seq1 = pF1KE1797.tfa, 2529 bp
seq2 = pF1KE1797/gi568815581r_65429979.tfa (gi568815581r:65429979_65658620), 228642 bp

>pF1KE1797 2529
>gi568815581r:65429979_65658620 (Chr17)

(complement)

1-815  (100001-100815)   99% ->
816-956  (108961-109101)   100% ->
957-1059  (117064-117166)   100% ->
1060-1200  (120278-120418)   100% ->
1201-1712  (120786-121297)   99% ->
1713-1907  (121558-121752)   100% ->
1908-2141  (122068-122301)   100% ->
2142-2237  (122900-122995)   100% ->
2238-2405  (124542-124709)   100% ->
2406-2529  (128519-128642)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGTAGCGCTATGTTGGTGACTTGCCTCCCGGACCCCAGCAGCAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGTAGCGCTATGTTGGTGACTTGCCTCCCGGACCCCAGCAGCAGCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCGTGAGGATGCCCCGCGGCCCCCAGTGCCAGGGGAAGAAGGGGAGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCGTGAGGATGCCCCGCGGCCCCCAGTGCCAGGGGAAGAAGGGGAGACCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CACCGTGTCAGCCAGGGGTGGGCAAGGGCCAGGTCACCAAACCCATGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
 100101 CACCGTGTCAGCCAGGGGTGGGCAAGGGCCAGGTCACCAAACCCATGCCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTCTCTTCCAACACCAGGCGGAACGAAGATGGGTTGGGGGAGCCGGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTCTCTTCCAACACCAGGCGGAACGAAGATGGGTTGGGGGAGCCGGAGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCGGGCATCTCCGGATTCCCCTCTGACCCGGTGGACCAAGTCCTTACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCGGGCATCTCCGGATTCCCCTCTGACCCGGTGGACCAAGTCCTTACACT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCTTATTGGGCGATCAAGACGGTGCTTACCTGTTCCGAACTTTCCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCTTATTGGGCGATCAAGACGGTGCTTACCTGTTCCGAACTTTCCTGGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AGGGAGAAATGCGTGGATACCTTAGACTTCTGGTTTGCCTGCAATGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AGGGAGAAATGCGTGGATACCTTAGACTTCTGGTTTGCCTGCAATGGATT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CAGGCAGATGAACCTGAAGGATACCAAAACTTTACGAGTAGCCAAAGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CAGGCAGATGAACCTGAAGGATACCAAAACTTTACGAGTAGCCAAAGCGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCTACAAAAGGTACATTGAGAACAACAGCATTGTCTCCAAGCAGCTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TCTACAAAAGGTACATTGAGAACAACAGCATTGTCTCCAAGCAGCTGAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CCTGCCACCAAGACCTACATAAGAGATGGCATCAAGAAGCAGCAGATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CCTGCCACCAAGACCTACATAAGAGATGGCATCAAGAAGCAGCAGATTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TTCCATCATGTTTGACCAGGCGCAGACCGAGATCCAGTCGGTGATGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TTCCATCATGTTTGACCAGGCGCAGACCGAGATCCAGTCGGTGATGGAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AAAATGCCTACCAGATGTTTTTGACTTCTGATATATACCTCGAATATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AAAATGCCTACCAGATGTTTTTGACTTCTGATATATACCTCGAATATGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 AGGAGTGGGGGAGAAAACACAGCTTACATGAGTAATGGGGGACTCGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 AGGAGTGGGGGAGAAAACACAGCTTACATGAGTAATGGGGGACTCGGGAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CCTAAAGGTCGTGTGTGGCTATCTCCCCACCTTGAATGAAGAAGAGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CCTAAAGGTCGTGTGTGGCTATCTCCCCACCTTGAATGAAGAAGAGGAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GGACTTGTGCCGACTTCAAGTGCAAACTTTCGCCAACCGTGGTTGGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GGACTTGTGCCGACTTCAAGTGCAAACTTTCGCCAACCGTGGTTGGCTTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TCCAGCAAAACTCTGAGGGCCACGGCGAGTGTGAGGTCCACGGAAACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TCCAGCAAAACTCTGAGGGCCACGGCGAGTGTGAGGTCCACGGAAACTGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TGACAGTGGATACAG         GTCCTTCAAGAGGAGCGATCCTGTTA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100801 TGACAGTGGATACAGGTA...TAGGTCCTTCAAGAGGAGCGATCCTGTTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 ATCCTTATCACATAGGTTCTGGCTATGTCTTTGCACCAGCCACCAGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108987 ATCCTTATCACATAGGTTCTGGCTATGTCTTTGCACCAGCCACCAGCGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 AACGACAGTGAGATATCCAGTGATGCGCTGACGGATGATTCCATGTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109037 AACGACAGTGAGATATCCAGTGATGCGCTGACGGATGATTCCATGTCCAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 GACGGACAGCAGTGT         AGATGGAATTCCTCCTTATCGTGTGG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 109087 GACGGACAGCAGTGTGTG...TAGAGATGGAATTCCTCCTTATCGTGTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 GCAGTAAGAAACAGCTCCAGAGAGAAATGCATCGCAGTGTGAAGGCCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117090 GCAGTAAGAAACAGCTCCAGAGAGAAATGCATCGCAGTGTGAAGGCCAAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 