seq1 = pF1KE1728.tfa, 708 bp
seq2 = pF1KE1728/gi568815581r_17405794.tfa (gi568815581r:17405794_17691626), 285833 bp

>pF1KE1728 708
>gi568815581r:17405794_17691626 (Chr17)

(complement)

1-96  (100001-100096)   100% ->
97-204  (114600-114707)   100% ->
205-320  (169232-169347)   99% ->
321-466  (178973-179118)   100% ->
467-578  (182082-182193)   100% ->
579-653  (185326-185400)   100% ->
654-708  (185779-185833)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGAGATCTGGGAACCCGGGAGCCGAGGTAACGAACAGCTCGGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGAGATCTGGGAACCCGGGAGCCGAGGTAACGAACAGCTCGGTGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGGGCCTGACTGCTGCGGAGGCCTCGGCAATATTGATTTTAGACAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100051 AGGGCCTGACTGCTGCGGAGGCCTCGGCAATATTGATTTTAGACAGGTA.

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     97      GCAGACTTCTGCGTTATGACCCGGCTGCTGGGCTACGTGGACCCC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ..CAGGCAGACTTCTGCGTTATGACCCGGCTGCTGGGCTACGTGGACCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGGATCCCAGCTTTGTGGCTGCCGTCATCACCATCACCTTCAATCCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114645 CTGGATCCCAGCTTTGTGGCTGCCGTCATCACCATCACCTTCAATCCGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTACTGGAATGTG         GTTGCACGATGGGAACACAAGACCCGCA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 114695 CTACTGGAATGTGGTA...TAGGTTGCACGATGGGAACACAAGACCCGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGCTGAGCAGGGCCTTCGGATCCCCCTACCTGGCCTGCTACTCTCTAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169260 AGCTGAGCAGGGCCTTCGGATCCCCCTACCTGGCCTGCTACTCTCTAAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATCACCATCCTGCTCCTGAACTTCCTGCGCTCGCACTG         CTT
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 169310 GTCACCATCCTGCTCCTGAACTTCCTGCGCTCGCACTGGTA...CAGCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CACGCAGGCCATGCTGAGCCAGCCCAGGATGGAGAGCCTGGACACCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178976 CACGCAGGCCATGCTGAGCCAGCCCAGGATGGAGAGCCTGGACACCCCCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CGGCCTACAGCCTGGGCCTCGCGCTCCTGGGACTGGGCGTCGTGCTCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179026 CGGCCTACAGCCTGGGCCTCGCGCTCCTGGGACTGGGCGTCGTGCTCGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTCTCCAGCTTCTTTGCACTGGGGTTCGCTGGAACTTTCCTAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 179076 CTCTCCAGCTTCTTTGCACTGGGGTTCGCTGGAACTTTCCTAGGTA...C

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    467   GTGATTACTTCGGGATCCTCAAGGAGGCGAGAGTGACCGTGTTCCCCT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182080 AGGTGATTACTTCGGGATCCTCAAGGAGGCGAGAGTGACCGTGTTCCCCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TCAACATCCTGGACAACCCCATGTACTGGGGAAGCACAGCCAACTACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182130 TCAACATCCTGGACAACCCCATGTACTGGGGAAGCACAGCCAACTACCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GGCTGGGCCATCAT         GCACGCCAGCCCCACGGGCCTGCTCCT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 182180 GGCTGGGCCATCATGTG...CAGGCACGCCAGCCCCACGGGCCTGCTCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GACGGTGCTGGTGGCCCTCACCTACATAGTGGCTCTCCTATACGAAGA  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 185353 GACGGTGCTGGTGGCCCTCACCTACATAGTGGCTCTCCTATACGAAGAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    654        GCCCTTCACCGCTGAGATCTACCGGCAGAAAGCCTCCGGGTCC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185403 G...CAGGCCCTTCACCGCTGAGATCTACCGGCAGAAAGCCTCCGGGTCC

    750     .    :
    697 CACAAGAGGAGC
        ||||||||||||
 185822 CACAAGAGGAGC