seq1 = pF1KE1801.tfa, 939 bp
seq2 = pF1KE1801/gi568815587f_22574870.tfa (gi568815587f:22574870_22912013), 337144 bp

>pF1KE1801 939
>gi568815587f:22574870_22912013 (Chr11)

1-145  (100001-100145)   99% ->
146-267  (110799-110920)   100% ->
268-409  (151423-151564)   100% ->
410-473  (162836-162899)   100% ->
474-615  (174251-174392)   100% ->
616-723  (180977-181084)   100% ->
724-939  (236929-237144)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGCACTGCTCTGAGCCCAAAGGTACGCAGTGGGCCTGGCCTCTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
 100001 ATGTGCACTGCTCTGAGCCCAAAGGTACGCAGTGGACCTGGCCTCTCTGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TATGCATCAGTATAGCCAATGGCTAGCCAGCAGACATGAAGCTAATTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TATGCATCAGTATAGCCAATGGCTAGCCAGCAGACATGAAGCTAATTTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TACCAATGAAAGAAGATCTGGCCTTGTGGTTAACCAATCTATTAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100101 TACCAATGAAAGAAGATCTGGCCTTGTGGTTAACCAATCTATTAGGTA..

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    146     GGAAGGAGATTACAGCAGAAACTTTTATGGAGAAGTTGGACAATGG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 .CAGGGAAGGAGATTACAGCAGAAACTTTTATGGAGAAGTTGGACAATGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGCCTTGCTCTGTCAACTTGCAGAAACTATGCAGGAGAAATTCAAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110845 TGCCTTGCTCTGTCAACTTGCAGAAACTATGCAGGAGAAATTCAAGGAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCATGGATGCTAACAAGCCCACAAAG         AATCTACCGTTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 110895 GCATGGATGCTAACAAGCCCACAAAGGTA...CAGAATCTACCGTTGAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAGATCCCATGCAAAACCAGTGCACCCTCGGGCTCCTTTTTTGCCAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151438 AAGATCCCATGCAAAACCAGTGCACCCTCGGGCTCCTTTTTTGCCAGAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAATACAGCAAATTTCTTATCCTGGTGCCGAGATTTAGGGGTGGATGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151488 CAATACAGCAAATTTCTTATCCTGGTGCCGAGATTTAGGGGTGGATGAAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CGTGTCTATTTGAATCGGAAGGTTTGG         TCCTCCACAAGCAA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 151538 CGTGTCTATTTGAATCGGAAGGTTTGGGTA...CAGTCCTCCACAAGCAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CCCAGAGAAGTGTGTCTCTGTCTGCTAGAGCTTGGCCGGATTGCAGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162850 CCCAGAGAAGTGTGTCTCTGTCTGCTAGAGCTTGGCCGGATTGCAGCCAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474          GTATGGTGTGGAGCCTCCTGGTTTGATAAAGCTGGAAAAAG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162900 GTA...AAGGTATGGTGTGGAGCCTCCTGGTTTGATAAAGCTGGAAAAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGATTGAACAAGAAGAAACACTTTCTGCCCCTTCTCCTTCACCTTCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174292 AGATTGAACAAGAAGAAACACTTTCTGCCCCTTCTCCTTCACCTTCTCCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TCATCAAAGTCTTCTGGAAAAAAGAGTACAGGAAACTTACTGGATGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174342 TCATCAAAGTCTTCTGGAAAAAAGAGTACAGGAAACTTACTGGATGATGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 A         GTGAAACGAATTTCTGAAGATCCTCCTTGCAAATGCCCAA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174392 AGTA...CAGGTGAAACGAATTTCTGAAGATCCTCCTTGCAAATGCCCAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ACAAGTTCTGTGTGGAGCGGCTCTCCCAAGGAAGATACCGAGTGGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181017 ACAAGTTCTGTGTGGAGCGGCTCTCCCAAGGAAGATACCGAGTGGGAGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AAGATCCTCTTCATTAGG         ATGCTGCACAACAAACATGTCAT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 181067 AAGATCCTCTTCATTAGGGTA...CAGATGCTGCACAACAAACATGTCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GGTCCGTGTGGGAGGAGGCTGGGAAACTTTTGCAGGGTATTTGTTGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 236952 GGTCCGTGTGGGAGGAGGCTGGGAAACTTTTGCAGGGTATTTGTTGAAAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ACGACCCCTGCCGAATGCTGCAGATCTCCCGTGTGGATGGCAAAACATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 237002 ACGACCCCTGCCGAATGCTGCAGATCTCCCGTGTGGATGGCAAAACATCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CCTATCCAAAGCAAATCTCCAACTCTAAAGGACATGAATCCAGATAACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 237052 CCTATCCAAAGCAAATCTCCAACTCTAAAGGACATGAATCCAGATAACTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CTTGGTGGTCTCTGCCAGTTATAAGGCTAAGAAGGAAATTAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 237102 CTTGGTGGTCTCTGCCAGTTATAAGGCTAAGAAGGAAATTAAG