seq1 = pF1KE1817.tfa, 996 bp
seq2 = pF1KE1817/gi568815596r_23977582.tfa (gi568815596r:23977582_24184326), 206745 bp

>pF1KE1817 996
>gi568815596r:23977582_24184326 (Chr2)

(complement)

1-138  (100001-100138)   100% ->
139-406  (101175-101442)   100% ->
407-619  (103296-103508)   100% ->
620-816  (104687-104883)   100% ->
817-996  (106566-106745)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTAGCCGTGCACTTTGACAAGCCGGGAGGACCGGAAAACCTCTACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTAGCCGTGCACTTTGACAAGCCGGGAGGACCGGAAAACCTCTACGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAAGGAGGTGGCCAAGCCGAGCCCGGGGGAGGGTGAAGTCCTCCTGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAAGGAGGTGGCCAAGCCGAGCCCGGGGGAGGGTGAAGTCCTCCTGAAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGCGGCCAGCGCCCTGAACCGGGCGGACTTAATGCAG         AGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100101 TGGCGGCCAGCGCCCTGAACCGGGCGGACTTAATGCAGGTA...CAGAGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAAGGCCAGTATGACCCACCTCCAGGAGCCAGCAACATTTTGGGACTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101178 CAAGGCCAGTATGACCCACCTCCAGGAGCCAGCAACATTTTGGGACTTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGCATCTGGACATGTGGCAGAGCTGGGGCCTGGCTGCCAGGGACACTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101228 GGCATCTGGACATGTGGCAGAGCTGGGGCCTGGCTGCCAGGGACACTGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGATCGGGGACACAGCCATGGCTCTGCTCCCCGGTGGGGGCCAGGCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101278 AGATCGGGGACACAGCCATGGCTCTGCTCCCCGGTGGGGGCCAGGCTCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TACGTCACTGTCCCCGAAGGGCTCCTCATGCCTATCCCAGAGGGATTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101328 TACGTCACTGTCCCCGAAGGGCTCCTCATGCCTATCCCAGAGGGATTGAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CCTGACCCAGGCTGCAGCCATCCCAGAGGCCTGGCTCACCGCCTTCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101378 CCTGACCCAGGCTGCAGCCATCCCAGAGGCCTGGCTCACCGCCTTCCAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TGTTACATCTTGTGG         GAAATGTTCAGGCTGGAGACTATGTG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 101428 TGTTACATCTTGTGGGTG...CAGGAAATGTTCAGGCTGGAGACTATGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CTAATCCATGCAGGACTGAGTGGTGTGGGCACAGCTGCTATCCAACTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103322 CTAATCCATGCAGGACTGAGTGGTGTGGGCACAGCTGCTATCCAACTCAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CCGGATGGCTGGAGCTATTCCTCTGGTCACAGCTGGCTCCCAGAAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103372 CCGGATGGCTGGAGCTATTCCTCTGGTCACAGCTGGCTCCCAGAAGAAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TTCAAATGGCAGAAAAGCTTGGAGCAGCTGCTGGATTCAATTACAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103422 TTCAAATGGCAGAAAAGCTTGGAGCAGCTGCTGGATTCAATTACAAAAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GAGGATTTCTCTGAAGCAACGCTGAAATTCACCAAAG         GTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 103472 GAGGATTTCTCTGAAGCAACGCTGAAATTCACCAAAGGTA...AAGGTGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TGGAGTTAATCTTATTCTAGACTGCATAGGCGGATCCTACTGGGAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104691 TGGAGTTAATCTTATTCTAGACTGCATAGGCGGATCCTACTGGGAGAAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 ACGTCAACTGCCTGGCTCTTGATGGTCGATGGGTTCTCTATGGTCTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104741 ACGTCAACTGCCTGGCTCTTGATGGTCGATGGGTTCTCTATGGTCTGATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GGAGGAGGTGACATCAATGGGCCCCTGTTTTCAAAGCTACTTTTTAAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104791 GGAGGAGGTGACATCAATGGGCCCCTGTTTTCAAAGCTACTTTTTAAGCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 AGGAAGTCTGATCACCAGTTTGCTGAGGTCTAGGGACAATAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 104841 AGGAAGTCTGATCACCAGTTTGCTGAGGTCTAGGGACAATAAGGTG...T

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    817   TACAAGCAAATGCTGGTGAATGCTTTCACGGAGCAAATTCTGCCTCAC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106564 AGTACAAGCAAATGCTGGTGAATGCTTTCACGGAGCAAATTCTGCCTCAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 TTCTCCACGGAGGGCCCCCAACGTCTGCTGCCGGTTCTGGACAGAATCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106614 TTCTCCACGGAGGGCCCCCAACGTCTGCTGCCGGTTCTGGACAGAATCTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CCCAGTGACCGAAATCCAGGAGGCCCATAAGTACATGGAGGCCAACAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106664 CCCAGTGACCGAAATCCAGGAGGCCCATAAGTACATGGAGGCCAACAAGA

   1000     .    :    .    :    .    :
    965 ACATAGGCAAGATCGTCCTGGAACTGCCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 106714 ACATAGGCAAGATCGTCCTGGAACTGCCCCAG