCGTTCCCGTTTGGGAAGTCTCACAAATCTCCAGCAGACATTGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCGTTCCCGTTTGGGAAGTCTCACAAATCTCCAGCAGACATTGTGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAATCTGAAGGAGAGCATGGCTGTTCTGGAAAAGCAAGACATTTCTGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAATCTGAAGGAGAGCATGGCTGTTCTGGAAAAGCAAGACATTTCTGATA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAAAAGCAGAAAAG         GCTACAGAAGAAGTTTCCAAAAATCTG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100101 AAAAAGCAGAAAAGGTA...TAGGCTACAGAAGAAGTTTCCAAAAATCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTTGCCATGAAAGAAATTCTGTATGGCACAAATGAAAAAGAGCCTCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130898 GTTGCCATGAAAGAAATTCTGTATGGCACAAATGAAAAAGAGCCTCAGAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGAAGCAGTAGCTCAACTTGCTCAAGAACTCTATAATAGTGGGCTCCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130948 AGAAGCAGTAGCTCAACTTGCTCAAGAACTCTATAATAGTGGGCTCCTTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCACCCTGGTAGCTGATTTACAGCTCATTGACTTTGAG         GGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 130998 GCACCCTGGTAGCTGATTTACAGCTCATTGACTTTGAGGTA...TAGGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAAAAAGACGTGGCTCAAATTTTCAACAATATTCTCAGAAGACAAATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133215 AAAAAAGACGTGGCTCAAATTTTCAACAATATTCTCAGAAGACAAATTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TACGAGAACTCCTACTGTTGAATACATCTGCACCCAACAGAATATTTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133265 TACGAGAACTCCTACTGTTGAATACATCTGCACCCAACAGAATATTTTGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCATGTTATTGAAAGG         GTATGAATCTCCAGAAATAGCTCTA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 133315 TCATGTTATTGAAAGGGTA...CAGGTATGAATCTCCAGAAATAGCTCTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AATTGTGGAATAATGTTAAGAGAATGCATCAGACATGAACCACTTGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138753 AATTGTGGAATAATGTTAAGAGAATGCATCAGACATGAACCACTTGCAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AATCATTTTGTGGTCGGAACAGTTTTATGATTTCTTCAGATATGTCGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138803 AATCATTTTGTGGTCGGAACAGTTTTATGATTTCTTCAGATATGTCGAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGTCAACATTTGACATAGCTTCAGATGCATTTGCCACATTCAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 138853 TGTCAACATTTGACATAGCTTCAGATGCATTTGCCACATTCAAGGTA...

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    568    GATTTACTTACAAGACATAAATTGCTCAGTGCAGAATTTTTGGAACA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150259 TAGGATTTACTTACAAGACATAAATTGCTCAGTGCAGAATTTTTGGAACA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GCATTATGATAGA         TTTTTCAGTGAATATGAGAAGTTACTTC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 150309 GCATTATGATAGAGTA...TAGTTTTTCAGTGAATATGAGAAGTTACTTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ATTCAGAAAATTATGTGACAAAAAGACAGTCACTGAAG         CTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 154076 ATTCAGAAAATTATGTGACAAAAAGACAGTCACTGAAGGTA...CAGCTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CTCGGTGAACTACTACTAGATAGACACAACTTCACAATTATGACAAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157756 CTCGGTGAACTACTACTAGATAGACACAACTTCACAATTATGACAAAATA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CATCAGTAAACCTGAGAACCTCAAATTAATGATGAACCTGCTGCGAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157806 CATCAGTAAACCTGAGAACCTCAAATTAATGATGAACCTGCTGCGAGACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AAAGTCGCAACATCCAGTTTGAGGCCTTTCACGTTTTTAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 157856 AAAGTCGCAACATCCAGTTTGAGGCCTTTCACGTTTTTAAGGTA...CAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GTGTTTGTAGCCAATCCTAACAAGACGCAGCCCATCCTAGACATCCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158515 GTGTTTGTAGCCAATCCTAACAAGACGCAGCCCATCCTAGACATCCTCCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CAAGAACCAGGCCAAACTCATAGAGTTCCTCAGCAAGTTTCAGAACGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158565 CAAGAACCAGGCCAAACTCATAGAGTTCCTCAGCAAGTTTCAGAACGACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GGACGGAGGATGAGCAGTTTAACGACGAGAAGACCTATTTAGTTAAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158615 GGACGGAGGATGAGCAGTTTAACGACGAGAAGACCTATTTAGTTAAACAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .
    988 ATCAGGGATTTGAAGAGACCAGCTCAGCAAGAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158665 ATCAGGGATTTGAAGAGACCAGCTCAGCAAGAAGCT