seq1 = pF1KE1784.tfa, 876 bp
seq2 = pF1KE1784/gi568815589r_33342046.tfa (gi568815589r:33342046_33547530), 205485 bp

>pF1KE1784 876
>gi568815589r:33342046_33547530 (Chr9)

(complement)

1-108  (100001-100108)   100% ->
109-235  (103639-103765)   100% ->
236-373  (104073-104210)   100% ->
374-492  (104561-104679)   100% ->
493-710  (105013-105230)   100% ->
711-876  (105320-105485)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGTCGACAGAAGGAGCTGGTGTCCCGCTGCGGGGAGATGCTCCACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGTCGACAGAAGGAGCTGGTGTCCCGCTGCGGGGAGATGCTCCACAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCGCTACCGGCTGCTCCGACAGGCGCTGGCCGAGTGCCTGGGGACCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCGCTACCGGCTGCTCCGACAGGCGCTGGCCGAGTGCCTGGGGACCCTCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCCTGGTG         ATGTTTGGCTGTGGCTCCGTGGCCCAGGTTGTG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCCTGGTGGTG...CAGATGTTTGGCTGTGGCTCCGTGGCCCAGGTTGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTCAGCCGGGGCACCCACGGTGGTTTCCTCACCATCAACCTGGCCTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103672 CTCAGCCGGGGCACCCACGGTGGTTTCCTCACCATCAACCTGGCCTTTGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTTTGCTGTCACTCTGGGCATCCTCATCGCTGGCCAGGTCTCTG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 103722 CTTTGCTGTCACTCTGGGCATCCTCATCGCTGGCCAGGTCTCTGGTA...

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    236    GGGCCCACCTGAACCCTGCCGTGACCTTTGCCATGTGCTTCCTGGCT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104070 CAGGGGCCCACCTGAACCCTGCCGTGACCTTTGCCATGTGCTTCCTGGCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CGTGAGCCCTGGATCAAGCTGCCCATCTACACCCTGGCACAGACGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104120 CGTGAGCCCTGGATCAAGCTGCCCATCTACACCCTGGCACAGACGCTGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGCCTTCTTGGGTGCTGGAATAGTTTTTGGGCTGTATTATG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 104170 AGCCTTCTTGGGTGCTGGAATAGTTTTTGGGCTGTATTATGGTA...CAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATGCAATCTGGCACTTCGCCGACAACCAGCTTTTTGTTTCGGGCCCCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104561 ATGCAATCTGGCACTTCGCCGACAACCAGCTTTTTGTTTCGGGCCCCAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGCACAGCCGGCATCTTTGCTACCTACCCCTCTGGACACTTGGATATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104611 GGCACAGCCGGCATCTTTGCTACCTACCCCTCTGGACACTTGGATATGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CAATGGCTTCTTTGACCAG         TTCATAGGCACAGCCTCCCTTA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 104661 CAATGGCTTCTTTGACCAGGTA...CAGTTCATAGGCACAGCCTCCCTTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TCGTGTGTGTGCTGGCCATTGTTGACCCCTACAACAACCCCGTCCCCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105035 TCGTGTGTGTGCTGGCCATTGTTGACCCCTACAACAACCCCGTCCCCCGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GGCCTGGAGGCCTTCACCGTGGGCCTGGTGGTCCTGGTCATTGGCACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105085 GGCCTGGAGGCCTTCACCGTGGGCCTGGTGGTCCTGGTCATTGGCACCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CATGGGCTTCAACTCCGGCTATGCCGTCAACCCTGCCCGGGACTTTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105135 CATGGGCTTCAACTCCGGCTATGCCGTCAACCCTGCCCGGGACTTTGGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CCCGCCTTTTTACAGCCCTTGCGGGCTGGGGCTCTGCAGTCTTCAC    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 105185 CCCGCCTTTTTACAGCCCTTGCGGGCTGGGGCTCTGCAGTCTTCACGTG.

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    711      GACCGGCCAGCATTGGTGGTGGGTGCCCATCGTGTCCCCACTCCT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105235 ..CAGGACCGGCCAGCATTGGTGGTGGGTGCCCATCGTGTCCCCACTCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GGGCTCCATTGCGGGTGTCTTCGTGTACCAGCTGATGATCGGCTGCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105365 GGGCTCCATTGCGGGTGTCTTCGTGTACCAGCTGATGATCGGCTGCCACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TGGAGCAGCCCCCACCCTCCAACGAGGAAGAGAATGTGAAGCTGGCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105415 TGGAGCAGCCCCCACCCTCCAACGAGGAAGAGAATGTGAAGCTGGCCCAT

    900     .    :    .    :
    856 GTGAAGCACAAGGAGCAGATC
        |||||||||||||||||||||
 105465 GTGAAGCACAAGGAGCAGATC