seq1 = pF1KE1791.tfa, 909 bp
seq2 = pF1KE1791/gi568815591f_100274044.tfa (gi568815591f:100274044_100499904), 225861 bp

>pF1KE1791 909
>gi568815591f:100274044_100499904 (Chr7)

1-64  (99614-99677)   96% ->
65-454  (100001-100390)   99% ->
455-673  (115845-116063)   100% ->
674-707  (123836-123869)   100% ->
708-757  (125248-125297)   100% ->
758-789  (125538-125569)   100% ->
790-909  (125742-125861)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCCGGCCCCTGCTGCTGCCCCTACTGCCCCTGCTGCTGCCGCCAGC
        ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
  99614 ATGGGTCGGCCCCTGCTGCTGCCCCTACTGCCCTTGCTGCTGCCGCCAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATTTCTGCAGCCTA         GTGGCTCCACAGGATCTGGTCCAAGCT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
  99664 ATTTCTGCAGCCTAGTG...TAGGTGGCTCCACAGGATCTGGTCCAAGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACCTTTATGGGGTCACTCAACCAAAACACCTCTCAGCCTCCATGGGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100028 ACCTTTATGGGGTCACTCAACCAAAACACCTCTCAGCCTCCATGGGTGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCTGTGGAAATCCCCTTCTCCTTCTATTACCCCTGGGAGTTAGCCACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100078 TCTGTGGAAATCCCCTTCTCCTTCTATTACCCCTGGGAGTTAGCCACAGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCCCGACGTGAGAATATCCTGGAGACGGGGCCACTTCCACGGGCAGTCCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
 100128 TCCCGACGTGAGAATATCCTGGAGACGGGGCCACTTCCACAGGCAGTCCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCTACAGCACAAGGCCGCCTTCCATTCACAAGGATTATGTGAACCGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100178 TCTACAGCACAAGGCCGCCTTCCATTCACAAGGATTATGTGAACCGGCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TTTCTGAACTGGACAGAGGGTCAGAAGAGCGGCTTCCTCAGGATCTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100228 TTTCTGAACTGGACAGAGGGTCAGAAGAGCGGCTTCCTCAGGATCTCCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CCTGCAGAAGCAGGACCAGTCTGTGTATTTCTGCCGAGTTGAGCTGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100278 CCTGCAGAAGCAGGACCAGTCTGTGTATTTCTGCCGAGTTGAGCTGGACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CACGGAGCTCAGGGAGGCAGCAGTGGCAGTCCATCGAGGGGACCAAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100328 CACGGAGCTCAGGGAGGCAGCAGTGGCAGTCCATCGAGGGGACCAAACTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TCCATCACCCAGG         CTGTCACGACCACCACCCAGAGGCCCAG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100378 TCCATCACCCAGGGTG...CAGCTGTCACGACCACCACCCAGAGGCCCAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CAGCATGACTACCACCTGGAGGCTCAGTAGCACAACCACCACAACCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115873 CAGCATGACTACCACCTGGAGGCTCAGTAGCACAACCACCACAACCGGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TCAGGGTCACACAGGGCAAACGACGCTCAGACTCTTGGCACATAAGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115923 TCAGGGTCACACAGGGCAAACGACGCTCAGACTCTTGGCACATAAGTCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GAGACTGCTGTGGGGGTGGCAGTGGCTGTCACTGTGCTCGGAATCATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115973 GAGACTGCTGTGGGGGTGGCAGTGGCTGTCACTGTGCTCGGAATCATGAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TTTGGGACTGATCTGCCTCCTCAGGTGGAGGAGAAGGAAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 116023 TTTGGGACTGATCTGCCTCCTCAGGTGGAGGAGAAGGAAAGGTA...CAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GTCAGCAGCGGACTAAAGCCACAACCCCAGCCAG         GGAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 123836 GTCAGCAGCGGACTAAAGCCACAACCCCAGCCAGGTG...CAGGGAACCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TTCCAAAACACAGAGGAGCCATATGAGAATATCAGGAATGAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 125255 TTCCAAAACACAGAGGAGCCATATGAGAATATCAGGAATGAAGGTG...T

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    758   GACAAAATACAGATCCCAAGCTAAATCCCAAG         GATGACG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 125536 AGGACAAAATACAGATCCCAAGCTAAATCCCAAGGTA...CAGGATGACG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GCATCGTCTATGCTTCCCTTGCCCTCTCCAGCTCCACCTCACCCAGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125749 GCATCGTCTATGCTTCCCTTGCCCTCTCCAGCTCCACCTCACCCAGAGCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CCTCCCAGCCACCGTCCCCTCAAGAGCCCCCAGAACGAGACCCTGTACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125799 CCTCCCAGCCACCGTCCCCTCAAGAGCCCCCAGAACGAGACCCTGTACTC

    950     .    :
    897 TGTCTTAAAGGCC
        |||||||||||||
 125849 TGTCTTAAAGGCC