seq1 = pF1KE1780.tfa, 864 bp
seq2 = pF1KE1780/gi568815596r_241751061.tfa (gi568815596r:241751061_241958838), 207778 bp

>pF1KE1780 864
>gi568815596r:241751061_241958838 (Chr2)

(complement)

1-76  (100001-100076)   100% ->
77-436  (105859-106218)   100% ->
437-592  (106486-106641)   100% ->
593-627  (106856-106890)   100% ->
628-864  (107542-107778)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGATCCCACAGGCGCCCTGGCCAGTCGTCTGGGCGGTGCTACAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAGATCCCACAGGCGCCCTGGCCAGTCGTCTGGGCGGTGCTACAACT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGCTGGCGGCCAGGATGGTTCTTAG         ACTCCCCAGACAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100051 GGGCTGGCGGCCAGGATGGTTCTTAGGTA...CAGACTCCCCAGACAGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCTGGAACCCCCCCACCTTCTCCCCAGCCCTGCTCGTGGTGACCGAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105874 CCTGGAACCCCCCCACCTTCTCCCCAGCCCTGCTCGTGGTGACCGAAGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GACAACGCCACCTTCACCTGCAGCTTCTCCAACACATCGGAGAGCTTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105924 GACAACGCCACCTTCACCTGCAGCTTCTCCAACACATCGGAGAGCTTCGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCTAAACTGGTACCGCATGAGCCCCAGCAACCAGACGGACAAGCTGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105974 GCTAAACTGGTACCGCATGAGCCCCAGCAACCAGACGGACAAGCTGGCCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCTTCCCCGAGGACCGCAGCCAGCCCGGCCAGGACTGCCGCTTCCGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106024 CCTTCCCCGAGGACCGCAGCCAGCCCGGCCAGGACTGCCGCTTCCGTGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ACACAACTGCCCAACGGGCGTGACTTCCACATGAGCGTGGTCAGGGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106074 ACACAACTGCCCAACGGGCGTGACTTCCACATGAGCGTGGTCAGGGCCCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GCGCAATGACAGCGGCACCTACCTCTGTGGGGCCATCTCCCTGGCCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106124 GCGCAATGACAGCGGCACCTACCTCTGTGGGGCCATCTCCCTGGCCCCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AGGCGCAGATCAAAGAGAGCCTGCGGGCAGAGCTCAGGGTGACAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 106174 AGGCGCAGATCAAAGAGAGCCTGCGGGCAGAGCTCAGGGTGACAGGTG..

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    437     AGAGAAGGGCAGAAGTGCCCACAGCCCACCCCAGCCCCTCACCCAG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106224 .CAGAGAGAAGGGCAGAAGTGCCCACAGCCCACCCCAGCCCCTCACCCAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GCCAGCCGGCCAGTTCCAAACCCTGGTGGTTGGTGTCGTGGGCGGCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106532 GCCAGCCGGCCAGTTCCAAACCCTGGTGGTTGGTGTCGTGGGCGGCCTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TGGGCAGCCTGGTGCTGCTAGTCTGGGTCCTGGCCGTCATCTGCTCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106582 TGGGCAGCCTGGTGCTGCTAGTCTGGGTCCTGGCCGTCATCTGCTCCCGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GCCGCACGAG         GGACAATAGGAGCCAGGCGCACCGGCCAGCC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 106632 GCCGCACGAGGTA...CAGGGACAATAGGAGCCAGGCGCACCGGCCAGCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CCTG         AAGGAGGACCCCTCAGCCGTGCCTGTGTTCTCTGTGG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106887 CCTGGTG...AAGAAGGAGGACCCCTCAGCCGTGCCTGTGTTCTCTGTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ACTATGGGGAGCTGGATTTCCAGTGGCGAGAGAAGACCCCGGAGCCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107579 ACTATGGGGAGCTGGATTTCCAGTGGCGAGAGAAGACCCCGGAGCCCCCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GTGCCCTGTGTCCCTGAGCAGACGGAGTATGCCACCATTGTCTTTCCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107629 GTGCCCTGTGTCCCTGAGCAGACGGAGTATGCCACCATTGTCTTTCCTAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CGGAATGGGCACCTCATCCCCCGCCCGCAGGGGCTCAGCTGACGGCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107679 CGGAATGGGCACCTCATCCCCCGCCCGCAGGGGCTCAGCTGACGGCCCTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GGAGTGCCCAGCCACTGAGGCCTGAGGATGGACACTGCTCTTGGCCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107729 GGAGTGCCCAGCCACTGAGGCCTGAGGATGGACACTGCTCTTGGCCCCTC