seq1 = pF1KE1744.tfa, 735 bp
seq2 = pF1KE1744/gi568815592r_18030671.tfa (gi568815592r:18030671_18249127), 218457 bp

>pF1KE1744 735
>gi568815592r:18030671_18249127 (Chr6)

(complement)

1-140  (100001-100140)   100% ->
141-233  (101213-101305)   100% ->
234-366  (105400-105532)   100% ->
367-419  (109411-109463)   100% ->
420-494  (110091-110165)   98% ->
495-580  (115239-115324)   100% ->
581-625  (116951-116995)   100% ->
626-735  (118348-118457)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATGGTACAAGAACTTCACTTGACATTGAAGAGTACTCGGATACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATGGTACAAGAACTTCACTTGACATTGAAGAGTACTCGGATACTGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTACAGAAAAACCAAGTACTAACTCTGGAAGAATGGCAAGACAAGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTACAGAAAAACCAAGTACTAACTCTGGAAGAATGGCAAGACAAGTGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGAACGGCAAGACTGCTTTTCATCAGGAACAAGGACATCA         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100101 TGAACGGCAAGACTGCTTTTCATCAGGAACAAGGACATCAGTA...CAGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTATTAAAGAAGCATTTAGATACTTTCCTTAAAGGCAAGAGTGGACTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101214 CTATTAAAGAAGCATTTAGATACTTTCCTTAAAGGCAAGAGTGGACTGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGTATTTTTTCCTCTTTGCGGAAAAGCGGTTGAGATGAAATG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 101264 GGTATTTTTTCCTCTTTGCGGAAAAGCGGTTGAGATGAAATGGTA...CA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    234  GTTTGCAGACCGGGGACACAGTGTAGTTGGTGTGGAAATCAGTGAACTT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105399 GGTTTGCAGACCGGGGACACAGTGTAGTTGGTGTGGAAATCAGTGAACTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGGATACAAGAATTTTTTACAGAGCAGAATCTTTCTTACTCAGAAGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105449 GGGATACAAGAATTTTTTACAGAGCAGAATCTTTCTTACTCAGAAGAACC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AATCACCGAAATTCCTGGAACCAAAGTATTTAAG         AGTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 105499 AATCACCGAAATTCCTGGAACCAAAGTATTTAAGGTT...CAGAGTTCTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CGGGGAACATTTCATTGTACTGTTGCAGTATTTTTGATCTTCCCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 109418 CGGGGAACATTTCATTGTACTGTTGCAGTATTTTTGATCTTCCCAGGTA.

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    420      GACAAATATTGGCAAATTTGACATGATTTGGGATAGAGGAGCATT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109468 ..TAGGACAAATATTGGCAAATTTGACATGATTTGGGATAGAGGAGCATT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AGTTGCCATTAATCCAGGTGATCGCAAATG         CTATGCAGATA
        ||||||||| ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 110136 AGTTGCCATCAATCCAGGTGATCGCAAATGGTA...TAGCTATGCAGATA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CAATGTTTTCCCTCCTGGGAAAGAAGTTTCAGTATCTCCTGTGTGTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115250 CAATGTTTTCCCTCCTGGGAAAGAAGTTTCAGTATCTCCTGTGTGTTCTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TCTTATGATCCAACTAAACATCCAG         GTCCACCATTTTATGT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 115300 TCTTATGATCCAACTAAACATCCAGGTA...TAGGTCCACCATTTTATGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TCCACATGCTGAAATTGAAAGGTTGTTTG         GTAAAATATGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 116967 TCCACATGCTGAAATTGAAAGGTTGTTTGGTA...CAGGTAAAATATGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 ATATACGTTGTCTTGAGAAGGTTGATGCTTTTGAAGAACGACATAAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118360 ATATACGTTGTCTTGAGAAGGTTGATGCTTTTGAAGAACGACATAAAAGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    688 TGGGGAATTGACTGTCTTTTTGAAAAGTTATATCTACTTACAGAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118410 TGGGGAATTGACTGTCTTTTTGAAAAGTTATATCTACTTACAGAAAAG