seq1 = pF1KE1799.tfa, 2529 bp
seq2 = pF1KE1799/gi568815593f_40828578.tfa (gi568815593f:40828578_41081570), 252993 bp

>pF1KE1799 2529
>gi568815593f:40828578_41081570 (Chr5)

1-62  (99997-100058)   95% ->
63-138  (102487-102562)   100% ->
139-280  (105748-105889)   100% ->
281-428  (107761-107908)   100% ->
429-567  (108975-109113)   100% ->
568-738  (116621-116791)   100% ->
739-982  (119025-119268)   100% ->
983-1093  (121327-121437)   100% ->
1094-1260  (126810-126976)   99% ->
1261-1489  (129456-129684)   100% ->
1490-1661  (130872-131043)   100% ->
1662-1749  (133508-133595)   100% ->
1750-1882  (136164-136296)   100% ->
1883-2074  (143826-144017)   100% ->
2075-2165  (148173-148263)   100% ->
2166-2350  (151148-151332)   100% ->
2351-2529  (152815-152993)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGGTGATAAGCTTATTCATTTTGGTGGGATTTATAGGAGAGTTCCA
         |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99997 CTCCAGGTGATAAGCTTATTCATTTTGGTGGGATTTATAGGAGAGTTCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AAGTTTTTCAAG         TGCCTCCTCTCCAGTCAACTGCCAGTGGG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100047 AAGTTTTTCAAGGTG...CAGTGCCTCCTCTCCAGTCAACTGCCAGTGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACTTCTATGCCCCTTGGTCAGAATGCAATGGCTGTACCAAGACTCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 102516 ACTTCTATGCCCCTTGGTCAGAATGCAATGGCTGTACCAAGACTCAGGTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    139       ACTCGCAGGCGGTCAGTTGCTGTGTATGGGCAGTATGGAGGCCA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102566 ...TAGACTCGCAGGCGGTCAGTTGCTGTGTATGGGCAGTATGGAGGCCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GCCTTGTGTTGGAAATGCTTTTGAAACACAGTCCTGTGAACCTACAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105792 GCCTTGTGTTGGAAATGCTTTTGAAACACAGTCCTGTGAACCTACAAGAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GATGTCCAACAGAGGAGGGATGTGGAGAGCGTTTCAGGTGCTTTTCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 105842 GATGTCCAACAGAGGAGGGATGTGGAGAGCGTTTCAGGTGCTTTTCAGGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    281        GTCAGTGCATCAGCAAATCATTGGTTTGCAATGGGGATTCTGA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105892 A...CAGGTCAGTGCATCAGCAAATCATTGGTTTGCAATGGGGATTCTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CTGTGATGAAGACAGTGCTGATGAAGACAGATGTGAGGACTCAGAAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107804 CTGTGATGAAGACAGTGCTGATGAAGACAGATGTGAGGACTCAGAAAGGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GACCTTCCTGTGATATCGATAAACCTCCTCCTAACATAGAACTTACTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107854 GACCTTCCTGTGATATCGATAAACCTCCTCCTAACATAGAACTTACTGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AATGG         TTACAATGAACTCACTGGCCAGTTTAGGAACAGAGT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107904 AATGGGTA...CAGTTACAATGAACTCACTGGCCAGTTTAGGAACAGAGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CATCAATACCAAAAGTTTTGGTGGTCAATGTAGAAAGGTGTTTAGTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109011 CATCAATACCAAAAGTTTTGGTGGTCAATGTAGAAAGGTGTTTAGTGGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATGGAAAAGATTTCTACAGGCTGAGTGGAAATGTCCTGTCCTATACATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109061 ATGGAAAAGATTTCTACAGGCTGAGTGGAAATGTCCTGTCCTATACATTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CAG         GTGAAAATAAATAATGATTTTAATTATGAATTTTACAA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109111 CAGGTA...TAGGTGAAAATAAATAATGATTTTAATTATGAATTTTACAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TAGTACTTGGTCTTATGTAAAACATACGTCGACAGAACACACATCATCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116659 TAGTACTTGGTCTTATGTAAAACATACGTCGACAGAACACACATCATCTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GTCGGAAGCGCTCCTTTTTTAGATCTTCATCATCTTCTTCACGCAGTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116709 GTCGGAAGCGCTCCTTTTTTAGATCTTCATCATCTTCTTCACGCAGTTAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ACTTCACATACCAATGAAATCCATAAAGGAAAG         AGTTACCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 116759 ACTTCACATACCAATGAAATCCATAAAGGAAAGGTT...CAGAGTTACCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 ACTGCTGGTTGTTGAGAACACTGTTGAAGTGGCTCAGTTCATTAATAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119033 ACTGCTGGTTGTTGAGAACACTGTTGAAGTGGCTCAGTTCATTAATAACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ATCCAGAATTTTTACAACTTGCTGAGCCATTCTGGAAGGAGCTTTCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119083 ATCCAGAATTTTTACAACTTGCTGAGCCATTCTGGAAGGAGCTTTCCCAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CTCCCCTCTCTGTATGACTACAGTGCCTACCGAAGATTAATCGACCAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119133 CTCCCCTCTCTGTATGACTACAGTGCCTACCGAAGATTAATCGACCAGTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CGGGACACATTATCTGCAATCTGGGTCGTTAGGAGGAGAATACAGAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119183 CGGGACACATTATCTGCAATCTGGGTCGTTAGGAGGAGAATACAGAGTTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TATTTTATGTGGACTCAGAAAAATTAAAACAAAATG         ATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 119233 TATTTTATGTGGACTCAGAAAAATTAAAACAAAATGGTA...TAGATTTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AATTCAGTCGAAGAAAAGAAATGTAAATCCTCAGGTTGGCATTTTGTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121332 AATTCAGTCGAAGAAAAGAAATGTAAATCCTCAGGTTGGCATTTTGTCGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TAAATTTTCAAGTCATGGATGCAAGGAACTGGAAAACGCTTTAAAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121382 TAAATTTTCAAGTCATGGATGCAAGGAACTGGAAAACGCTTTAAAAGCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CTTCAG         GAACCCAGAACAATGTATTGCGAGGAGAACCGTTC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121432 CTTCAGGTA...TAGGAACCCAGAACAATGTATTGCGAGGAGAACCGTTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 ATCAGAGGGGGAGGTGCAGGCTTCATATCTGGCCTTACTTACCTAGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
 126845 ATCAGAGGGGGAGGTGCAGGCTTCATATCTGGCCTTAGTTACCTAGAGCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GGACAATCCTGCTGGAAACAAAAGGCGATATTCTGCCTGGGCAGAATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126895 GGACAATCCTGCTGGAAACAAAAGGCGATATTCTGCCTGGGCAGAATCTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TGACTAATCTTCCTCAAGTCATAAAACAAAAG         CTGACACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 126945 TGACTAATCTTCCTCAAGTCATAAAACAAAAGGTA...TAGCTGACACCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 TTATATGAGCTGGTAAAGGAAGTACCTTGTGCCTCTGTGAAAAAACTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129465 TTATATGAGCTGGTAAAGGAAGTACCTTGTGCCTCTGTGAAAAAACTATA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CCTGAAATGGGCTCTTGAAGAGTATCTGGATGAATTTGACCCCTGTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129515 CCTGAAATGGGCTCTTGAAGAGTATCTGGATGAATTTGACCCCTGTCATT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 GCCGGCCTTGTCAAAATGGTGGTTTGGCTACTGTTGAGGGGACCCATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129565 GCCGGCCTTGTCAAAATGGTGGTTTGGCTACTGTTGAGGGGACCCATTGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 CTGTGCCATTGCAAACCGTACACATTTGGTGCGGCGTGTGAGCAAGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129615 CTGTGCCATTGCAAACCGTACACATTTGGTGCGGCGTGTGAGCAAGGAGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 CCTCGTAGGGAATCAAGCAG         GAGGGGTTGATGGAGGTTGGA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 129665 CCTCGTAGGGAATCAAGCAGGTC...TAGGAGGGGTTGATGGAGGTTGGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 GTTGCTGGTCCTCTTGGAGCCCCTGTGTCCAAGGGAAGAAAACAAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130893 GTTGCTGGTCCTCTTGGAGCCCCTGTGTCCAAGGGAAGAAAACAAGAAGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 CGTGAATGCAATAACCCACCTCCCAGTGGGGGTGGGAGATCCTGCGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130943 CGTGAATGCAATAACCCACCTCCCAGTGGGGGTGGGAGATCCTGCGTTGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 AGAAACGACAGAAAGCACACAATGCGAAGATGAGGAGCTGGAGCACTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130993 