seq1 = pF1KE1774.tfa, 843 bp
seq2 = pF1KE1774/gi568815591f_73583626.tfa (gi568815591f:73583626_73797883), 214258 bp

>pF1KE1774 843
>gi568815591f:73583626_73797883 (Chr7)

1-48  (100001-100048)   100% ->
49-86  (100142-100179)   100% ->
87-182  (103011-103106)   100% ->
183-265  (103193-103275)   100% ->
266-362  (103374-103470)   100% ->
363-459  (107291-107387)   100% ->
460-510  (108971-109021)   100% ->
511-596  (109704-109789)   100% ->
597-642  (109999-110044)   100% ->
643-701  (110367-110425)   100% ->
702-791  (113980-114069)   100% ->
792-843  (114207-114258)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGTCCCGCGGCCGGCGTCCGGAGCATGGCGGACCCCCAGAGCTG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100001 ATGGCGTCCCGCGGCCGGCGTCCGGAGCATGGCGGACCCCCAGAGCTGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     49        TTTTATGACGAGACAGAAGCCCGGAAATACGTTCGCAA     
        >...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100051 A...CAGTTTTATGACGAGACAGAAGCCCGGAAATACGTTCGCAAGTG..

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     87     CTCACGGATGATTGATATCCAGACCAGGATGGCTGGGCGAGCATTG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100185 .CAGCTCACGGATGATTGATATCCAGACCAGGATGGCTGGGCGAGCATTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GAGCTTCTTTATCTGCCAGAGAATAAGCCCTGTTACCTGCTGGATATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103057 GAGCTTCTTTATCTGCCAGAGAATAAGCCCTGTTACCTGCTGGATATTGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183          CTGTGGCACTGGGCTGAGTGGAAGTTATCTGTCAGATGAAG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103107 GTG...CAGCTGTGGCACTGGGCTGAGTGGAAGTTATCTGTCAGATGAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 GGCACTATTGGGTGGGCCTGGATATCAGCCCTGCCATGCTGG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 103234 GGCACTATTGGGTGGGCCTGGATATCAGCCCTGCCATGCTGGGTA...TA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    266  ATGAGGCTGTGGACCGAGAGATAGAGGGAGACCTGCTGCTGGGGGATAT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103373 GATGAGGCTGTGGACCGAGAGATAGAGGGAGACCTGCTGCTGGGGGATAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 GGGCCAGGGCATCCCATTCAAGCCAGGCACATTTGATGGTTGCATCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 103423 GGGCCAGGGCATCCCATTCAAGCCAGGCACATTTGATGGTTGCATCAGGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    363        CATTTCTGCTGTGCAGTGGCTCTGTAATGCTAACAAGAAGTCT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103473 G...TAGCATTTCTGCTGTGCAGTGGCTCTGTAATGCTAACAAGAAGTCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 GAAAACCCTGCCAAGCGCCTGTACTGCTTTTTTGCTTCTCTTTTTTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107334 GAAAACCCTGCCAAGCGCCTGTACTGCTTTTTTGCTTCTCTTTTTTCTGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TCTC         GTCCGGGGATCCCGAGCTGTCCTGCAGCTGTACCCTG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107384 TCTCGTG...CAGGTCCGGGGATCCCGAGCTGTCCTGCAGCTGTACCCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 AGAACTCAGAGCAG         TTGGAGCTGATCACAACCCAGGCCACA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 109008 AGAACTCAGAGCAGGTG...CAGTTGGAGCTGATCACAACCCAGGCCACA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    538 AAGGCAGGCTTCTCCGGTGGCATGGTGGTAGACTACCCTAACAGTGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109731 AAGGCAGGCTTCTCCGGTGGCATGGTGGTAGACTACCCTAACAGTGCCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 AGCAAAGAA         ATTCTACCTCTGCTTGTTTTCTGGGCCTTCGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 109781 AGCAAAGAAGTG...CAGATTCTACCTCTGCTTGTTTTCTGGGCCTTCGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    629 CCTTTATACCAGAG         GGGCTGAGTGAAAATCAGGATGAAGTT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 110031 CCTTTATACCAGAGGTG...CAGGGGCTGAGTGAAAATCAGGATGAAGTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    670 GAACCCAGGGAGTCTGTGTTCACCAATGAGAG         GTTCCCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 110394 GAACCCAGGGAGTCTGTGTTCACCAATGAGAGGTA...CAGGTTCCCATT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    711 AAGGATGTCGAGGCGGGGAATGGTGAGGAAGAGTCGGGCATGGGTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113989 AAGGATGTCGAGGCGGGGAATGGTGAGGAAGAGTCGGGCATGGGTGCTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    761 AGAAGAAGGAGCGGCACAGGCGCCAGGGCAG         GGAAGTCAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 114039 AGAAGAAGGAGCGGCACAGGCGCCAGGGCAGGTG...CAGGGAAGTCAGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :
    802 CCTGACACCCAGTACACCGGCCGCAAGCGCAAGCCCCGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114217 CCTGACACCCAGTACACCGGCCGCAAGCGCAAGCCCCGCTTC