seq1 = pF1KE1779.tfa, 864 bp
seq2 = pF1KE1779/gi568815595r_119427774.tfa (gi568815595r:119427774_119657728), 229955 bp

>pF1KE1779 864
>gi568815595r:119427774_119657728 (Chr3)

(complement)

1-100  (100001-100100)   100% ->
101-418  (112862-113179)   100% ->
419-700  (120311-120592)   100% ->
701-796  (127792-127887)   100% ->
797-864  (129888-129955)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCCACACACGGAGGCAGGGAACATCACCATCCAAGTGTCCATACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCCACACACGGAGGCAGGGAACATCACCATCCAAGTGTCCATACCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAATTTCTTTCAGCTCTTGGTGCTGGCTGGTCTTTCTCACTTCTGTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAATTTCTTTCAGCTCTTGGTGCTGGCTGGTCTTTCTCACTTCTGTTCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101          GTGTTATCCACGTGACCAAGGAAGTGAAAGAAGTGGCAACG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTA...TAGGTGTTATCCACGTGACCAAGGAAGTGAAAGAAGTGGCAACG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGTCCTGTGGTCACAATGTTTCTGTTGAAGAGCTGGCACAAACTCGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112903 CTGTCCTGTGGTCACAATGTTTCTGTTGAAGAGCTGGCACAAACTCGCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTACTGGCAAAAGGAGAAGAAAATGGTGCTGACTATGATGTCTGGGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112953 CTACTGGCAAAAGGAGAAGAAAATGGTGCTGACTATGATGTCTGGGGACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGAATATATGGCCCGAGTACAAGAACCGGACCATCTTTGATATCACTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113003 TGAATATATGGCCCGAGTACAAGAACCGGACCATCTTTGATATCACTAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AACCTCTCCATTGTGATCCTGGCTCTGCGCCCATCTGACGAGGGCACATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113053 AACCTCTCCATTGTGATCCTGGCTCTGCGCCCATCTGACGAGGGCACATA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CGAGTGTGTTGTTCTGAAGTATGAAAAAGACGCTTTCAAGCGGGAACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113103 CGAGTGTGTTGTTCTGAAGTATGAAAAAGACGCTTTCAAGCGGGAACACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TGGCTGAAGTGACGTTATCAGTCAAAG         CTGACTTCCCTACA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 113153 TGGCTGAAGTGACGTTATCAGTCAAAGGTT...TAGCTGACTTCCCTACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CCTAGTATATCTGACTTTGAAATTCCAACTTCTAATATTAGAAGGATAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120325 CCTAGTATATCTGACTTTGAAATTCCAACTTCTAATATTAGAAGGATAAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TTGCTCAACCTCTGGAGGTTTTCCAGAGCCTCACCTCTCCTGGTTGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120375 TTGCTCAACCTCTGGAGGTTTTCCAGAGCCTCACCTCTCCTGGTTGGAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ATGGAGAAGAATTAAATGCCATCAACACAACAGTTTCCCAAGATCCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120425 ATGGAGAAGAATTAAATGCCATCAACACAACAGTTTCCCAAGATCCTGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 ACTGAGCTCTATGCTGTTAGCAGCAAACTGGATTTCAATATGACAACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120475 ACTGAGCTCTATGCTGTTAGCAGCAAACTGGATTTCAATATGACAACCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CCACAGCTTCATGTGTCTCATCAAGTATGGACATTTAAGAGTGAATCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120525 CCACAGCTTCATGTGTCTCATCAAGTATGGACATTTAAGAGTGAATCAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CCTTCAACTGGAATACAA         CCAAGCAAGAGCATTTTCCTGAT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 120575 CCTTCAACTGGAATACAAGTA...TAGCCAAGCAAGAGCATTTTCCTGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 AACCTGCTCCCATCCTGGGCCATTACCTTAATCTCAGTAAATGGAATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127815 AACCTGCTCCCATCCTGGGCCATTACCTTAATCTCAGTAAATGGAATTTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 TGTGATATGCTGCCTGACCTACT         GCTTTGCCCCAAGATGCA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 127865 TGTGATATGCTGCCTGACCTACTGTA...AAGGCTTTGCCCCAAGATGCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GAGAGAGAAGGAGGAATGAGAGATTGAGAAGGGAAAGTGTACGCCCTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129906 GAGAGAGAAGGAGGAATGAGAGATTGAGAAGGGAAAGTGTACGCCCTGTA