seq1 = pF1KE1809.tfa, 975 bp
seq2 = pF1KE1809/gi568815579r_11475013.tfa (gi568815579r:11475013_11677317), 202305 bp

>pF1KE1809 975
>gi568815579r:11475013_11677317 (Chr19)

(complement)

1-261  (100001-100261)   100% ->
262-389  (100475-100602)   100% ->
390-735  (100730-101075)   100% ->
736-975  (102066-102305)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACATGTGGACGGCGCTGCTCATCCTGCAAGCCTTGTTGCTACCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACATGTGGACGGCGCTGCTCATCCTGCAAGCCTTGTTGCTACCCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTGGCTGATGGTGCCACCCCTGCCCTGCGCTTTGTAGCCGTGGGTGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTGGCTGATGGTGCCACCCCTGCCCTGCGCTTTGTAGCCGTGGGTGACT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGGGAGGGGTCCCCAATGCCCCATTCCACACGGCCCGGGAAATGGCCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGGGAGGGGTCCCCAATGCCCCATTCCACACGGCCCGGGAAATGGCCAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCAAGGAGATCGCTCGGACTGTGCAGATCCTGGGTGCAGACTTCATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCCAAGGAGATCGCTCGGACTGTGCAGATCCTGGGTGCAGACTTCATCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GTCTCTAGGGGACAATTTTTACTTCACTGGTGTGCAAGACATCAATGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GTCTCTAGGGGACAATTTTTACTTCACTGGTGTGCAAGACATCAATGACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGAGGTTCCAG         GAGACCTTTGAGGACGTATTCTCTGACCGC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGAGGTTCCAGGTC...CAGGAGACCTTTGAGGACGTATTCTCTGACCGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TCCCTTCGCAAAGTGCCCTGGTACGTGCTAGCCGGAAACCATGACCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100505 TCCCTTCGCAAAGTGCCCTGGTACGTGCTAGCCGGAAACCATGACCACCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGGCAATGTCTCTGCCCAGATTGCATACTCTAAGATCTCCAAGCGCTG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100555 TGGCAATGTCTCTGCCCAGATTGCATACTCTAAGATCTCCAAGCGCTGGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    390        GAACTTCCCCAGCCCTTTCTACCGCCTGCACTTCAAGATCCCA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100605 G...CAGGAACTTCCCCAGCCCTTTCTACCGCCTGCACTTCAAGATCCCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CAGACCAATGTGTCTGTGGCCATTTTTATGCTGGACACAGTGACACTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100773 CAGACCAATGTGTCTGTGGCCATTTTTATGCTGGACACAGTGACACTATG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TGGCAACTCAGATGACTTCCTCAGCCAGCAGCCTGAGAGGCCCCGAGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100823 TGGCAACTCAGATGACTTCCTCAGCCAGCAGCCTGAGAGGCCCCGAGACG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TGAAGCTGGCCCGCACACAGCTGTCCTGGCTCAAGAAACAGCTGGCGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100873 TGAAGCTGGCCCGCACACAGCTGTCCTGGCTCAAGAAACAGCTGGCGGCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GCCAGGGAGGACTACGTGCTGGTGGCTGGCCACTACCCCGTGTGGTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100923 GCCAGGGAGGACTACGTGCTGGTGGCTGGCCACTACCCCGTGTGGTCCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 AGCCGAGCACGGGCCTACCCACTGCCTGGTCAAGCAGCTACGGCCACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100973 AGCCGAGCACGGGCCTACCCACTGCCTGGTCAAGCAGCTACGGCCACTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TGGCCACATACGGGGTCACTGCCTACCTGTGCGGCCACGATCACAATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101023 TGGCCACATACGGGGTCACTGCCTACCTGTGCGGCCACGATCACAATCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 CAG         TACCTGCAAGATGAGAATGGCGTGGGCTACGTGCTGAG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101073 CAGGTG...CAGTACCTGCAAGATGAGAATGGCGTGGGCTACGTGCTGAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 TGGGGCTGGGAATTTCATGGACCCCTCAAAGCGGCACCAGCGCAAGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102104 TGGGGCTGGGAATTTCATGGACCCCTCAAAGCGGCACCAGCGCAAGGTCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 CCAACGGCTATCTGCGCTTCCACTATGGGACTGAAGACTCACTGGGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102154 CCAACGGCTATCTGCGCTTCCACTATGGGACTGAAGACTCACTGGGTGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 TTTGCCTATGTGGAGATCAGCTCCAAAGAGATGACTGTCACTTACATCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102204 TTTGCCTATGTGGAGATCAGCTCCAAAGAGATGACTGTCACTTACATCGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 GGCCTCGGGCAAGTCCCTCTTTAAGACCAGGCTGCCGAGGCGAGCCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102254 GGCCTCGGGCAAGTCCCTCTTTAAGACCAGGCTGCCGAGGCGAGCCAGGC

   1000 
    974 CC
        ||
 102304 CC