seq1 = pF1KE1813.tfa, 987 bp
seq2 = pF1KE1813/gi568815597r_150696802.tfa (gi568815597r:150696802_150906805), 210004 bp

>pF1KE1813 987
>gi568815597r:150696802_150906805 (Chr1)

(complement)

1-120  (100001-100120)   100% ->
121-243  (100582-100704)   100% ->
244-399  (100790-100945)   100% ->
400-618  (102567-102785)   100% ->
619-784  (107097-107262)   100% ->
785-890  (107533-107638)   99% ->
891-987  (109908-110004)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGGGGGCTCAAGGTTCTGCTGCTACCTGTGGTGAGCTTTGCTCTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTGGGGGCTCAAGGTTCTGCTGCTACCTGTGGTGAGCTTTGCTCTGTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCTGAGGAGATACTGGACACCCACTGGGAGCTATGGAAGAAGACCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCTGAGGAGATACTGGACACCCACTGGGAGCTATGGAAGAAGACCCACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGAAGCAATATAACAACAAG         GTGGATGAAATCTCTCGGCGT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100101 GGAAGCAATATAACAACAAGGTG...TAGGTGGATGAAATCTCTCGGCGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTAATTTGGGAAAAAAACCTGAAGTATATTTCCATCCATAACCTTGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100603 TTAATTTGGGAAAAAAACCTGAAGTATATTTCCATCCATAACCTTGAGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TTCTCTTGGTGTCCATACATATGAACTGGCTATGAACCACCTGGGGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100653 TTCTCTTGGTGTCCATACATATGAACTGGCTATGAACCACCTGGGGGACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TG         ACCAGTGAAGAGGTGGTTCAGAAGATGACTGGACTCAAA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100703 TGGCA...TAGACCAGTGAAGAGGTGGTTCAGAAGATGACTGGACTCAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTACCCCTGTCTCATTCCCGCAGTAATGACACCCTTTATATCCCAGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100829 GTACCCCTGTCTCATTCCCGCAGTAATGACACCCTTTATATCCCAGAATG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGAAGGTAGAGCCCCAGACTCTGTCGACTATCGAAAGAAAGGATATGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100879 GGAAGGTAGAGCCCCAGACTCTGTCGACTATCGAAAGAAAGGATATGTTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CTCCTGTCAAAAATCAG         GGTCAGTGTGGTTCCTGTTGGGCT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100929 CTCCTGTCAAAAATCAGGTA...CAGGGTCAGTGTGGTTCCTGTTGGGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TTTAGCTCTGTGGGTGCCCTGGAGGGCCAACTCAAGAAGAAAACTGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102591 TTTAGCTCTGTGGGTGCCCTGGAGGGCCAACTCAAGAAGAAAACTGGCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 ACTCTTAAATCTGAGTCCCCAGAACCTAGTGGATTGTGTGTCTGAGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102641 ACTCTTAAATCTGAGTCCCCAGAACCTAGTGGATTGTGTGTCTGAGAATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ATGGCTGTGGAGGGGGCTACATGACCAATGCCTTCCAATATGTGCAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102691 ATGGCTGTGGAGGGGGCTACATGACCAATGCCTTCCAATATGTGCAGAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AACCGGGGTATTGACTCTGAAGATGCCTACCCATATGTGGGACAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 102741 AACCGGGGTATTGACTCTGAAGATGCCTACCCATATGTGGGACAGGTG..

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    619     GAAGAGAGTTGTATGTACAACCCAACAGGCAAGGCAGCTAAATGCA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102791 .CAGGAAGAGAGTTGTATGTACAACCCAACAGGCAAGGCAGCTAAATGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GAGGGTACAGAGAGATCCCCGAGGGGAATGAGAAAGCCCTGAAGAGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107143 GAGGGTACAGAGAGATCCCCGAGGGGAATGAGAAAGCCCTGAAGAGGGCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GTGGCCCGAGTGGGACCTGTCTCTGTGGCCATTGATGCAAGCCTGACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107193 GTGGCCCGAGTGGGACCTGTCTCTGTGGCCATTGATGCAAGCCTGACCTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CTTCCAGTTTTACAGCAAAG         GTGTGTATTATGATGAAAGCT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 107243 CTTCCAGTTTTACAGCAAAGGTA...TAGGTGTGTATTATGATGAAAGCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GCAATAGCGATAATCTGAACCATGCGGTTTTGGCAGTGGGATATGGAATC
        ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
 107554 GCAATAGCGATAATCTGAACCATGCAGTTTTGGCAGTGGGATATGGAATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CAGAAGGGAAACAAGCACTGGATAATTAAAAACAG         CTGGGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 107604 CAGAAGGGAAACAAGCACTGGATAATTAAAAACAGGTA...CAGCTGGGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 AGAAAACTGGGGAAACAAAGGATATATCCTCATGGCTCGAAATAAGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109914 AGAAAACTGGGGAAACAAAGGATATATCCTCATGGCTCGAAATAAGAACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :
    947 ACGCCTGTGGCATTGCCAACCTGGCCAGCTTCCCCAAGATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109964 ACGCCTGTGGCATTGCCAACCTGGCCAGCTTCCCCAAGATG