seq1 = pF1KE1736.tfa, 726 bp
seq2 = pF1KE1736/gi568815587r_34782720.tfa (gi568815587r:34782720_35016284), 233565 bp

>pF1KE1736 726
>gi568815587r:34782720_35016284 (Chr11)

(complement)

1-57  (100001-100057)   100% ->
58-158  (121175-121275)   100% ->
159-207  (125733-125781)   100% ->
208-325  (127416-127533)   100% ->
326-461  (127857-127992)   99% ->
462-629  (132781-132948)   100% ->
630-726  (133469-133565)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTGGCTGTGATGCTCGGGAGGGAGACTGTTGTTCCCGGAGATGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCTGGCTGTGATGCTCGGGAGGGAGACTGTTGTTCCCGGAGATGCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCGCAG         GACAAGGAGCATCCAAGATACCTGATCCCAGAAC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGCGCAGGTA...AAGGACAAGGAGCATCCAAGATACCTGATCCCAGAAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTTGCAAACAGTTTTACCATTTAGGCTGGGTCACTGGGACTGGAGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121209 TTTGCAAACAGTTTTACCATTTAGGCTGGGTCACTGGGACTGGAGGAGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATTAGCTTGAAGCATGG         CGATGAAATCTACATTGCTCCTTC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 121259 ATTAGCTTGAAGCATGGGTA...CAGCGATGAAATCTACATTGCTCCTTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AGGAGTGCAAAAGGAACGAATTCAG         CCTGAAGACATGTTTG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 125757 AGGAGTGCAAAAGGAACGAATTCAGGTA...TAGCCTGAAGACATGTTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TTTGTGATATAAATGAAAAGGACATAAGTGGACCTTCGCCATCGAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127432 TTTGTGATATAAATGAAAAGGACATAAGTGGACCTTCGCCATCGAAGAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CTAAAAAAAAGCCAGTGTACTCCTCTTTTCATGAATGCTTACACAATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127482 CTAAAAAAAAGCCAGTGTACTCCTCTTTTCATGAATGCTTACACAATGAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AG         GAGCAGGTGCAGTGATTCATACCCACTCTAAAGCTGCTG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127532 AGGTA...CAGGAGCAGGTGCAGTGATTCATACCCACTCTAAAGCTGCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TGATGGCCACCCTTCTCTTTCCAGGACGGGAGTTTAAAATTACACATCAA
        |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127896 TGATGGCCACACTTCTCTTTCCAGGACGGGAGTTTAAAATTACACATCAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GAGATGATAAAAGGAATAAAGAAATGTACTTCCGGAGGGTATTATAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 127946 GAGATGATAAAAGGAATAAAGAAATGTACTTCCGGAGGGTATTATAGGTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    462       ATATGATGATATGTTAGTGGTACCCATTATTGAGAATACACCTG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127996 ...CAGATATGATGATATGTTAGTGGTACCCATTATTGAGAATACACCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AGGAGAAAGACCTCAAAGATAGAATGGCTCATGCAATGAATGAATACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132825 AGGAGAAAGACCTCAAAGATAGAATGGCTCATGCAATGAATGAATACCCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GACTCCTGTGCAGTACTGGTCAGACGTCATGGAGTATATGTGTGGGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132875 GACTCCTGTGCAGTACTGGTCAGACGTCATGGAGTATATGTGTGGGGGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AACATGGGAGAAGGCCAAAACCAT         GTGTGAGTGTTATGACT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 132925 AACATGGGAGAAGGCCAAAACCATGTG...CAGGTGTGAGTGTTATGACT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ATTTATTTGATATTGCCGTATCAATGAAGAAAGTAGGACTTGATCCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133486 ATTTATTTGATATTGCCGTATCAATGAAGAAAGTAGGACTTGATCCTTCA

    750     .    :    .    :    .    :
    697 CAGCTCCCAGTTGGAGAAAATGGAATTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 133536 CAGCTCCCAGTTGGAGAAAATGGAATTGTC