seq1 = pF1KE1724.tfa, 702 bp
seq2 = pF1KE1724/gi568815589r_114803934.tfa (gi568815589r:114803934_115030303), 226370 bp

>pF1KE1724 702
>gi568815589r:114803934_115030303 (Chr9)

(complement)

1-195  (100001-100195)   100% ->
196-238  (112166-112208)   100% ->
239-310  (124405-124476)   100% ->
311-702  (125979-126370)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACCCAGGGCTGCAGCAAGCACTCAACGGAATGGCCCCTCCTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACCCAGGGCTGCAGCAAGCACTCAACGGAATGGCCCCTCCTGGAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CACAGCCATGCATGTGCCGGCGGGCTCCGTGGCCAGCCACCTGGGGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CACAGCCATGCATGTGCCGGCGGGCTCCGTGGCCAGCCACCTGGGGACCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGAGCCGCAGCTATTTCTATTTGACCACAGCCACTCTGGCTCTGTGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGAGCCGCAGCTATTTCTATTTGACCACAGCCACTCTGGCTCTGTGCCTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTCTTCACGGTGGCCACTATTATGGTGTTGGTCGTTCAGAGGACG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100151 GTCTTCACGGTGGCCACTATTATGGTGTTGGTCGTTCAGAGGACGGTA..

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    196     GACTCCATTCCCAACTCACCTGACAACGTCCCCCTCAAAGGAG   
        .>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100201 .CAGGACTCCATTCCCAACTCACCTGACAACGTCCCCCTCAAAGGAGGTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    239       GAAATTGCTCAGAAGACCTCTTATGTATCCTGAAAAGGGCTCCA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112212 ...TAGGAAATTGCTCAGAAGACCTCTTATGTATCCTGAAAAGGGCTCCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTCAAGAAGTCATGGGCCTACCTCCAAG         TGGCAAAGCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 124449 TTCAAGAAGTCATGGGCCTACCTCCAAGGTC...TAGTGGCAAAGCATCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AAACAAAACCAAGTTGTCTTGGAACAAAGATGGCATTCTCCATGGAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125992 AAACAAAACCAAGTTGTCTTGGAACAAAGATGGCATTCTCCATGGAGTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GATATCAGGATGGGAATCTGGTGATCCAATTCCCTGGTTTGTACTTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126042 GATATCAGGATGGGAATCTGGTGATCCAATTCCCTGGTTTGTACTTCATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATTTGCCAACTGCAGTTTCTTGTACAATGCCCAAATAATTCTGTCGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126092 ATTTGCCAACTGCAGTTTCTTGTACAATGCCCAAATAATTCTGTCGATCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GAAGTTGGAGCTTCTCATCAACAAGCATATCAAAAAACAGGCCCTGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126142 GAAGTTGGAGCTTCTCATCAACAAGCATATCAAAAAACAGGCCCTGGTGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CAGTGTGTGAGTCTGGAATGCAAACGAAACACGTATACCAGAATCTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126192 CAGTGTGTGAGTCTGGAATGCAAACGAAACACGTATACCAGAATCTCTCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CAATTCTTGCTGGATTACCTGCAGGTCAACACCACCATATCAGTCAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126242 CAATTCTTGCTGGATTACCTGCAGGTCAACACCACCATATCAGTCAATGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GGATACATTCCAGTACATAGATACAAGCACCTTTCCTCTTGAGAATGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126292 GGATACATTCCAGTACATAGATACAAGCACCTTTCCTCTTGAGAATGTGT

    700     .    :    .    :    .
    674 TGTCCATCTTCTTATACAGTAATTCAGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||
 126342 TGTCCATCTTCTTATACAGTAATTCAGAC