seq1 = pF1KE1802.tfa, 939 bp
seq2 = pF1KE1802/gi568815596f_28716015.tfa (gi568815596f:28716015_28949938), 233924 bp

>pF1KE1802 939
>gi568815596f:28716015_28949938 (Chr2)

1-235  (100001-100235)   100% ->
236-294  (103034-103092)   100% ->
295-380  (106311-106396)   100% ->
381-552  (113134-113305)   100% ->
553-850  (124158-124455)   100% ->
851-939  (133836-133924)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGGCACAATCAGATGTGTTGTGAGACACCACCTACTGTCACTGTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGGCACAATCAGATGTGTTGTGAGACACCACCTACTGTCACTGTTTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGTAAAATCAGGGTCAAATAGATCACATCAGCCTAAAAAGCCCATTACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGTAAAATCAGGGTCAAATAGATCACATCAGCCTAAAAAGCCCATTACTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGAAGCGTCCTATTTGTAAAGATAATTGGCAAGCATTTGAAAAAAATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGAAGCGTCCTATTTGTAAAGATAATTGGCAAGCATTTGAAAAAAATACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CATAATAACAACAAATCTAAACGCCCCAAAGGACCTTGTCTGGTTATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CATAATAACAACAAATCTAAACGCCCCAAAGGACCTTGTCTGGTTATACA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCGTCAGGATATGACTGCTTTCTTTAAATTATTTG         ATGACG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100201 GCGTCAGGATATGACTGCTTTCTTTAAATTATTTGGTA...TAGATGACG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATTTAATTCAAGATTTCTTGTGGATGGACTGCTGCTGTAAAATTGCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103040 ATTTAATTCAAGATTTCTTGTGGATGGACTGCTGCTGTAAAATTGCAGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AAG         TATCTTTTGGCTATGACCTTTGTTTATTTCAAGAGGGC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103090 AAGGTA...TAGTATCTTTTGGCTATGACCTTTGTTTATTTCAAGAGGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TAAATTTACTATAAGTGAGCATACCAGGATAAATTTCTTTATTGCTCT  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 106349 TAAATTTACTATAAGTGAGCATACCAGGATAAATTTCTTTATTGCTCTGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    381        GTATCTGGCTAATACAGTTGAAGAAGATGAAGAAGAAACCAAG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106399 A...TAGGTATCTGGCTAATACAGTTGAAGAAGATGAAGAAGAAACCAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TACGAAATTTTTCCATGGGCTTTAGGGAAAAACTGGAGAAAATTGTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113177 TACGAAATTTTTCCATGGGCTTTAGGGAAAAACTGGAGAAAATTGTTCCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TAATTTCTTAAAGTTAAGGGACCAGCTCTGGGATAGAATTGACTATAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113227 TAATTTCTTAAAGTTAAGGGACCAGCTCTGGGATAGAATTGACTATAGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CTATTGTAAGCAGGCGATGTTGTGAGGAG         GTTATGGCCATT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 113277 CTATTGTAAGCAGGCGATGTTGTGAGGAGGTA...TAGGTTATGGCCATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GCACCAACCCATTATATCTGGCAAAGAGAACGTTCTGTTCATCACAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124170 GCACCAACCCATTATATCTGGCAAAGAGAACGTTCTGTTCATCACAGTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AGCTGTCAGAAACTACAACAGAGATGAAGTTCAGCTGCCCCGGGGACCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124220 AGCTGTCAGAAACTACAACAGAGATGAAGTTCAGCTGCCCCGGGGACCTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GTGCCACACCAGTAGATTGTTCACTCTGTGGTAAAAAAAGAAGATATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124270 GTGCCACACCAGTAGATTGTTCACTCTGTGGTAAAAAAAGAAGATATGTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AGACTGGGATTGTCTTCATCATCATCTTTATCCAGTCATACAGCAGGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124320 AGACTGGGATTGTCTTCATCATCATCTTTATCCAGTCATACAGCAGGGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GACAGAAAAACATTCTCAGGACTCATACAACTCACTGTCAATGGACATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124370 GACAGAAAAACATTCTCAGGACTCATACAACTCACTGTCAATGGACATAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TAGGTGATCCTTCTCAAGCTTATACTGGTTCTGAAG         TAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 124420 TAGGTGATCCTTCTCAAGCTTATACTGGTTCTGAAGGTA...CAGTAGTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 AATGACCATCAATCAAATAAAGGAAAGAAAACTAATTTCTTGAAGAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133841 AATGACCATCAATCAAATAAAGGAAAGAAAACTAATTTCTTGAAGAAAGA

    950     .    :    .    :    .    :
    906 CAAATCTATGGAGTGGTTTACAGGAAGTGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133891 CAAATCTATGGAGTGGTTTACAGGAAGTGAAGAA