seq1 = pF1KE1777.tfa, 855 bp
seq2 = pF1KE1777/gi568815592f_149649807.tfa (gi568815592f:149649807_149902376), 252570 bp

>pF1KE1777 855
>gi568815592f:149649807_149902376 (Chr6)

1-229  (99922-100150)   100% ->
230-334  (121356-121460)   100% ->
335-366  (123332-123363)   100% ->
367-471  (140148-140252)   100% ->
472-592  (143743-143863)   99% ->
593-678  (146609-146694)   100% ->
679-855  (152394-152570)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCGGGAGCGCGCAGTGGCGGCAGCGGCGGCGACGGCAGTAACAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99922 ATGCCGGGAGCGCGCAGTGGCGGCAGCGGCGGCGACGGCAGTAACAGCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGCTACAGCGGGGACGCGAGCGGGGCGGTGACGGTGTGGGAGGTGGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99972 CAGCTACAGCGGGGACGCGAGCGGGGCGGTGACGGTGTGGGAGGTGGTCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CACTCTTGGGAAAACTGCTGGGCACCGTCGTCGCGCTGAAGGTGGTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100022 CACTCTTGGGAAAACTGCTGGGCACCGTCGTCGCGCTGAAGGTGGTTCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TACCTGCTCCGAGTGTGCTTAGCGATGGCCTGGAAATCCGGCGGCGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100072 TACCTGCTCCGAGTGTGCTTAGCGATGGCCTGGAAATCCGGCGGCGCCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCACTCGGAGCTAATCCACAATCTCCGCA         AAAATGGAATCA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100122 CCACTCGGAGCTAATCCACAATCTCCGCAGTA...CAGAAAATGGAATCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCAAGACAGATAAAGTATTTGAAGTGATGCTGGCTACAGACCGCTCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121368 TCAAGACAGATAAAGTATTTGAAGTGATGCTGGCTACAGACCGCTCCCAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TATGCAAAATGTAACCCATACATGGATTCTCCACAATCAATAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 121418 TATGCAAAATGTAACCCATACATGGATTCTCCACAATCAATAGGTA...C

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    335   GTTTCCAAGCAACAATCAGTGCTCCACACATG         CATGCAT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 123330 AGGTTTCCAAGCAACAATCAGTGCTCCACACATGGTA...CAGCATGCAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATGCGCTAGAACTTCTATTTGATCAGTTGCATGAAGGAGCTAAAGCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140155 ATGCGCTAGAACTTCTATTTGATCAGTTGCATGAAGGAGCTAAAGCTCTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GATGTAGGATCTGGAAGTGGAATCCTTACTGCATGTTTTGCACGTATG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 140205 GATGTAGGATCTGGAAGTGGAATCCTTACTGCATGTTTTGCACGTATGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    472        GTTGGATGTACTGGAAAAGTCATAGGAATTGATCACATTAAAG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140255 A...CAGGTTGGATGTACTGGAAAAGTCATAGGAATTGATCACATTAAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGCTAGTAGATGACTCAATAAATAATGTCAGGAAGGACGATCCAACACTT
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 143786 AGCTAGTAGATGACTCAGTAAATAATGTCAGGAAGGACGATCCAACACTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CTGTCTTCAGGGAGAGTACAGCTTGTTG         TGGGGGATGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 143836 CTGTCTTCAGGGAGAGTACAGCTTGTTGGTA...CAGTGGGGGATGGAAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AATGGGATATGCTGAAGAAGCCCCTTATGATGCCATTCATGTGGGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146622 AATGGGATATGCTGAAGAAGCCCCTTATGATGCCATTCATGTGGGAGCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CAGCCCCTGTTGTACCCCAGGCG         CTAATAGATCAGTTAAAG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 146672 CAGCCCCTGTTGTACCCCAGGCGGTG...TAGCTAATAGATCAGTTAAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CCCGGAGGAAGATTGATATTGCCTGTTGGTCCTGCAGGCGGAAACCAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152412 CCCGGAGGAAGATTGATATTGCCTGTTGGTCCTGCAGGCGGAAACCAAAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GTTGGAGCAGTATGACAAGCTACAAGATGGCAGCATCAAAATGAAGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152462 GTTGGAGCAGTATGACAAGCTACAAGATGGCAGCATCAAAATGAAGCCTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TGATGGGGGTGATATACGTGCCTTTAACAGATAAAGAAAAGCAGTGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152512 TGATGGGGGTGATATACGTGCCTTTAACAGATAAAGAAAAGCAGTGGTCC

    900     .
    847 AGGTGGAAG
        |||||||||
 152562 AGGTGGAAG