seq1 = pF1KE1818.tfa, 834 bp
seq2 = pF1KE1818/gi568815597r_158228919.tfa (gi568815597r:158228919_158431423), 202505 bp

>pF1KE1818 834
>gi568815597r:158228919_158431423 (Chr1)

(complement)

1-61  (100001-100061)   100% ->
62-328  (100362-100628)   100% ->
329-607  (101294-101572)   100% ->
608-721  (101776-101889)   100% ->
722-815  (102410-102503)   100% ->
816-834  (103167-103185)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGCTGCTGCCATTTCAACTGTTAGCTGTTCTCTTTCCTGGTGGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGCTGCTGCCATTTCAACTGTTAGCTGTTCTCTTTCCTGGTGGTAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGTGAACATG         CCTTCCAGGGGCCGACCTCCTTTCATGTTA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGTGAACATGGTA...CAGCCTTCCAGGGGCCGACCTCCTTTCATGTTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCCAGACCTCGTCCTTTACCAATAGTACCTGGGCACAAACTCAAGGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100392 TCCAGACCTCGTCCTTTACCAATAGTACCTGGGCACAAACTCAAGGCTCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGCTGGTTGGATGATTTGCAGATTCATGGCTGGGATAGCGACTCAGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100442 GGCTGGTTGGATGATTTGCAGATTCATGGCTGGGATAGCGACTCAGGCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGCCATATTCCTGAAGCCTTGGTCTAAAGGTAACTTTAGTGATAAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100492 TGCCATATTCCTGAAGCCTTGGTCTAAAGGTAACTTTAGTGATAAGGAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTGCTGAGTTAGAGGAGATATTCCGAGTCTACATCTTTGGATTCGCTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100542 TTGCTGAGTTAGAGGAGATATTCCGAGTCTACATCTTTGGATTCGCTCGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAAGTACAAGACTTTGCCGGTGATTTCCAGATGAAAT         ACCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100592 GAAGTACAAGACTTTGCCGGTGATTTCCAGATGAAATGTG...TAGACCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTTTGAGATCCAGGGCATAGCAGGCTGTGAGCTACATTCTGGAGGTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101298 CTTTGAGATCCAGGGCATAGCAGGCTGTGAGCTACATTCTGGAGGTGCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TAGTAAGCTTCCTGAGGGGAGCTCTAGGAGGATTGGATTTCCTGAGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101348 TAGTAAGCTTCCTGAGGGGAGCTCTAGGAGGATTGGATTTCCTGAGTGTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AAGAATGCTTCATGTGTGCCTTCCCCAGAAGGTGGCAGCAGGGCACAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101398 AAGAATGCTTCATGTGTGCCTTCCCCAGAAGGTGGCAGCAGGGCACAGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 ATTCTGTGCACTAATCATACAATATCAAGGTATCATGGAAACTGTGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101448 ATTCTGTGCACTAATCATACAATATCAAGGTATCATGGAAACTGTGAGAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TTCTCCTCTATGAAACCTGCCCCCGATATCTCTTGGGCGTCCTCAATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101498 TTCTCCTCTATGAAACCTGCCCCCGATATCTCTTGGGCGTCCTCAATGCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GGAAAAGCAGATCTGCAAAGACAAG         TGAAGCCTGAGGCCTG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 101548 GGAAAAGCAGATCTGCAAAGACAAGGTT...TAGTGAAGCCTGAGGCCTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GCTGTCCAGTGGCCCCAGTCCTGGACCTGGCCGTCTGCAGCTTGTGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101792 GCTGTCCAGTGGCCCCAGTCCTGGACCTGGCCGTCTGCAGCTTGTGTGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 ATGTCTCAGGATTCTACCCAAAGCCCGTGTGGGTGATGTGGATGCGGG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 101842 ATGTCTCAGGATTCTACCCAAAGCCCGTGTGGGTGATGTGGATGCGGGGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    722        GAAACCCCACCTCCATTGGCTCAATTGTTTTGGCAATAATAGT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101892 G...CAGGAAACCCCACCTCCATTGGCTCAATTGTTTTGGCAATAATAGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GCCTTCCTTGCTCCTTTTGCTATGCCTTGCATTATGGTATATGAGGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102453 GCCTTCCTTGCTCCTTTTGCTATGCCTTGCATTATGGTATATGAGGCGCC

    850     .    :    .    :    .
    815 G         GTCATATCAGAATATCCCA
        |>>>...>>>|||||||||||||||||||
 102503 GGTG...CAGGTCATATCAGAATATCCCA