seq1 = pF1KE1730.tfa, 714 bp
seq2 = pF1KE1730/gi568815587f_750305.tfa (gi568815587f:750305_966627), 216323 bp

>pF1KE1730 714
>gi568815587f:750305_966627 (Chr11)

1-63  (100001-100063)   100% ->
64-255  (112246-112437)   99% ->
256-330  (114133-114207)   100% ->
331-432  (115209-115310)   100% ->
433-564  (115390-115521)   100% ->
565-648  (115614-115697)   100% ->
649-714  (116258-116323)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGCGCGCCTGCCTCCAGGCCGTCAAGTACCTCATGTTCGCCTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGCGCGCCTGCCTCCAGGCCGTCAAGTACCTCATGTTCGCCTTCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTGCTCTTCTGG         CTGGGAGGCTGTGGCGTGCTGGGTGTCG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTGCTCTTCTGGGTG...CAGCTGGGAGGCTGTGGCGTGCTGGGTGTCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCATCTGGCTGGCCGCCACACAGGGGAGCTTCGCCACGCTGTCCTCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112274 GCATCTGGCTGGCCGCCACACAGGGGAGCTTCGCCACGCTGTCCTCTTCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTCCCGTCCCTGTCGGCTGCCAACCTGCTCATCATCACCGGCGCCTTTGT
        |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
 112324 TTCCCGTCCCTGTCGGCTGCCAACTTGCTCATCATCACCGGCGCCTTTGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CATGGCCATCGGCTTCGTGGGCTGCCTGGGTGCCATCAAGGAGAACAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112374 CATGGCCATCGGCTTCGTGGGCTGCCTGGGTGCCATCAAGGAGAACAAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCCTCCTGCTCACT         TTCTTCCTGCTGCTGCTGCTGGTGTTC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 112424 GCCTCCTGCTCACTGTG...CAGTTCTTCCTGCTGCTGCTGCTGGTGTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTGCTGGAGGCCACCATCGCCATCCTCTTCTTCGCCTACACGGACAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 114160 CTGCTGGAGGCCACCATCGCCATCCTCTTCTTCGCCTACACGGACAAGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    331        ATTGACAGGTATGCCCAGCAAGACCTGAAGAAAGGCTTGCACC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114210 A...CAGATTGACAGGTATGCCCAGCAAGACCTGAAGAAAGGCTTGCACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGTACGGCACGCAGGGCAACGTGGGCCTCACCAACGCCTGGAGCATCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115252 TGTACGGCACGCAGGGCAACGTGGGCCTCACCAACGCCTGGAGCATCATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CAGACCGAC         TTCCGCTGCTGTGGCGTCTCCAACTACACTGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 115302 CAGACCGACGTG...CAGTTCCGCTGCTGTGGCGTCTCCAACTACACTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CTGGTTCGAGGTGTACAACGCCACGCGGGTACCTGACTCCTGCTGCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115422 CTGGTTCGAGGTGTACAACGCCACGCGGGTACCTGACTCCTGCTGCTTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGTTCAGTGAGAGCTGTGGGCTGCACGCCCCCGGCACCTGGTGGAAGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115472 AGTTCAGTGAGAGCTGTGGGCTGCACGCCCCCGGCACCTGGTGGAAGGCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565          CCGTGCTACGAGACGGTGAAGGTGTGGCTTCAGGAGAACCT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115522 GTG...CAGCCGTGCTACGAGACGGTGAAGGTGTGGCTTCAGGAGAACCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GCTGGCTGTGGGCATCTTTGGGCTGTGCACGGCGCTGGTGCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 115655 GCTGGCTGTGGGCATCTTTGGGCTGTGCACGGCGCTGGTGCAGGTA...C

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    649   ATCCTGGGCCTGACCTTCGCCATGACCATGTACTGCCAAGTGGTCAAG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116256 AGATCCTGGGCCTGACCTTCGCCATGACCATGTACTGCCAAGTGGTCAAG

    750     .    :    .
    697 GCAGACACCTACTGCGCG
        ||||||||||||||||||
 116306 GCAGACACCTACTGCGCG