seq1 = pF1KE1743.tfa, 735 bp
seq2 = pF1KE1743/gi568815597f_22537617.tfa (gi568815597f:22537617_22739404), 201788 bp

>pF1KE1743 735
>gi568815597f:22537617_22739404 (Chr1)

1-163  (100001-100163)   100% ->
164-735  (101217-101788)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGGTCCCCGGGGATGGCTGGTGCTCTGTGTGCTGGCCATATCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGGTCCCCGGGGATGGCTGGTGCTCTGTGTGCTGGCCATATCGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCCTCTATGGTGACCGAGGACTTGTGCCGAGCACCAGACGGGAAGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCCTCTATGGTGACCGAGGACTTGTGCCGAGCACCAGACGGGAAGAAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGGAGGCAGGAAGACCTGGCAGACGGGGGCGGCCAGGCCTCAAGGGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGGAGGCAGGAAGACCTGGCAGACGGGGGCGGCCAGGCCTCAAGGGGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAAGGGGAGCCGG         GGGCCCCTGGCATCCGGACAGGCATCCA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAAGGGGAGCCGGGTA...CAGGGGCCCCTGGCATCCGGACAGGCATCCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGGCCTTAAAGGAGACCAGGGGGAACCTGGGCCCTCTGGAAACCCCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101245 AGGCCTTAAAGGAGACCAGGGGGAACCTGGGCCCTCTGGAAACCCCGGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGGTGGGCTACCCAGGGCCCAGCGGCCCCCTCGGAGCCCGTGGCATCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101295 AGGTGGGCTACCCAGGGCCCAGCGGCCCCCTCGGAGCCCGTGGCATCCCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GGAATTAAAGGCACCAAGGGCAGCCCAGGAAACATCAAGGACCAGCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101345 GGAATTAAAGGCACCAAGGGCAGCCCAGGAAACATCAAGGACCAGCCGAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GCCAGCCTTCTCCGCCATTCGGCGGAACCCCCCAATGGGGGGCAACGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101395 GCCAGCCTTCTCCGCCATTCGGCGGAACCCCCCAATGGGGGGCAACGTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TCATCTTCGACACGGTCATCACCAACCAGGAAGAACCGTACCAGAACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101445 TCATCTTCGACACGGTCATCACCAACCAGGAAGAACCGTACCAGAACCAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TCCGGCCGATTCGTCTGCACTGTACCCGGCTACTACTACTTCACCTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101495 TCCGGCCGATTCGTCTGCACTGTACCCGGCTACTACTACTTCACCTTCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GGTGCTGTCCCAGTGGGAAATCTGCCTGTCCATCGTCTCCTCCTCAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101545 GGTGCTGTCCCAGTGGGAAATCTGCCTGTCCATCGTCTCCTCCTCAAGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GCCAGGTCCGACGCTCCCTGGGCTTCTGTGACACCACCAACAAGGGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101595 GCCAGGTCCGACGCTCCCTGGGCTTCTGTGACACCACCAACAAGGGGCTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 TTCCAGGTGGTGTCAGGGGGCATGGTGCTTCAGCTGCAGCAGGGTGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101645 TTCCAGGTGGTGTCAGGGGGCATGGTGCTTCAGCTGCAGCAGGGTGACCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GGTCTGGGTTGAAAAAGACCCCAAAAAGGGTCACATTTACCAGGGCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101695 GGTCTGGGTTGAAAAAGACCCCAAAAAGGGTCACATTTACCAGGGCTCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :
    692 AGGCCGACAGCGTCTTCAGCGGCTTCCTCATCTTCCCATCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101745 AGGCCGACAGCGTCTTCAGCGGCTTCCTCATCTTCCCATCTGCC