seq1 = pF1KE1742.tfa, 732 bp
seq2 = pF1KE1742/gi568815586f_50825039.tfa (gi568815586f:50825039_51030147), 205109 bp

>pF1KE1742 732
>gi568815586f:50825039_51030147 (Chr12)

1-498  (100001-100498)   99% ->
499-732  (104876-105109)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCTTACCATCTTTATCCTGAGACTGGCCATTTACATCCTGACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGCTTACCATCTTTATCCTGAGACTGGCCATTTACATCCTGACATT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCCCTTGTACCTGCTGAACTTTCTGGGCTTGTGGAGCTGGATATGCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCCCTTGTACCTGCTGAACTTTCTGGGCTTGTGGAGCTGGATATGCAAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AATGGTTCCCCTACTTCTTGGTGAGGTTCACTGTGATATACAACGAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AATGGTTCCCCTACTTCTTGGTGAGGTTCACTGTGATATACAACGAACAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATGGCAAGCAAGAAGCGGGAGCTCTTCAGTAACCTGCAGGAGTTTGCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATGGCAAGCAAGAAGCGGGAGCTCTTCAGTAACCTGCAGGAGTTTGCGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCCCTCCGGGAAACTCTCCCTGCTGGAAGTGGGCTGTGGCACGGGGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCCCTCCGGGAAACTCTCCCTGCTGGAAGTGGGCTGTGGCACGGGGGCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACTTCAAGTTCTACCCACCTGGGTGCAGGGTGACCTGTATTGACCCCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
 100251 ACTTCAAGTTCTACCCACCTGGGTGCAGGGTGACCTGTATTGACCCCAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CCCAACTTTGAGAAGTTTTTGATCAAGAGCATTGCAGAGAACCGACACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CCCAACTTTGAGAAGTTTTTGATCAAGAGCATTGCAGAGAACCGACACCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCAGTTTGAGCGCTTTGTGGTAGCTGCCGGGGAGAACATGCACCAGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCAGTTTGAGCGCTTTGTGGTAGCTGCCGGGGAGAACATGCACCAGGTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CTGATGGCTCTGTGGATGTGGTGGTCTGCACCCTGGTGCTGTGCTCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CTGATGGCTCTGTGGATGTGGTGGTCTGCACCCTGGTGCTGTGCTCTGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AAGAACCAGGAGCGGATTCTCCGCGAGGTGTGCAGAGTGCTGAGACCG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100451 AAGAACCAGGAGCGGATTCTCCGCGAGGTGTGCAGAGTGCTGAGACCGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    499        GGAGGGGCTTTCTATTTCATGGAGCATGTGGCAGCTGAGTGTT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 G...CAGGGAGGGGCTTTCTATTTCATGGAGCATGTGGCAGCTGAGTGTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CGACTTGGAATTACTTCTGGCAACAAGTCCTGGATCCTGCCTGGCACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104919 CGACTTGGAATTACTTCTGGCAACAAGTCCTGGATCCTGCCTGGCACCTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CTGTTTGATGGGTGCAACCTGACCAGAGAGAGCTGGAAGGCCCTGGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104969 CTGTTTGATGGGTGCAACCTGACCAGAGAGAGCTGGAAGGCCCTGGAGCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GGCCAGCTTCTCTAAGCTGAAGCTGCAGCACATCCAGGCCCCACTGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105019 GGCCAGCTTCTCTAAGCTGAAGCTGCAGCACATCCAGGCCCCACTGTCCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :
    692 GGGAGTTGGTGCGCCCTCATATCTATGGATATGCTGTGAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105069 GGGAGTTGGTGCGCCCTCATATCTATGGATATGCTGTGAAA