seq1 = pF1KE1727.tfa, 708 bp
seq2 = pF1KE1727/gi568815586r_101628930.tfa (gi568815586r:101628930_101837935), 209006 bp

>pF1KE1727 708
>gi568815586r:101628930_101837935 (Chr12)

(complement)

1-133  (100001-100133)   100% ->
134-200  (100638-100704)   100% ->
201-235  (100865-100899)   100% ->
236-353  (102892-103009)   100% ->
354-453  (104262-104361)   100% ->
454-552  (106270-106368)   100% ->
553-657  (108723-108827)   100% ->
658-708  (108956-109006)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGTCCTCCGGAAAAAAGTATTCCAGGAAATCTGGGAAGCCGTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGTCCTCCGGAAAAAAGTATTCCAGGAAATCTGGGAAGCCGTCTGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAAGATCAGTTTACGAGAGCCTATGACTTTGAGACTGAAGATAAGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGAAGATCAGTTTACGAGAGCCTATGACTTTGAGACTGAAGATAAGAAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATCTGAGTGGATCAGAGGAAGATGTTATTGAAG         GGAAGACT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 100101 ATCTGAGTGGATCAGAGGAAGATGTTATTGAAGGTG...CAGGGAAGACT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCAGTCATTGAGAAACGTAGGAAGAAAAGGTCTTCTGCAGGAGTAGTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100646 GCAGTCATTGAGAAACGTAGGAAGAAAAGGTCTTCTGCAGGAGTAGTTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGATATGGG         GGGTGAAGTGCAGAATATGCTGGAAGGAGTTG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100696 AGATATGGGGTA...CAGGGGTGAAGTGCAGAATATGCTGGAAGGAGTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GAG         TTGACATTAACAAGGCTCTTCTTGCCAAGAGAAAGAGA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100897 GAGGTA...TAGTTGACATTAACAAGGCTCTTCTTGCCAAGAGAAAGAGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CTAGAAATGTATACCAAGGCTTCTCTCAAAACTAGTAACCAGAAAATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102930 CTAGAAATGTATACCAAGGCTTCTCTCAAAACTAGTAACCAGAAAATTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 ACATGTTTGGAAAACACAACAAGATCAAAG         GCAGAAGCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 102980 ACATGTTTGGAAAACACAACAAGATCAAAGGTA...CAGGCAGAAGCTTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 ACCAAGAATATTCTCAGCAGTTTCTGACTTTGTTTCAGCAGTGGGATTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104273 ACCAAGAATATTCTCAGCAGTTTCTGACTTTGTTTCAGCAGTGGGATTTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GATATGCAGAAAGCTGAGGAACAAGAAGAAAAAATACTT         AA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 104323 GATATGCAGAAAGCTGAGGAACAAGAAGAAAAAATACTTGTT...TAGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TATGTTTCGACAGCAACAAAAGATTCTTCAACAATCTAGAATTGTTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106272 TATGTTTCGACAGCAACAAAAGATTCTTCAACAATCTAGAATTGTTCAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 GCCAGAGATTGAAAACAATTAAACAGTTATATGAGCAGTTCATAAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 106322 GCCAGAGATTGAAAACAATTAAACAGTTATATGAGCAGTTCATAAAGGTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    553       AGTATGGAAGAGTTGGAGAAGAATCATGATAATCTACTTACTGG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106372 ...TAGAGTATGGAAGAGTTGGAGAAGAATCATGATAATCTACTTACTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TGCACAAAATGAATTTAAAAAAGAAATGGCTATGTTGCAAAAAAAAATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108767 TGCACAAAATGAATTTAAAAAAGAAATGGCTATGTTGCAAAAAAAAATTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TGATGGAAACT         CAGCAGCAAGAGATAGCAAGTGTTCGGAAG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 108817 TGATGGAAACTGTA...CAGCAGCAGCAAGAGATAGCAAGTGTTCGGAAG

    750     .    :    .    :
    688 TCTCTTCAATCCATGTTATTC
        |||||||||||||||||||||
 108986 TCTCTTCAATCCATGTTATTC