seq1 = pF1KE1778.tfa, 855 bp
seq2 = pF1KE1778/gi568815597r_100890411.tfa (gi568815597r:100890411_101125443), 235033 bp

>pF1KE1778 855
>gi568815597r:100890411_101125443 (Chr1)

(complement)

1-135  (100001-100135)   100% ->
136-260  (103679-103803)   100% ->
261-369  (111626-111734)   100% ->
370-490  (123857-123977)   100% ->
491-530  (130295-130334)   100% ->
531-634  (132704-132807)   100% ->
635-855  (134813-135033)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTTTATCTCATCGGGTTGGGCCTGGGAGATGCCAAGGACATCACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTTTATCTCATCGGGTTGGGCCTGGGAGATGCCAAGGACATCACAGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAAGGGCCTGGAAGTTGTTAGACGCTGCAGTCGAGTGTATCTGGAAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAAGGGCCTGGAAGTTGTTAGACGCTGCAGTCGAGTGTATCTGGAAGCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACACCTCAGTCCTAACTGTAGGGAAGGAAGCCTTG         GAAGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100101 ACACCTCAGTCCTAACTGTAGGGAAGGAAGCCTTGGTA...TAGGAAGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTTTATGGAAGAAAATTGGTTGTTGCTGATAGAGAAGAAGTGGAACAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103685 TTTTATGGAAGAAAATTGGTTGTTGCTGATAGAGAAGAAGTGGAACAAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGCAGATAATATTTTAAAGGATGCTGATATCAGTGATGTTGCATTCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103735 AGCAGATAATATTTTAAAGGATGCTGATATCAGTGATGTTGCATTCCTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGGTTGGTGATCCATTTGG         GGCCACAACACACAGTGATCTT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 103785 TGGTTGGTGATCCATTTGGGTA...CAGGGCCACAACACACAGTGATCTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTTCTAAGAGCAACAAAGCTGGGAATTCCTTATAGAGTTATTCACAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111648 GTTCTAAGAGCAACAAAGCTGGGAATTCCTTATAGAGTTATTCACAATGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTCCATAATGAATGCTGTAGGCTGCTGTGGTTTACAG         TTAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 111698 CTCCATAATGAATGCTGTAGGCTGCTGTGGTTTACAGGTA...TAGTTAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATAAGTTTGGAGAGACAGTTTCTATTGTTTTTTGGACAGACACTTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123861 ATAAGTTTGGAGAGACAGTTTCTATTGTTTTTTGGACAGACACTTGGAGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CCAGAAAGCTTCTTTGACAAAGTGAAGAAGAACAGACAAAATGGCATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123911 CCAGAAAGCTTCTTTGACAAAGTGAAGAAGAACAGACAAAATGGCATGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CACATTATGTTTACTAG         ACATCAAAGTAAAGGAGCAGTCTT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 123961 CACATTATGTTTACTAGGTA...CAGACATCAAAGTAAAGGAGCAGTCTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGGAAAATCTAATCAA         GGGAAGGAAGATCTATGAACCTCCA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 130319 TGGAAAATCTAATCAAGTA...TAGGGGAAGGAAGATCTATGAACCTCCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CGGTATATGAGTGTAAACCAAGCAGCCCAGCAGCTTCTGGAGATTGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132729 CGGTATATGAGTGTAAACCAAGCAGCCCAGCAGCTTCTGGAGATTGTTCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AAATCAAAGAATACGAGGAGAAGAACCAG         CAGTTACCGAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 132779 AAATCAAAGAATACGAGGAGAAGAACCAGGTA...TAGCAGTTACCGAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AGACACTTTGTGTTGGCTTAGCCAGGGTTGGAGCCGACGACCAGAAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134825 AGACACTTTGTGTTGGCTTAGCCAGGGTTGGAGCCGACGACCAGAAAATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GCAGCAGGCACTTTAAGGCAAATGTGCACTGTGGACTTGGGAGAACCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134875 GCAGCAGGCACTTTAAGGCAAATGTGCACTGTGGACTTGGGAGAACCATT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GCATTCCTTGATCATCACAGGAGGCAGCATACATCCAATGGAGATGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134925 GCATTCCTTGATCATCACAGGAGGCAGCATACATCCAATGGAGATGGAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TGCTAAGTCTGTTTTCCATACCAGAAAATAGCTCAGAATCTCAAAGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134975 TGCTAAGTCTGTTTTCCATACCAGAAAATAGCTCAGAATCTCAAAGCATC

    900     .
    847 AATGGACTT
        |||||||||
 135025 AATGGACTT