GGCCAAGTGTCTCTACCTCATTTCCCG         AGAACCCACCGCCT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 117140 GGCCAAGTGTCTCTACCTCATTTCCCGGTG...TAGAGAACCCACCGCCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 GCCCAAGGAGATGACCCCCGTGGAACCCGCCACCTTTGCAGCTGAGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120292 GCCCAAGGAGATGACCCCCGTGGAACCCGCCACCTTTGCAGCTGAGCTGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 TCTCGAGGCTGGAAAAGCTGAAGCTGGAGTTGGAGAGCCGCCACAGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120342 TCTCGAGGCTGGAAAAGCTGAAGCTGGAGTTGGAGAGCCGCCACAGCCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 GAGGAGCGCCTGCAGCAGATCCGAGAG         GATGAAGAGAGAGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 120392 GAGGAGCGCCTGCAGCAGATCCGAGAGGTA...CAGGATGAAGAGAGAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 GGGCTCCGAGCTCACACTCAATTCGCGGGAGGGGGCGCCCACGCAGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120800 GGGCTCCGAGCTCACACTCAATTCGCGGGAGGGGGCGCCCACGCAGCACC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 CCCTCTCCCTACTGCCCTCCGGCAGCTACGAGGAAGACCCGCAGACGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120850 CCCTCTCCCTACTGCCCTCCGGCAGCTACGAGGAAGACCCGCAGACGATA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 CTGGACGATCACCTGTCCAGGGTCCTCAAGACCCCTGGCTGCCAGTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120900 CTGGACGATCACCTGTCCAGGGTCCTCAAGACCCCTGGCTGCCAGTCTCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 GGGCGTAGGCCGCTATAGCCCTCGCTCCCGCTCCCCGGACCACCACCACC
         |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
 120950 AGGCGTAGGCCGCTATAGCCCCCGCTCCCGCTCCCCGGACCACCACCACC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 ACCACCATTCGCAGTACCACTCCCTGCTCCCGCCCGGTGGCAAGCTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121000 ACCACCATTCGCAGTACCACTCCCTGCTCCCGCCCGGTGGCAAGCTGCCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1465 CCCGCGGCCGCCTCGCCGGGCGCCTGCCCCCTCCTCGGGGGCAAAGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121050 CCCGCGGCCGCCTCGCCGGGCGCCTGCCCCCTCCTCGGGGGCAAAGGCTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1515 TGTGACCAAGCAGACGACGAAGCATGTCCACCACCACTACATCCACCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121100 TGTGACCAAGCAGACGACGAAGCATGTCCACCACCACTACATCCACCACC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1565 ATGCCGTCCCCAAGACCAAGGAGGAGATCGAGGCGGAGGCCACGCAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121150 ATGCCGTCCCCAAGACCAAGGAGGAGATCGAGGCGGAGGCCACGCAGCGG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1615 GTGCACTGCTTCTGCCCTGGGGGCAGCGAGTATTACTGCTACTCGAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121200 GTGCACTGCTTCTGCCCTGGGGGCAGCGAGTATTACTGCTACTCGAAATG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1665 CAAAAGCCACTCCAAGGCTCCGGAAACCATGCCCAGCGAGCAGTTTGG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 121250 CAAAAGCCACTCCAAGGCTCCGGAAACCATGCCCAGCGAGCAGTTTGGGT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1713        CGGCAGCAGAGGCAGTACCTTGCCCAAACGCAATGGGAAAGGC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121300 A...CAGCGGCAGCAGAGGCAGTACCTTGCCCAAACGCAATGGGAAAGGC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1756 ACGGAGCCGGGCCTGGCCCTGCCCGCCAGGGAAGGAGGGGCCCCCGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121601 ACGGAGCCGGGCCTGGCCCTGCCCGCCAGGGAAGGAGGGGCCCCCGGCGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1806 AGCTGGGGCCCTGCAGCTTCCCCGGGAGGAAGGAGACAGGTCGCAGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121651 AGCTGGGGCCCTGCAGCTTCCCCGGGAGGAAGGAGACAGGTCGCAGGATG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1856 TCTGGCAGTGGATGCTGGAGAGTGAGCGGCAGAGCAAGCCCAAGCCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121701 TCTGGCAGTGGATGCTGGAGAGTGAGCGGCAGAGCAAGCCCAAGCCCCAT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1906 AG         TGCCCAAAGCACAAAAAAGGCCTACCCCTTGGAGTCTGC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121751 AGGTA...TAGTGCCCAAAGCACAAAAAAGGCCTACCCCTTGGAGTCTGC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1947 CCGCTCGTCTCCAGGCGAACGAGCCAGCCGGCACCATCTGTGGGGGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122107 CCGCTCGTCTCCAGGCGAACGAGCCAGCCGGCACCATCTGTGGGGGGGCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1997 ACAGCGGGCACCCCCGCACCACCCCCCGTGCCCACCTGTTCACCCAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122157 ACAGCGGGCACCCCCGCACCACCCCCCGTGCCCACCTGTTCACCCAGGAC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2047 CCTGCGATGCCTCCCCTGACCCCACCCAACACGCTGGCTCAGCTGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122207 CCTGCGATGCCTCCCCTGACCCCACCCAACACGCTGGCTCAGCTGGAGGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2097 GGCCTGTCGCAGGCTAGCTGAGGTGTCGAAGCCCCCAAAGCAGCG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 122257 GGCCTGTCGCAGGCTAGCTGAGGTGTCGAAGCCCCCAAAGCAGCGGTG..

