seq1 = pF1KE1733.tfa, 720 bp
seq2 = pF1KE1733/gi568815587f_62565880.tfa (gi568815587f:62565880_62767048), 201169 bp

>pF1KE1733 720
>gi568815587f:62565880_62767048 (Chr11)

1-67  (100001-100067)   100% ->
68-720  (100517-101169)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGCGCTGCGTCGAATGCTCCACTTGCCGAGCCTGATGATGGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCGCGCTGCGTCGAATGCTCCACTTGCCGAGCCTGATGATGGGGAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTGCCGCCCCTTTGCGG         GCTCACTGGCTGATAGTTGCCTGG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100051 GTGCCGCCCCTTTGCGGGTA...CAGGCTCACTGGCTGATAGTTGCCTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CGGACCGCTGTCTCTGGGATCGGCTGCATGCCCAGCCTCGTTTGGGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100541 CGGACCGCTGTCTCTGGGATCGGCTGCATGCCCAGCCTCGTTTGGGCACT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTCCCCACCTTCGACTGGTTCTTTGGATACGACGAAGTCCAGGGGCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100591 GTCCCCACCTTCGACTGGTTCTTTGGATACGACGAAGTCCAGGGGCTCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACTGCCATTGCTGCAGGAGGCACAGGCTGCCAGTCCTCTGCGAGTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100641 ACTGCCATTGCTGCAGGAGGCACAGGCTGCCAGTCCTCTGCGAGTGCTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATGTGGGCTGTGGGACTTCCAGCCTATGTACAGGCCTCTACACCAAATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100691 ATGTGGGCTGTGGGACTTCCAGCCTATGTACAGGCCTCTACACCAAATCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CCACACCCAGTGGATGTGCTGGGGGTGGACTTTTCTCCTGTGGCTGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100741 CCACACCCAGTGGATGTGCTGGGGGTGGACTTTTCTCCTGTGGCTGTGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CCACATGAATAGCCTCCTGGAGGGTGGCCCAGGCCAAACACCTCTATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100791 CCACATGAATAGCCTCCTGGAGGGTGGCCCAGGCCAAACACCTCTATGCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CTGGACACCCTGCCTCAAGCCTCCACTTCATGCACGCCGATGCTCAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100841 CTGGACACCCTGCCTCAAGCCTCCACTTCATGCACGCCGATGCTCAGAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CTGGGGGCTGTGGCTTCTTCAGGCTCTTTCCAACTACTGCTGGACAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100891 CTGGGGGCTGTGGCTTCTTCAGGCTCTTTCCAACTACTGCTGGACAAAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CACATGGGATGCTGTTGCCCGGGGAGGTCTGCCTAGGGCTTACCAGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100941 CACATGGGATGCTGTTGCCCGGGGAGGTCTGCCTAGGGCTTACCAGCTTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TATCAGAATGCTTGAGGGTTCTAAACCCTCAGGGGACCCTGATTCAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100991 TATCAGAATGCTTGAGGGTTCTAAACCCTCAGGGGACCCTGATTCAGTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 TCAGATGAGGACCCTGATGTGCGACTGCCCTGCCTGGAACAAGGGTCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101041 TCAGATGAGGACCCTGATGTGCGACTGCCCTGCCTGGAACAAGGGTCCTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TGGCTGGACTGTGACTGTGCAGGAGCTAGGCCCGTTCAGGGGCATCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101091 TGGCTGGACTGTGACTGTGCAGGAGCTAGGCCCGTTCAGGGGCATCACCT

    700     .    :    .    :    .
    692 ACTTTGCTTACTTGATTCAAGGCTCTCAT
        |||||||||||||||||||||||||||||
 101141 ACTTTGCTTACTTGATTCAAGGCTCTCAT