seq1 = pF1KE1739.tfa, 732 bp
seq2 = pF1KE1739/gi568815592r_31480712.tfa (gi568815592r:31480712_31682367), 201656 bp

>pF1KE1739 732
>gi568815592r:31480712_31682367 (Chr6)

(complement)

1-162  (99951-100112)   100% ->
163-208  (100509-100554)   100% ->
209-280  (100738-100809)   100% ->
281-732  (101205-101656)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGGCACTGGGGCTGGAGGGCAGGGGTGGGAGGCTCCAGGGGAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99951 ATGGGGGCACTGGGGCTGGAGGGCAGGGGTGGGAGGCTCCAGGGGAGGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTCCCTCCTGCTAGCTGTGGCAGGAGCCACTTCTCTGGTGACCTTGTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 TTCCCTCCTGCTAGCTGTGGCAGGAGCCACTTCTCTGGTGACCTTGTTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGCGGTGCCTATCACTGTCCTGGCTGTGCTGGCCTTAGTGCCCCAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGGCGGTGCCTATCACTGTCCTGGCTGTGCTGGCCTTAGTGCCCCAGGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAGGGAGGACTG         GTAACGGAGACGGCCGACCCCGGGGCACA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CAGGGAGGACTGGTG...CAGGTAACGGAGACGGCCGACCCCGGGGCACA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGCCCAGCAAGGACTGG         GGTTTCAGAAGCTGCCAGAGGAGG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100538 GGCCCAGCAAGGACTGGGTA...CAGGGTTTCAGAAGCTGCCAGAGGAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGCCAGAAACAGATCTCAGCCCCGGGCTCCCAGCTGCCCACCTCATAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100762 AGCCAGAAACAGATCTCAGCCCCGGGCTCCCAGCTGCCCACCTCATAGGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    281        GCGCTCCGCTGAAGGGGCAGGGGCTAGGCTGGGAGACGACGAA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100812 A...CAGGCGCTCCGCTGAAGGGGCAGGGGCTAGGCTGGGAGACGACGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGAACAGGCGTTTCTGACGAGCGGGACGCAGTTCTCGGACGCCGAGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101248 GGAACAGGCGTTTCTGACGAGCGGGACGCAGTTCTCGGACGCCGAGGGGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGGCGCTCCCGCAGGACGGCCTCTATTACCTCTACTGTCTCGTCGGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101298 TGGCGCTCCCGCAGGACGGCCTCTATTACCTCTACTGTCTCGTCGGCTAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CGGGGCCGGGCGCCCCCTGGCGGCGGGGACCCCCAGGGCCGCTCGGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101348 CGGGGCCGGGCGCCCCCTGGCGGCGGGGACCCCCAGGGCCGCTCGGTCAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCTGCGCAGCTCTCTGTACCGGGCGGGGGGCGCCTACGGGCCGGGCACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101398 GCTGCGCAGCTCTCTGTACCGGGCGGGGGGCGCCTACGGGCCGGGCACTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCGAGCTGCTGCTCGAGGGCGCCGAGACGGTGACTCCAGTGCTGGACCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101448 CCGAGCTGCTGCTCGAGGGCGCCGAGACGGTGACTCCAGTGCTGGACCCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GCCAGGAGACAAGGGTACGGGCCTCTCTGGTACACGAGCGTGGGGTTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101498 GCCAGGAGACAAGGGTACGGGCCTCTCTGGTACACGAGCGTGGGGTTCGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CGGCCTGGTGCAGCTCCGGAGGGGCGAGAGGGTGTACGTCAACATCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101548 CGGCCTGGTGCAGCTCCGGAGGGGCGAGAGGGTGTACGTCAACATCAGTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 ACCCCGATATGGTGGACTTCGCGAGAGGGAAGACCTTCTTTGGGGCCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101598 ACCCCGATATGGTGGACTTCGCGAGAGGGAAGACCTTCTTTGGGGCCGTG

    750     .
    724 ATGGTGGGG
        |||||||||
 101648 ATGGTGGGG