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2142     GTGCTGTGTGGCCAGTCAGCAGAGGGACAGGAATCATTCGGCCACT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122307 .CAGGTGCTGTGTGGCCAGTCAGCAGAGGGACAGGAATCATTCGGCCACT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2188 GTTCAGACGGGAGCCACACCCTTCTCCAATCCAAGCCTGGCTCCAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122946 GTTCAGACGGGAGCCACACCCTTCTCCAATCCAAGCCTGGCTCCAGAAGA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2238          TCACAAAGAGCCAAAGAAACTGGCAGGTGTCCACGCGCTCC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122996 GTG...CAGTCACAAAGAGCCAAAGAAACTGGCAGGTGTCCACGCGCTCC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2279 AGGCCAGTGAGTTGGTTGTCACTTACTTTTTCTGTGGGGAAGAAATTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124583 AGGCCAGTGAGTTGGTTGTCACTTACTTTTTCTGTGGGGAAGAAATTCCA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2329 TACCGGAGGATGCTGAAGGCTCAGAGCTTGACCCTGGGCCACTTTAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124633 TACCGGAGGATGCTGAAGGCTCAGAGCTTGACCCTGGGCCACTTTAAAGA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2379 GCAGCTCAGCAAAAAGGGAAATTATAG         GTATTACTTCAAAA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 124683 GCAGCTCAGCAAAAAGGGAAATTATAGGTA...AAGGTATTACTTCAAAA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2420 AAGCAAGCGATGAGTTTGCCTGTGGAGCGGTGTTTGAGGAGATCTGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128533 AAGCAAGCGATGAGTTTGCCTGTGGAGCGGTGTTTGAGGAGATCTGGGAG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2470 GATGAGACGGTGCTCCCGATGTATGAAGGCCGGATTCTGGGCAAAGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128583 GATGAGACGGTGCTCCCGATGTATGAAGGCCGGATTCTGGGCAAAGTGGA

   2600     .    :
   2520 GCGGATCGAT
        ||||||||||
 128633 GCGGATCGAT