seq1 = pF1KE1787.tfa, 882 bp
seq2 = pF1KE1787/gi568815594r_69741997.tfa (gi568815594r:69741997_69957644), 215648 bp

>pF1KE1787 882
>gi568815594r:69741997_69957644 (Chr4)

(complement)

1-145  (100001-100145)   100% ->
146-271  (102219-102344)   100% ->
272-369  (103331-103428)   100% ->
370-496  (108082-108208)   100% ->
497-591  (109853-109947)   100% ->
592-772  (113304-113484)   100% ->
773-882  (115539-115648)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAATTCTGAACTTGACTATTATGAAAAGTTTGAAGAAGTCCATGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAATTCTGAACTTGACTATTATGAAAAGTTTGAAGAAGTCCATGGGAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCTAATGTATAAAGATTTTGTCAAATATTGGGATAATGTGGAAGCGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCTAATGTATAAAGATTTTGTCAAATATTGGGATAATGTGGAAGCGTTCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGCAAGACCAGATGATCTTGTCATTGCCACCTACCCTAAATCTG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100101 AGGCAAGACCAGATGATCTTGTCATTGCCACCTACCCTAAATCTGGTA..

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    146     GTACAACCTGGGTTAGTGAAATTGTGTATATGATCTATAAAGAGGG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 .CAGGTACAACCTGGGTTAGTGAAATTGTGTATATGATCTATAAAGAGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGATGTGGAAAAGTGCAAAGAAGATGTAATTTTTAATCGAATACCTTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102265 TGATGTGGAAAAGTGCAAAGAAGATGTAATTTTTAATCGAATACCTTTCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGGAATGCAGAAAAGAAAACCTCATGAATG         GAGTAAAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 102315 TGGAATGCAGAAAAGAAAACCTCATGAATGGTA...CAGGAGTAAAACAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTAGATGAGATGAATTCTCCTAGAATTGTGAAGACTCATTTGCCACCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103342 TTAGATGAGATGAATTCTCCTAGAATTGTGAAGACTCATTTGCCACCTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ACTTCTTCCTGCCTCATTTTGGGAAAAGGATTGTAAG         ATAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 103392 ACTTCTTCCTGCCTCATTTTGGGAAAAGGATTGTAAGGTA...TAGATAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TCTATCTTTGCCGGAATGCAAAGGATGTGGCTGTTTCCTTTTATTATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108086 TCTATCTTTGCCGGAATGCAAAGGATGTGGCTGTTTCCTTTTATTATTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TTTCTAATGGTGGCTGGTCATCCAAATCCTGGATCCTTTCCAGAGTTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108136 TTTCTAATGGTGGCTGGTCATCCAAATCCTGGATCCTTTCCAGAGTTTGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGAGAAATTCATGCAAGGACAGG         TTCCTTATGGTTCCTGGT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 108186 GGAGAAATTCATGCAAGGACAGGGTA...TAGTTCCTTATGGTTCCTGGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATAAACATGTAAAATCTTGGTGGGAAAAGGGAAAGAGTCCACGTGTACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109871 ATAAACATGTAAAATCTTGGTGGGAAAAGGGAAAGAGTCCACGTGTACTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TTTCTTTTCTACGAAGACCTGAAAGAG         GATATCAGAAAAGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 109921 TTTCTTTTCTACGAAGACCTGAAAGAGGTG...TAGGATATCAGAAAAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GGTGATAAAATTGATACATTTCCTGGAAAGGAAGCCATCAGAGGAGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113318 GGTGATAAAATTGATACATTTCCTGGAAAGGAAGCCATCAGAGGAGCTTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGGACAGGATTATACATCATACTTCGTTCCAAGAGATGAAGAACAATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113368 TGGACAGGATTATACATCATACTTCGTTCCAAGAGATGAAGAACAATCCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TCCACAAATTACACAACACTGCCAGACGAAATTATGAACCAGAAATTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113418 TCCACAAATTACACAACACTGCCAGACGAAATTATGAACCAGAAATTGTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GCCCTTCATGAGAAAGG         GAATTACAGGAGACTGGAAAAATC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 113468 GCCCTTCATGAGAAAGGGTG...CAGGAATTACAGGAGACTGGAAAAATC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ACTTTACAGTAGCCCTGAATGAAAAATTTGATAAACATTATGAGCAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115563 ACTTTACAGTAGCCCTGAATGAAAAATTTGATAAACATTATGAGCAGCAA

    900     .    :    .    :    .    :    .
    847 ATGAAGGAATCTACACTGAAGTTTCGAACTGAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115613 ATGAAGGAATCTACACTGAAGTTTCGAACTGAGATC