seq1 = pF1KE1814.tfa, 987 bp
seq2 = pF1KE1814/gi568815575f_48378048.tfa (gi568815575f:48378048_48582794), 204747 bp

>pF1KE1814 987
>gi568815575f:48378048_48582794 (ChrX)

1-121  (100001-100121)   100% ->
122-191  (100402-100471)   100% ->
192-282  (100570-100660)   100% ->
283-361  (100991-101069)   100% ->
362-414  (103104-103156)   100% ->
415-468  (103242-103295)   100% ->
469-571  (103379-103481)   100% ->
572-655  (103585-103668)   100% ->
656-759  (104356-104459)   100% ->
760-957  (104550-104747)   100% ->
958-987  (104939-104968)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGACGGACGTCAAAGGACAAGCGGGATGTCTACTACCGCCTGGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGACGGACGTCAAAGGACAAGCGGGATGTCTACTACCGCCTGGCCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAGAATGGCTGGCGTGCTCGCAGCGCCTTCAAACTGCTACAACTGGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGAGAATGGCTGGCGTGCTCGCAGCGCCTTCAAACTGCTACAACTGGATA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGAATTCCAACTCTTCCAAG         GCGTGACACGGGCAGTTGAC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100101 AGGAATTCCAACTCTTCCAAGGTC...CAGGCGTGACACGGGCAGTTGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGTGTGCAGCCCCAGGCAGCTGGAGCCAGGTGCTGAGCCAGAAGATCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100422 CTGTGTGCAGCCCCAGGCAGCTGGAGCCAGGTGCTGAGCCAGAAGATCGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192          GGGCCAAGGGTCCGGCCACGTGGTGGCTGTGGACCTGCAGG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100472 GTA...CAGGGGCCAAGGGTCCGGCCACGTGGTGGCTGTGGACCTGCAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTATGGCTCCACTACCAGGTGTGGTACAGATCCAGGGGGACATCACCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100611 CTATGGCTCCACTACCAGGTGTGGTACAGATCCAGGGGGACATCACCCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283          CTGTCCACTGCCAAGGAGATCATCCAGCACTTTAAGGGCTG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100661 GTA...TAGCTGTCCACTGCCAAGGAGATCATCCAGCACTTTAAGGGCTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CCCTGCGGACCTAGTGGTGTGTGACGGGGCTCCTGATG         TAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 101032 CCCTGCGGACCTAGTGGTGTGTGACGGGGCTCCTGATGGTA...CAGTAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CCGGTCTCCATGATGTTGATGAGTATATGCAGGCCCAGCTCCTCCTAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103107 CCGGTCTCCATGATGTTGATGAGTATATGCAGGCCCAGCTCCTCCTAGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415          GCTCTGAACATTGCTACACATGTCCTGAAGCCAGGGGGCTG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103157 GTG...CAGGCTCTGAACATTGCTACACATGTCCTGAAGCCAGGGGGCTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CTTTGTGGCCAAG         ATATTCCGAGGCCGGGATGTGACGCTCC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 103283 CTTTGTGGCCAAGGTA...CAGATATTCCGAGGCCGGGATGTGACGCTCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 TCTACAGCCAGCTGCAGGTCTTCTTCTCCAGCGTGCTGTGTGCCAAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103407 TCTACAGCCAGCTGCAGGTCTTCTTCTCCAGCGTGCTGTGTGCCAAGCCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 AGGAGCAGCCGGAACTCTAGCATCG         AGGCCTTCGCTGTCTG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 103457 AGGAGCAGCCGGAACTCTAGCATCGGTC...CAGAGGCCTTCGCTGTCTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 TCAGGGCTATGACCCTCCCGAGGGCTTCATCCCGGACCTGAGCAAACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103601 TCAGGGCTATGACCCTCCCGAGGGCTTCATCCCGGACCTGAGCAAACCCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 TGCTGGACCATTCTTACG         ACCCAGATTTCAACCAGCTGGAT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 103651 TGCTGGACCATTCTTACGGTG...AAGACCCAGATTTCAACCAGCTGGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 GGTCCCACCCGCATCATTGTGCCTTTTGTGACCTGTGGGGACCTGAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104379 GGTCCCACCCGCATCATTGTGCCTTTTGTGACCTGTGGGGACCTGAGCTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 CTATGATTCGGACCGCAGTTACCCACTGGAC         CTAGAGGGCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 104429 CTATGATTCGGACCGCAGTTACCCACTGGACGTG...CAGCTAGAGGGCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 GCTCAGAGTACAAGTACACTCCACCCACACAGCCCCCCATCTCGCCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104560 GCTCAGAGTACAAGTACACTCCACCCACACAGCCCCCCATCTCGCCACCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 TACCAGGAGGCCTGCACGTTGAAGAGGAAGGGGCAGCTGGCCAAGGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104610 TACCAGGAGGCCTGCACGTTGAAGAGGAAGGGGCAGCTGGCCAAGGAGAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 CCGCCCCCAGGACTGCCCCATCAGCAGAGTGGACACGTTTCCCCAGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104660 CCGCCCCCAGGACTGCCCCATCAGCAGAGTGGACACGTTTCCCCAGCCCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 TGGCCGCCCCTCAGTGCCACACCCTGCTGGCCCCTGAG         ATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 104710 TGGCCGCCCCTCAGTGCCACACCCTGCTGGCCCCTGAGGTC...TAGATG

   1050     .    :    .    :    .
    961 GAAGACAATGAAATGAGTTGTTCACCT
        |||||||||||||||||||||||||||
 104942 GAAGACAATGAAATGAGTTGTTCACCT