seq1 = pF1KE1732.tfa, 720 bp
seq2 = pF1KE1732/gi568815581r_28447300.tfa (gi568815581r:28447300_28652557), 205258 bp

>pF1KE1732 720
>gi568815581r:28447300_28652557 (Chr17)

(complement)

1-220  (100001-100220)   100% ->
221-334  (103853-103966)   100% ->
335-437  (104457-104559)   100% ->
438-610  (104709-104881)   100% ->
611-720  (105149-105258)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGGTGAAGAAGGGCGGCGGTGGGGCCGGGACGGCGACGGAGTCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGGTGAAGAAGGGCGGCGGTGGGGCCGGGACGGCGACGGAGTCCGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCCGGGGCCCTCGGGCCAGAGCGTGGCCCCCATACCACAGCCGCCTGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCCGGGGCCCTCGGGCCAGAGCGTGGCCCCCATACCACAGCCGCCTGCGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AATCCGAATCTGGGTCCGAGTCGGAGCCGGACGCAGGCCCAGGGCCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AATCCGAATCTGGGTCCGAGTCGGAGCCGGACGCAGGCCCAGGGCCCAGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCGGGGCCGCTGCAGAGGAAGCAGCCGATCGGGCCGGAGGACGTGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCGGGGCCGCTGCAGAGGAAGCAGCCGATCGGGCCGGAGGACGTGCTGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCTGCAGCGGATCACCGGTG         ACTACCTCTGCTCCCCTGAGG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100201 GCTGCAGCGGATCACCGGTGGTG...TAGACTACCTCTGCTCCCCTGAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGAATATCTACAAGATCGACTTTGTCAGGTTTAAGATTCGGGACATGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103874 AGAATATCTACAAGATCGACTTTGTCAGGTTTAAGATTCGGGACATGGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TCAGGCACTGTCCTCTTTGAAATCAAGAAGCCCCCAGTCTCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 103924 TCAGGCACTGTCCTCTTTGAAATCAAGAAGCCCCCAGTCTCAGGTG...C

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    335   AACGGTTGCCCATCAACCGGCGGGACCTGGACCCCAATGCTGGGCGCT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104455 AGAACGGTTGCCCATCAACCGGCGGGACCTGGACCCCAATGCTGGGCGCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTGTCCGCTACCAGTTCACGCCTGCCTTCCTCCGCCTGAGGCAGGTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104505 TTGTCCGCTACCAGTTCACGCCTGCCTTCCTCCGCCTGAGGCAGGTGGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GCCAC         GGTGGAGTTCACAGTGGGAGACAAGCCTGTCAACAA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104555 GCCACGTG...CAGGGTGGAGTTCACAGTGGGAGACAAGCCTGTCAACAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTTCCGCATGATCGAGAGGCACTACTTCCGCAACCAGCTACTCAAAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104745 CTTCCGCATGATCGAGAGGCACTACTTCCGCAACCAGCTACTCAAAAGCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TCGACTTCCACTTTGGCTTCTGCATCCCCAGCAGCAAGAACACCTGCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104795 TCGACTTCCACTTTGGCTTCTGCATCCCCAGCAGCAAGAACACCTGCGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CACATTTACGACTTCCCCCCTCTCTCCGAGGAGCTGA         TCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 104845 CACATTTACGACTTCCCCCCTCTCTCCGAGGAGCTGAGTG...CAGTCAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CGAGATGATCCGCCACCCGTATGAGACCCAGTCTGACAGCTTCTACTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105153 CGAGATGATCCGCCACCCGTATGAGACCCAGTCTGACAGCTTCTACTTCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGGATGACCGGCTGGTGATGCACAATAAAGCAGACTATTCCTACAGCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105203 TGGATGACCGGCTGGTGATGCACAATAAAGCAGACTATTCCTACAGCGGG

    750     .
    715 ACACCC
        ||||||
 105253 ACACCC