seq1 = pF1KE1789.tfa, 888 bp
seq2 = pF1KE1789/gi568815593f_134638621.tfa (gi568815593f:134638621_134850947), 212327 bp

>pF1KE1789 888
>gi568815593f:134638621_134850947 (Chr5)

1-172  (100001-100172)   100% ->
173-633  (102443-102903)   100% ->
634-699  (105367-105432)   100% ->
700-888  (112139-112327)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGTCGATGGCCGTCGCTACCGACGGCGGGGAGAGGCCGGGGGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGTCGATGGCCGTCGCTACCGACGGCGGGGAGAGGCCGGGGGTCCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGCGGGCTCAGGTCTGTCGGCTTCCCAGCGTCGGGCGGAGCTGCGTCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGCGGGCTCAGGTCTGTCGGCTTCCCAGCGTCGGGCGGAGCTGCGTCGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GAAAGCTGCTCATGAACTCGGAACAGCGCATCAACCGGATCATGGGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GAAAGCTGCTCATGAACTCGGAACAGCGCATCAACCGGATCATGGGCTTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CACAGGCCCGGGAGCGGCGCGG         AAGAAGAAAGTCAAACAAA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100151 CACAGGCCCGGGAGCGGCGCGGGTA...CAGAAGAAGAAAGTCAAACAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ATCAAAGCAGCAGGACAGTGATAAACTGAACTCCCTCAGCGTTCCTTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102462 ATCAAAGCAGCAGGACAGTGATAAACTGAACTCCCTCAGCGTTCCTTCCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTTCAAAGCGAGTAGTGCTGGGTGATTCAGTCAGTACAGGAACAACTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102512 TTTCAAAGCGAGTAGTGCTGGGTGATTCAGTCAGTACAGGAACAACTGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CAGCAGGGTGGTGTGGCCGAGGTAAAGGGGACCCAACTGGGAGACAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102562 CAGCAGGGTGGTGTGGCCGAGGTAAAGGGGACCCAACTGGGAGACAAATT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGACTCGTTCATTAAACCACCTGAGTGCAGTAGTGATGTCAACCTTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102612 GGACTCGTTCATTAAACCACCTGAGTGCAGTAGTGATGTCAACCTTGAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TCCGGCAGCGGAACAGAGGGGACCTGACAGCGGACTCGGTCCAGAGGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102662 TCCGGCAGCGGAACAGAGGGGACCTGACAGCGGACTCGGTCCAGAGGGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TCCCGCCATGGCCTAGAGCAGTACCTTTCCAGATTCGAAGAAGCAATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102712 TCCCGCCATGGCCTAGAGCAGTACCTTTCCAGATTCGAAGAAGCAATGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GCTAAGGAAACAGCTGATTAGTGAAAAACCCAGTCAAGAGGATGGAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102762 GCTAAGGAAACAGCTGATTAGTGAAAAACCCAGTCAAGAGGATGGAAATA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CAACAGAAGAATTTGACTCTTTTCGAATATTTAGATTGGTGGGATGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102812 CAACAGAAGAATTTGACTCTTTTCGAATATTTAGATTGGTGGGATGTGCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CTTCTTGCTCTTGGAGTCAGAGCTTTTGTTTGCAAATACTTG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 102862 CTTCTTGCTCTTGGAGTCAGAGCTTTTGTTTGCAAATACTTGGTA...CA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    634  TCCATATTTGCTCCATTTCTTACTTTACAACTTGCGTACATGGGATTAT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105366 GTCCATATTTGCTCCATTTCTTACTTTACAACTTGCGTACATGGGATTAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 ACAAATATTTTCCCAAG         AGTGAAAAGAAGATAAAGACAACA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 105416 ACAAATATTTTCCCAAGGTA...CAGAGTGAAAAGAAGATAAAGACAACA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GTACTAACAGCTGCACTTCTATTGTCGGGAATTCCTGCCGAAGTGATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112163 GTACTAACAGCTGCACTTCTATTGTCGGGAATTCCTGCCGAAGTGATAAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 TCGATCAATGGATACCTATAGCAAAATGGGCGAAGTCTTCACAGATCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112213 TCGATCAATGGATACCTATAGCAAAATGGGCGAAGTCTTCACAGATCTCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 GTGTCTACTTTTTCACTTTTATCTTTTGTCATGAACTGCTTGATTATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112263 GTGTCTACTTTTTCACTTTTATCTTTTGTCATGAACTGCTTGATTATTGG

    900     .    :    .
    874 GGCTCTGAAGTACCA
        |||||||||||||||
 112313 GGCTCTGAAGTACCA