seq1 = pF1KE1803.tfa, 951 bp
seq2 = pF1KE1803/gi568815585f_42474304.tfa (gi568815585f:42474304_42706915), 232612 bp

>pF1KE1803 951
>gi568815585f:42474304_42706915 (Chr13)

1-219  (100001-100219)   100% ->
220-387  (106823-106990)   100% ->
388-433  (126449-126494)   100% ->
434-532  (126580-126678)   100% ->
533-951  (132194-132612)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGCCGCGCCAGCAGAGACTACACCAAGTACCTGCGTGGCTCGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGCCGCGCCAGCAGAGACTACACCAAGTACCTGCGTGGCTCGGAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GATGGGCGGCGGCCCCGGAGCCCCGCACGAGGGCCCCCTGCACGCCCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GATGGGCGGCGGCCCCGGAGCCCCGCACGAGGGCCCCCTGCACGCCCCGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGCCGCCTGCGCCGCACCAGCCCCCTGCCGCCTCCCGCTCCATGTTCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGCCGCCTGCGCCGCACCAGCCCCCTGCCGCCTCCCGCTCCATGTTCGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCCTCCTGGGGCTGGGGCTGGGCCAGGTTGTCTGCAGCGTCGCCCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCCCTCCTGGGGCTGGGGCTGGGCCAGGTTGTCTGCAGCGTCGCCCTGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTTCTATTTCAGAGCGCAG         ATGGATCCTAATAGAATATCAG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100201 CTTCTATTTCAGAGCGCAGGTG...CAGATGGATCCTAATAGAATATCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AAGATGGCACTCACTGCATTTATAGAATTTTGAGACTCCATGAAAATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106845 AAGATGGCACTCACTGCATTTATAGAATTTTGAGACTCCATGAAAATGCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GATTTTCAAGACACAACTCTGGAGAGTCAAGATACAAAATTAATACCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106895 GATTTTCAAGACACAACTCTGGAGAGTCAAGATACAAAATTAATACCTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TTCATGTAGGAGAATTAAACAGGCCTTTCAAGGAGCTGTGCAAAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 106945 TTCATGTAGGAGAATTAAACAGGCCTTTCAAGGAGCTGTGCAAAAGGTA.

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    388      GAATTACAACATATCGTTGGATCACAGCACATCAGAGCAGAGAAA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106995 ..CAGGAATTACAACATATCGTTGGATCACAGCACATCAGAGCAGAGAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 G         CGATGGTGGATGGCTCATGGTTAGATCTGGCCAAGAGGAG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126494 GGTA...CAGCGATGGTGGATGGCTCATGGTTAGATCTGGCCAAGAGGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CAAGCTTGAAGCTCAGCCTTTTGCTCATCTCACTATTAATGCCACCGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126620 CAAGCTTGAAGCTCAGCCTTTTGCTCATCTCACTATTAATGCCACCGACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TCCCATCTG         GTTCCCATAAAGTGAGTCTGTCCTCTTGGTAC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 126670 TCCCATCTGGTA...CAGGTTCCCATAAAGTGAGTCTGTCCTCTTGGTAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CATGATCGGGGTTGGGCCAAGATCTCCAACATGACTTTTAGCAATGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132226 CATGATCGGGGTTGGGCCAAGATCTCCAACATGACTTTTAGCAATGGAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 ACTAATAGTTAATCAGGATGGCTTTTATTACCTGTATGCCAACATTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132276 ACTAATAGTTAATCAGGATGGCTTTTATTACCTGTATGCCAACATTTGCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TTCGACATCATGAAACTTCAGGAGACCTAGCTACAGAGTATCTTCAACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132326 TTCGACATCATGAAACTTCAGGAGACCTAGCTACAGAGTATCTTCAACTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 ATGGTGTACGTCACTAAAACCAGCATCAAAATCCCAAGTTCTCATACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132376 ATGGTGTACGTCACTAAAACCAGCATCAAAATCCCAAGTTCTCATACCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GATGAAAGGAGGAAGCACCAAGTATTGGTCAGGGAATTCTGAATTCCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132426 GATGAAAGGAGGAAGCACCAAGTATTGGTCAGGGAATTCTGAATTCCATT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TTTATTCCATAAACGTTGGTGGATTTTTTAAGTTACGGTCTGGAGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132476 TTTATTCCATAAACGTTGGTGGATTTTTTAAGTTACGGTCTGGAGAGGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 ATCAGCATCGAGGTCTCCAACCCCTCCTTACTGGATCCGGATCAGGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132526 ATCAGCATCGAGGTCTCCAACCCCTCCTTACTGGATCCGGATCAGGATGC

    950     .    :    .    :    .    :    .
    915 AACATACTTTGGGGCTTTTAAAGTTCGAGATATAGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132576 AACATACTTTGGGGCTTTTAAAGTTCGAGATATAGAT