seq1 = pF1KE1805.tfa, 960 bp
seq2 = pF1KE1805/gi568815591f_5909364.tfa (gi568815591f:5909364_6123688), 214325 bp

>pF1KE1805 960
>gi568815591f:5909364_6123688 (Chr7)

1-135  (100001-100135)   100% ->
136-342  (105783-105989)   100% ->
343-574  (108451-108682)   100% ->
575-960  (113940-114325)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCGATGTACCAGGTAAAGCCCTATCACGGGGGCGGCGCGCCTCTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCGATGTACCAGGTAAAGCCCTATCACGGGGGCGGCGCGCCTCTCCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGTGGAGCTTCCCACCTGCATGTACCGGCTCCCCAACGTGCACGGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGTGGAGCTTCCCACCTGCATGTACCGGCTCCCCAACGTGCACGGCAGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCTACGGCCCAGCGCCGGGCGCTGGCCACGTGCAG         GAAGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100101 GCTACGGCCCAGCGCCGGGCGCTGGCCACGTGCAGGTA...TAGGAAGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCTAACCTGTCTCTGCAAGCTCTTGAGTCCCGCCAAGATGATATTTTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105789 TCTAACCTGTCTCTGCAAGCTCTTGAGTCCCGCCAAGATGATATTTTAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACGTCTGTATGAGTTGAAAGCTGCAGTTGATGGCCTCTCCAAGATGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105839 ACGTCTGTATGAGTTGAAAGCTGCAGTTGATGGCCTCTCCAAGATGATTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AAACACCAGATGCAGACTTGGATGTAACCAACATAATCCAAGCGGATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105889 AAACACCAGATGCAGACTTGGATGTAACCAACATAATCCAAGCGGATGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CCCACGACTTTAACCACCAATGCGCTGGACTTGAATTCAGTGCTTGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105939 CCCACGACTTTAACCACCAATGCGCTGGACTTGAATTCAGTGCTTGGGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 G         GATTACGGGGCGCTGAAAGACATCGTGATCAACGCAAACC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105989 GGTA...CAGGATTACGGGGCGCTGAAAGACATCGTGATCAACGCAAACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CGGCCTCCCCTCCCCTCTCCCTGCTTGTGCTGCACAGGCTGCTCTGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108491 CGGCCTCCCCTCCCCTCTCCCTGCTTGTGCTGCACAGGCTGCTCTGTGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CACTTCAGGGTCCTGTCCACGGTGCACACGCACTCCTCGGTCAAGAGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108541 CACTTCAGGGTCCTGTCCACGGTGCACACGCACTCCTCGGTCAAGAGCGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GCCTGAAAACCTTCTCAAGTGCTTTGGAGAACAGAATAAAAAACAGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108591 GCCTGAAAACCTTCTCAAGTGCTTTGGAGAACAGAATAAAAAACAGCCCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GCCAAGACTATCAGCTGGGATTCACTTTAATTTGGAAGAATG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 108641 GCCAAGACTATCAGCTGGGATTCACTTTAATTTGGAAGAATGGTA...CA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    575  TGCCGAAGACGCAGATGAAATTCAGCATCCAGACGATGTGCCCCATCGA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113939 GTGCCGAAGACGCAGATGAAATTCAGCATCCAGACGATGTGCCCCATCGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 AGGCGAAGGGAACATTGCACGTTTCTTGTTCTCTCTGTTTGGCCAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113989 AGGCGAAGGGAACATTGCACGTTTCTTGTTCTCTCTGTTTGGCCAGAAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 ATAATGCTGTCAACGCAACCCTTATAGATAGCTGGGTAGATATTGCGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114039 ATAATGCTGTCAACGCAACCCTTATAGATAGCTGGGTAGATATTGCGATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TTTCAGTTAAAAGAGGGAAGCAGTAAAGAAAAAGCCGCTGTTTTCCGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114089 TTTCAGTTAAAAGAGGGAAGCAGTAAAGAAAAAGCCGCTGTTTTCCGCTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CATGAACTCTGCTCTTGGGAAGAGCCCTTGGCTCGCTGGGAATGAACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114139 CATGAACTCTGCTCTTGGGAAGAGCCCTTGGCTCGCTGGGAATGAACTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 CCGTAGCAGACGTGGTGCTGTGGTCTGTACTCCAGCAGATCGGAGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114189 CCGTAGCAGACGTGGTGCTGTGGTCTGTACTCCAGCAGATCGGAGGCTGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 AGTGTGACAGTGCCAGCCAATGTGCAGAGGTGGATGAGGTCTTGTGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114239 AGTGTGACAGTGCCAGCCAATGTGCAGAGGTGGATGAGGTCTTGTGAAAA

    950     .    :    .    :    .    :    .
    924 CCTGGCTCCTTTTAACACGGCCCTCAAGCTCCTTAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114289 CCTGGCTCCTTTTAACACGGCCCTCAAGCTCCTTAAG