seq1 = pF1KE1756.tfa, 783 bp
seq2 = pF1KE1756/gi568815575f_136548249.tfa (gi568815575f:136548249_136759412), 211164 bp

>pF1KE1756 783
>gi568815575f:136548249_136759412 (ChrX)

1-156  (100001-100156)   99% ->
157-288  (102018-102149)   100% ->
289-346  (106125-106182)   100% ->
347-409  (108108-108170)   100% ->
410-783  (110791-111164)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATCGAAACATACAACCAAACTTCTCCCCGATCTGCGGCCACTGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATCGAAACATACAACCAAACTTCTCCCCGATCTGCGGCCACTGGACT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCCATCAGCATGAAAATTTTTATGTATTTACTTACTGTTTTTCTTATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCCCATCAGCATGAAAATTTTTATGTATTTACTTACTGTTTTTCTTATCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCCAGATGATTGGGTCAGCACTTTTTGCTGTGTATCTTCATAGAAGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
 100101 CCCAGATGATTGGGTCAGCACTTTTTGCTGTGTATCTTCATAGAAGGTTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GACAAG         ATAGAAGATGAAAGGAATCTTCATGAAGATTTTGT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GACAAGGTA...TAGATAGAAGATGAAAGGAATCTTCATGAAGATTTTGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ATTCATGAAAACGATACAGAGATGCAACACAGGAGAAAGATCCTTATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102053 ATTCATGAAAACGATACAGAGATGCAACACAGGAGAAAGATCCTTATCCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TACTGAACTGTGAGGAGATTAAAAGCCAGTTTGAAGGCTTTGTGAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 102103 TACTGAACTGTGAGGAGATTAAAAGCCAGTTTGAAGGCTTTGTGAAGGTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    289       GATATAATGTTAAACAAAGAGGAGACGAAGAAAGAAAACAGCTT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102153 ...TAGGATATAATGTTAAACAAAGAGGAGACGAAGAAAGAAAACAGCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGAAATGCAAAAAG         GTGATCAGAATCCTCAAATTGCGGCAC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 106169 TGAAATGCAAAAAGGTA...CAGGTGATCAGAATCCTCAAATTGCGGCAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATGTCATAAGTGAGGCCAGCAGTAAAACAACATCTG         TGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 108135 ATGTCATAAGTGAGGCCAGCAGTAAAACAACATCTGGTA...CAGTGTTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CAGTGGGCTGAAAAAGGATACTACACCATGAGCAACAACTTGGTAACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110796 CAGTGGGCTGAAAAAGGATACTACACCATGAGCAACAACTTGGTAACCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GGAAAATGGGAAACAGCTGACCGTTAAAAGACAAGGACTCTATTATATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110846 GGAAAATGGGAAACAGCTGACCGTTAAAAGACAAGGACTCTATTATATCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATGCCCAAGTCACCTTCTGTTCCAATCGGGAAGCTTCGAGTCAAGCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110896 ATGCCCAAGTCACCTTCTGTTCCAATCGGGAAGCTTCGAGTCAAGCTCCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TTTATAGCCAGCCTCTGCCTAAAGTCCCCCGGTAGATTCGAGAGAATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110946 TTTATAGCCAGCCTCTGCCTAAAGTCCCCCGGTAGATTCGAGAGAATCTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 ACTCAGAGCTGCAAATACCCACAGTTCCGCCAAACCTTGCGGGCAACAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110996 ACTCAGAGCTGCAAATACCCACAGTTCCGCCAAACCTTGCGGGCAACAAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CCATTCACTTGGGAGGAGTATTTGAATTGCAACCAGGTGCTTCGGTGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111046 CCATTCACTTGGGAGGAGTATTTGAATTGCAACCAGGTGCTTCGGTGTTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GTCAATGTGACTGATCCAAGCCAAGTGAGCCATGGCACTGGCTTCACGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111096 GTCAATGTGACTGATCCAAGCCAAGTGAGCCATGGCACTGGCTTCACGTC

    800     .    :    .
    765 CTTTGGCTTACTCAAACTC
        |||||||||||||||||||
 111146 CTTTGGCTTACTCAAACTC