AGAAACGACAGAAAGCACACAATGCGAAGATGAGGAGCTGGAGCACTTGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 G         GTTGCTTGAACCACATTGCTTTCCTTTGTCTTTGGTTCCA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131043 GGTA...CAGGTTGCTTGAACCACATTGCTTTCCTTTGTCTTTGGTTCCA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 ACAGAATTCTGTCCATCACCTCCTGCCTTGAAAGATGGATTTGTTCAA  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 133548 ACAGAATTCTGTCCATCACCTCCTGCCTTGAAAGATGGATTTGTTCAAGT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1750        GATGAAGGTACAATGTTTCCTGTGGGGAAAAATGTAGTGTACA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133598 T...TAGGATGAAGGTACAATGTTTCCTGTGGGGAAAAATGTAGTGTACA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 CTTGCAATGAAGGATACTCTCTTATTGGAAACCCAGTGGCCAGATGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136207 CTTGCAATGAAGGATACTCTCTTATTGGAAACCCAGTGGCCAGATGTGGA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 GAAGATTTACGGTGGCTTGTTGGGGAAATGCATTGTCAGA         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 136257 GAAGATTTACGGTGGCTTGTTGGGGAAATGCATTGTCAGAGTG...TAGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 AATTGCCTGTGTTCTACCTGTACTGATGGATGGCATACAGAGTCACCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143827 AATTGCCTGTGTTCTACCTGTACTGATGGATGGCATACAGAGTCACCCCC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1934 AAAAACCTTTCTACACAGTTGGTGAGAAGGTGACTGTTTCCTGTTCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143877 AAAAACCTTTCTACACAGTTGGTGAGAAGGTGACTGTTTCCTGTTCAGGT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1984 GGCATGTCCTTAGAAGGTCCTTCAGCATTTCTCTGTGGCTCCAGCCTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143927 GGCATGTCCTTAGAAGGTCCTTCAGCATTTCTCTGTGGCTCCAGCCTTAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2034 GTGGAGTCCTGAGATGAAGAATGCCCGCTGTGTACAAAAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 143977 GTGGAGTCCTGAGATGAAGAATGCCCGCTGTGTACAAAAAGGTG...TAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2075 AAAATCCGTTAACACAGGCAGTGCCTAAATGTCAGCGCTGGGAGAAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148173 AAAATCCGTTAACACAGGCAGTGCCTAAATGTCAGCGCTGGGAGAAACTG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2125 CAGAATTCAAGATGTGTTTGTAAAATGCCCTACGAATGTGG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 148223 CAGAATTCAAGATGTGTTTGTAAAATGCCCTACGAATGTGGGTA...CAG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2166 ACCTTCCTTGGATGTATGTGCTCAAGATGAGAGAAGCAAAAGGATACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151148 ACCTTCCTTGGATGTATGTGCTCAAGATGAGAGAAGCAAAAGGATACTGC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2216 CTCTGACAGTTTGCAAGATGCATGTTCTCCACTGTCAGGGTAGAAATTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151198 CTCTGACAGTTTGCAAGATGCATGTTCTCCACTGTCAGGGTAGAAATTAC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2266 ACCCTTACTGGTAGGGACAGCTGTACTCTGCCTGCCTCAGCTGAGAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151248 ACCCTTACTGGTAGGGACAGCTGTACTCTGCCTGCCTCAGCTGAGAAAGC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2316 TTGTGGTGCCTGCCCACTGTGGGGAAAATGTGATG         CTGAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 151298 TTGTGGTGCCTGCCCACTGTGGGGAAAATGTGATGGTA...CAGCTGAGA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2357 GCAGCAAATGTGTCTGCCGAGAAGCATCGGAGTGCGAGGAAGAAGGGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152821 GCAGCAAATGTGTCTGCCGAGAAGCATCGGAGTGCGAGGAAGAAGGGTTT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2407 AGCATTTGTGTGGAAGTGAACGGCAAGGAGCAGACGATGTCTGAGTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152871 AGCATTTGTGTGGAAGTGAACGGCAAGGAGCAGACGATGTCTGAGTGTGA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2457 GGCGGGCGCTCTGAGATGCAGAGGGCAGAGCATCTCTGTCACCAGCATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152921 GGCGGGCGCTCTGAGATGCAGAGGGCAGAGCATCTCTGTCACCAGCATAA

   2650     .    :    .    :
   2507 GGCCTTGTGCTGCGGAAACCCAG
        |||||||||||||||||||||||
 152971 GGCCTTGTGCTGCGGAAACCCAG