seq1 = pF1KE1820.tfa, 1002 bp
seq2 = pF1KE1820/gi568815579f_49565824.tfa (gi568815579f:49565824_49773745), 207922 bp

>pF1KE1820 1002
>gi568815579f:49565824_49773745 (Chr19)

1-244  (100001-100244)   100% ->
245-359  (100862-100976)   100% ->
360-502  (101196-101338)   100% ->
503-589  (103028-103114)   100% ->
590-681  (103201-103292)   100% ->
682-954  (104393-104665)   100% ->
955-1002  (107875-107922)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGACGGCCCGCTGGGCTGTTCCCGCCCCTATGCCCTTTTTTGGGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGACGGCCCGCTGGGCTGTTCCCGCCCCTATGCCCTTTTTTGGGTTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCGGCCAGAGGCATGCTGGGAGCGTCACATGCAAATTGAGCGTGCACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCGGCCAGAGGCATGCTGGGAGCGTCACATGCAAATTGAGCGTGCACCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCGTTCCGCCCTTTCTACGCTGGGCCGGTTATCGACCCGGCCCAGTGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCGTTCCGCCCTTTCTACGCTGGGCCGGTTATCGACCCGGCCCAGTGCGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGGCGCGGGAAAGTTGAACTAATAAAGTTTGTACGAGTTCAGTGGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGGCGCGGGAAAGTTGAACTAATAAAGTTTGTACGAGTTCAGTGGAGGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 ACCGCAAGTTGAGTGGAGGAGGCGGCGGTGGGGCCCCGGACCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100201 ACCGCAAGTTGAGTGGAGGAGGCGGCGGTGGGGCCCCGGACCAGGTC...

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    245    GTGCCTCCATGGCAGGCTCTGAAGAGCTGGGGCTCCGGGAAGACACG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100859 CAGGTGCCTCCATGGCAGGCTCTGAAGAGCTGGGGCTCCGGGAAGACACG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTGAGGGTCCTAGCTGCCTTCCTTAGGCGTGGTGAGGCTGCCGGGTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100909 CTGAGGGTCCTAGCTGCCTTCCTTAGGCGTGGTGAGGCTGCCGGGTCTCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGTTCCAACTCCACCTAG         AAGCCCTGCCCAAGAAGAGCCAA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100959 TGTTCCAACTCCACCTAGGTA...CAGAAGCCCTGCCCAAGAAGAGCCAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CAGACTTCCTGAGCCGCCTTCGAAGATGTCTTCCCTGCTCCCTGGGGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101219 CAGACTTCCTGAGCCGCCTTCGAAGATGTCTTCCCTGCTCCCTGGGGCGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GGAGCAGCCCCCTCTGAGTCCCCTCGGCCTTGCTCTCTGCCCATCCGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101269 GGAGCAGCCCCCTCTGAGTCCCCTCGGCCTTGCTCTCTGCCCATCCGCCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CTGCTATGGTTTAGAGCCTG         GCCCAGCTACTCCAGACTTCT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 101319 CTGCTATGGTTTAGAGCCTGGTA...CAGGCCCAGCTACTCCAGACTTCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ATGCTTTGGTGGCCCAGCGGCTGGAACAGCTGGTCCAAGAGCAGCTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103049 ATGCTTTGGTGGCCCAGCGGCTGGAACAGCTGGTCCAAGAGCAGCTGAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TCTCCGCCCAGCCCAG         AATTACAGGGTCCCCCATCGACAGA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 103099 TCTCCGCCCAGCCCAGGTG...CAGAATTACAGGGTCCCCCATCGACAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GAAGGAAGCCATACTGCGGAGGCTGGTGGCCCTGCTGGAGGAGGAGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103226 GAAGGAAGCCATACTGCGGAGGCTGGTGGCCCTGCTGGAGGAGGAGGCAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AAGTCATTAACCAGAAG         CTGGCCTCGGACCCCGCCCTGCGC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 103276 AAGTCATTAACCAGAAGGTG...CAGCTGGCCTCGGACCCCGCCCTGCGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AGCAAGCTGGTCCGCCTGTCCTCCGACTCTTTCGCCCGCCTGGTGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104417 AGCAAGCTGGTCCGCCTGTCCTCCGACTCTTTCGCCCGCCTGGTGGAGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GTTCTGTAGCCGGGATGACAGCTCTCGCCCAAGCCGAGCATGCCCCGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104467 GTTCTGTAGCCGGGATGACAGCTCTCGCCCAAGCCGAGCATGCCCCGGGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CCCCGCCTCCTTCCCCGGAGCCCCTGGCCCGCCTGGCCCTAGCCATGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104517 CCCCGCCTCCTTCCCCGGAGCCCCTGGCCCGCCTGGCCCTAGCCATGGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CTGAGCCGGCGCGTGGCCGGGCTGGGGGGCACCCTGGCCGGACTCAGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104567 CTGAGCCGGCGCGTGGCCGGGCTGGGGGGCACCCTGGCCGGACTCAGCGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GGAGCACGTGCACAGCTTCACGCCCTGGATCCAGGCCCACGGGGGCTGG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 104617 GGAGCACGTGCACAGCTTCACGCCCTGGATCCAGGCCCACGGGGGCTGGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    955         GAGGGCATCCTGGCTGTTTCACCCGTGGACTTGAACTTGCCA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104667 TG...CAGGAGGGCATCCTGGCTGTTTCACCCGTGGACTTGAACTTGCCA

   1050     .
    997 TTGGAC
        ||||||
 107917 TTGGAC