seq1 = pF1KE1731.tfa, 717 bp
seq2 = pF1KE1731/gi568815587r_69710308.tfa (gi568815587r:69710308_69918933), 208626 bp

>pF1KE1731 717
>gi568815587r:69710308_69918933 (Chr11)

(complement)

1-220  (100001-100220)   99% ->
221-324  (102511-102614)   100% ->
325-717  (108234-108626)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCCTAATCTGGCTGCTACTGCTCAGCCTGCTGGAGCCCGGCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCCTAATCTGGCTGCTACTGCTCAGCCTGCTGGAGCCCGGCTGGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCAGCGGGCCCTGGGGCTCGGTTGCGGCGCGATGCGGGCGGCCGTGGCG
        |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGCAGCGGGCCCTGGGGCGCGGTTGCGGCGCGATGCGGGCGGCCGTGGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCGTCTACGAGCACCTTGGCGGGGCGCCCCGGCGCCGCAAGCTCTACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCGTCTACGAGCACCTTGGCGGGGCGCCCCGGCGCCGCAAGCTCTACTGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCACGAAGTACCACCTCCAGCTGCACCCGAGCGGCCGCGTCAACGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCCACGAAGTACCACCTCCAGCTGCACCCGAGCGGCCGCGTCAACGGCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCTGGAGAACAGCGCCTACA         GTATTTTGGAGATAACGGCAG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100201 CCTGGAGAACAGCGCCTACAGTG...TAGGTATTTTGGAGATAACGGCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGGAGGTGGGCATTGTGGCCATCAGGGGTCTCTTCTCCGGGCGGTACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102532 TGGAGGTGGGCATTGTGGCCATCAGGGGTCTCTTCTCCGGGCGGTACCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCCATGAACAAGAGGGGACGACTCTATGCTTCG         GAGCACTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 102582 GCCATGAACAAGAGGGGACGACTCTATGCTTCGGTG...CAGGAGCACTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAGCGCCGAGTGCGAGTTTGTGGAGCGGATCCACGAGCTGGGCTATAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108242 CAGCGCCGAGTGCGAGTTTGTGGAGCGGATCCACGAGCTGGGCTATAATA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CGTATGCCTCCCGGCTGTACCGGACAGTGTCTAGTACGCCTGGGGCCCGC
        ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
 108292 CGTATGCCTCCCGGCTGTACCGGACGGTGTCTAGTACGCCTGGGGCCCGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CGGCAGCCCAGCGCCGAGAGACTGTGGTACGTGTCTGTGAACGGCAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108342 CGGCAGCCCAGCGCCGAGAGACTGTGGTACGTGTCTGTGAACGGCAAGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CCGGCCCCGCAGGGGCTTCAAGACCCGCCGCACACAGAAGTCCTCCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108392 CCGGCCCCGCAGGGGCTTCAAGACCCGCCGCACACAGAAGTCCTCCCTGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TCCTGCCCCGCGTGCTGGACCACAGGGACCACGAGATGGTGCGGCAGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108442 TCCTGCCCCGCGTGCTGGACCACAGGGACCACGAGATGGTGCGGCAGCTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CAGAGTGGGCTGCCCAGACCCCCTGGTAAGGGGGTCCAGCCCCGACGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108492 CAGAGTGGGCTGCCCAGACCCCCTGGTAAGGGGGTCCAGCCCCGACGGCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GCGGCAGAAGCAGAGCCCGGATAACCTGGAGCCCTCTCACGTTCAGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108542 GCGGCAGAAGCAGAGCCCGGATAACCTGGAGCCCTCTCACGTTCAGGCTT

    700     .    :    .    :    .    :    .
    683 CGAGACTGGGCTCCCAGCTGGAGGCCAGTGCGCAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108592 CGAGACTGGGCTCCCAGCTGGAGGCCAGTGCGCAC