seq1 = pF1KE1808.tfa, 975 bp
seq2 = pF1KE1808/gi568815592f_159806956.tfa (gi568815592f:159806956_160007930), 200975 bp

>pF1KE1808 975
>gi568815592f:159806956_160007930 (Chr6)

1-975  (100001-100975)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATGGGTCAAACGTGACATCATTTGTTGTTGAGGAACCCACGAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATGGGTCAAACGTGACATCATTTGTTGTTGAGGAACCCACGAACAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCAACTGGCAGGAACGCCTCAGTCGGGAATGCACATCGGCAAATCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCAACTGGCAGGAACGCCTCAGTCGGGAATGCACATCGGCAAATCCCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCGTGCACTGGGTCATTATGAGCATCTCCCCAGTGGGGTTTGTTGAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCGTGCACTGGGTCATTATGAGCATCTCCCCAGTGGGGTTTGTTGAGAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGGATTCTCCTCTGGTTCCTGTGCTTCCGGATGAGAAGAAATCCCTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGGATTCTCCTCTGGTTCCTGTGCTTCCGGATGAGAAGAAATCCCTTCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGTCTACATCACCCACCTGTCTATCGCAGACATCTCACTGCTCTTCTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGTCTACATCACCCACCTGTCTATCGCAGACATCTCACTGCTCTTCTGTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TTTTCATCTTGTCTATCGACTATGCTTTAGATTATGAGCTTTCTTCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TTTTCATCTTGTCTATCGACTATGCTTTAGATTATGAGCTTTCTTCTGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CATTACTACACAATTGTCACATTATCAGTGACTTTTCTGTTTGGCTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CATTACTACACAATTGTCACATTATCAGTGACTTTTCTGTTTGGCTACAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CACGGGCCTCTATCTGCTGACGGCCATTAGTGTGGAGAGGTGCCTGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CACGGGCCTCTATCTGCTGACGGCCATTAGTGTGGAGAGGTGCCTGTCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCCTTTACCCCATCTGGTACCGATGCCATCGCCCCAAGTACCAGTCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TCCTTTACCCCATCTGGTACCGATGCCATCGCCCCAAGTACCAGTCGGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TTGGTCTGTGCCCTTCTGTGGGCTCTTTCTTGCTTGGTGACCACCATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TTGGTCTGTGCCCTTCTGTGGGCTCTTTCTTGCTTGGTGACCACCATGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GTATGTCATGTGCATCGACAGAGAAGAAGAGAGTCACTCTCGGAATGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GTATGTCATGTGCATCGACAGAGAAGAAGAGAGTCACTCTCGGAATGACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GCCGAGCAGTCATCATCTTTATAGCCATCCTGAGCTTCCTGGTCTTCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GCCGAGCAGTCATCATCTTTATAGCCATCCTGAGCTTCCTGGTCTTCACG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CCCCTCATGCTGGTGTCCAGCACCATCTTGGTTGTGAAGATCCGGAAGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
 100601 CCCCTCATGCTGGTGTCCAGCACCATCTTGGTCGTGAAGATCCGGAAGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CACGTGGGCTTCCCATTCCTCCAAGCTTTACATAGTCATCATGGTCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CACGTGGGCTTCCCATTCCTCCAAGCTTTACATAGTCATCATGGTCACCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TCATTATATTCCTCATCTTCGCTATGCCCATGAGACTCCTTTACCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TCATTATATTCCTCATCTTCGCTATGCCCATGAGACTCCTTTACCTGCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TACTATGAGTATTGGTCGACCTTTGGGAACCTACACCACATTTCCCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TACTATGAGTATTGGTCGACCTTTGGGAACCTACACCACATTTCCCTGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CTTCTCCACAATCAACAGTAGCGCCAACCCTTTCATTTACTTCTTTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CTTCTCCACAATCAACAGTAGCGCCAACCCTTTCATTTACTTCTTTGTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 GAAGCAGTAAGAAGAAGAGATTCAAGGAGTCCTTAAAGGTTGTTCTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
 100851 GAAGCAGTAAGAAGAAGAGATTCAAGGAGTCCTTAAAAGTTGTTCTGACC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 AGGGCTTTCAAAGATGAAATGCAACCTCGGCGCCAGAAAGACAATTGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 AGGGCTTTCAAAGATGAAATGCAACCTCGGCGCCAGAAAGACAATTGTAA

    950     .    :    .    :    .
    951 TACGGTCACAGTTGAGACTGTCGTC
        |||||||||||||||||||||||||
 100951 TACGGTCACAGTTGAGACTGTCGTC