seq1 = pF1KE1812.tfa, 984 bp
seq2 = pF1KE1812/gi568815593r_159216688.tfa (gi568815593r:159216688_159426782), 210095 bp

>pF1KE1812 984
>gi568815593r:159216688_159426782 (Chr5)

(complement)

1-88  (100001-100088)   100% ->
89-364  (103454-103729)   100% ->
365-482  (104272-104389)   100% ->
483-697  (106263-106477)   100% ->
698-855  (107890-108047)   100% ->
856-984  (109967-110095)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGTCACCAGCAGTTGGTCATCTCTTGGTTTTCCCTGGTTTTTCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTGTCACCAGCAGTTGGTCATCTCTTGGTTTTCCCTGGTTTTTCTGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATCTCCCCTCGTGGCCATATGGGAACTGAAGAAAGATG         TTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100051 ATCTCCCCTCGTGGCCATATGGGAACTGAAGAAAGATGGTA...CAGTTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATGTCGTAGAATTGGATTGGTATCCGGATGCCCCTGGAGAAATGGTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103457 ATGTCGTAGAATTGGATTGGTATCCGGATGCCCCTGGAGAAATGGTGGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTCACCTGTGACACCCCTGAAGAAGATGGTATCACCTGGACCTTGGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103507 CTCACCTGTGACACCCCTGAAGAAGATGGTATCACCTGGACCTTGGACCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAGCAGTGAGGTCTTAGGCTCTGGCAAAACCCTGACCATCCAAGTCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103557 GAGCAGTGAGGTCTTAGGCTCTGGCAAAACCCTGACCATCCAAGTCAAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGTTTGGAGATGCTGGCCAGTACACCTGTCACAAAGGAGGCGAGGTTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103607 AGTTTGGAGATGCTGGCCAGTACACCTGTCACAAAGGAGGCGAGGTTCTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AGCCATTCGCTCCTGCTGCTTCACAAAAAGGAAGATGGAATTTGGTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103657 AGCCATTCGCTCCTGCTGCTTCACAAAAAGGAAGATGGAATTTGGTCCAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGATATTTTAAAGGACCAGAAAG         AACCCAAAAATAAGACCT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 103707 TGATATTTTAAAGGACCAGAAAGGTA...CAGAACCCAAAAATAAGACCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTCTAAGATGCGAGGCCAAGAATTATTCTGGACGTTTCACCTGCTGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104290 TTCTAAGATGCGAGGCCAAGAATTATTCTGGACGTTTCACCTGCTGGTGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CTGACGACAATCAGTACTGATTTGACATTCAGTGTCAAAAGCAGCAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104340 CTGACGACAATCAGTACTGATTTGACATTCAGTGTCAAAAGCAGCAGAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483          CTCTTCTGACCCCCAAGGGGTGACGTGCGGAGCTGCTACAC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104390 GTG...CAGCTCTTCTGACCCCCAAGGGGTGACGTGCGGAGCTGCTACAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TCTCTGCAGAGAGAGTCAGAGGGGACAACAAGGAGTATGAGTACTCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106304 TCTCTGCAGAGAGAGTCAGAGGGGACAACAAGGAGTATGAGTACTCAGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GAGTGCCAGGAGGACAGTGCCTGCCCAGCTGCTGAGGAGAGTCTGCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106354 GAGTGCCAGGAGGACAGTGCCTGCCCAGCTGCTGAGGAGAGTCTGCCCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TGAGGTCATGGTGGATGCCGTTCACAAGCTCAAGTATGAAAACTACACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106404 TGAGGTCATGGTGGATGCCGTTCACAAGCTCAAGTATGAAAACTACACCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GCAGCTTCTTCATCAGGGACATCA         TCAAACCTGACCCACCC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 106454 GCAGCTTCTTCATCAGGGACATCAGTG...CAGTCAAACCTGACCCACCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AAGAACTTGCAGCTGAAGCCATTAAAGAATTCTCGGCAGGTGGAGGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107907 AAGAACTTGCAGCTGAAGCCATTAAAGAATTCTCGGCAGGTGGAGGTCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CTGGGAGTACCCTGACACCTGGAGTACTCCACATTCCTACTTCTCCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107957 CTGGGAGTACCCTGACACCTGGAGTACTCCACATTCCTACTTCTCCCTGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CATTCTGCGTTCAGGTCCAGGGCAAGAGCAAGAGAGAAAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 108007 CATTCTGCGTTCAGGTCCAGGGCAAGAGCAAGAGAGAAAAGGTA...CAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 AAAGATAGAGTCTTCACGGACAAGACCTCAGCCACGGTCATCTGCCGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109967 AAAGATAGAGTCTTCACGGACAAGACCTCAGCCACGGTCATCTGCCGCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 AAATGCCAGCATTAGCGTGCGGGCCCAGGACCGCTACTATAGCTCATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110017 AAATGCCAGCATTAGCGTGCGGGCCCAGGACCGCTACTATAGCTCATCTT

   1000     .    :    .    :    .
    956 GGAGCGAATGGGCATCTGTGCCCTGCAGT
        |||||||||||||||||||||||||||||
 110067 GGAGCGAATGGGCATCTGTGCCCTGCAGT