seq1 = pF1KE1746.tfa, 750 bp
seq2 = pF1KE1746/gi568815597r_116419231.tfa (gi568815597r:116419231_116670972), 251742 bp

>pF1KE1746 750
>gi568815597r:116419231_116670972 (Chr1)

(complement)

1-70  (100001-100070)   100% ->
71-364  (126369-126662)   100% ->
365-628  (134745-135008)   100% ->
629-706  (148990-149067)   100% ->
707-750  (151706-151746)   90%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTTGCTGGGAGCGACGCGGGGCGGGCCCTGGGGGTCCTCAGCGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTTGCTGGGAGCGACGCGGGGCGGGCCCTGGGGGTCCTCAGCGTGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTGCCTGCTGCACTGCTTTG         GTTTCATCAGCTGTTTTTCCC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100051 CTGCCTGCTGCACTGCTTTGGTG...TAGGTTTCATCAGCTGTTTTTCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AACAAATATATGGTGTTGTGTATGGGAATGTAACTTTCCATGTACCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126390 AACAAATATATGGTGTTGTGTATGGGAATGTAACTTTCCATGTACCAAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AATGTGCCTTTAAAAGAGGTCCTATGGAAAAAACAAAAGGATAAAGTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126440 AATGTGCCTTTAAAAGAGGTCCTATGGAAAAAACAAAAGGATAAAGTTGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGAACTGGAAAATTCTGAATTCAGAGCTTTCTCATCTTTTAAAAATAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126490 AGAACTGGAAAATTCTGAATTCAGAGCTTTCTCATCTTTTAAAAATAGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTTATTTAGACACTGTGTCAGGTAGCCTCACTATCTACAACTTAACATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126540 TTTATTTAGACACTGTGTCAGGTAGCCTCACTATCTACAACTTAACATCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TCAGATGAAGATGAGTATGAAATGGAATCGCCAAATATTACTGATACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126590 TCAGATGAAGATGAGTATGAAATGGAATCGCCAAATATTACTGATACCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GAAGTTCTTTCTTTATGTGCTTG         AGTCTCTTCCATCTCCCA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 126640 GAAGTTCTTTCTTTATGTGCTTGGTG...CAGAGTCTCTTCCATCTCCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CACTAACTTGTGCATTGACTAATGGAAGCATTGAAGTCCAATGCATGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134763 CACTAACTTGTGCATTGACTAATGGAAGCATTGAAGTCCAATGCATGATA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CCAGAGCATTACAACAGCCATCGAGGACTTATAATGTACTCATGGGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134813 CCAGAGCATTACAACAGCCATCGAGGACTTATAATGTACTCATGGGATTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TCCTATGGAGCAATGTAAACGTAACTCAACCAGTATATATTTTAAGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134863 TCCTATGGAGCAATGTAAACGTAACTCAACCAGTATATATTTTAAGATGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 AAAATGATCTTCCACAAAAAATACAGTGTACTCTTAGCAATCCATTATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134913 AAAATGATCTTCCACAAAAAATACAGTGTACTCTTAGCAATCCATTATTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AATACAACATCATCAATCATTTTGACAACCTGTATCCCAAGCAGCG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 134963 AATACAACATCATCAATCATTTTGACAACCTGTATCCCAAGCAGCGGTG.

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    629      GTCATTCAAGACACAGATATGCACTTATACCCATACCATTAGCAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135013 ..TAGGTCATTCAAGACACAGATATGCACTTATACCCATACCATTAGCAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TAATTACAACATGTATTGTGCTGTATATGAATG         GTATTCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 149035 TAATTACAACATGTATTGTGCTGTATATGAATGGTA...TAGGTATTCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .
    715 AAATGTGACAGAAAACCAGACAGAACCAACTCCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||| |--||-
 151714 AAATGTGACAGAAAACCAGACAGAACCAAGT  AA